Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F176 I0 R1
|
792 |
112.0 |
3729108 |
98.1% |
3658254 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,131,602 |
A→T |
5.1% |
P55P (CCA→CCT) |
flgC → |
flagellar component of cell‑proximal portion of basal‑body rod |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,131,602 | 0 | A | T | 5.1%
| 416.7
/ 9.1
| 118 | P55P (CCA→CCT) | flgC | flagellar component of cell‑proximal portion of basal‑body rod |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/62); new base T (3/3); total (53/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTTTTGATATCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGTTAAC > NC_000913/1131454‑1131749
|
tttttGATATCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCa > 4:369094/1‑149 (MQ=255)
ttttGATATCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAg < 2:757137/149‑1 (MQ=255)
ttttGATATCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAg < 4:380684/149‑1 (MQ=255)
ttttGATATCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTAGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAg < 3:434854/149‑1 (MQ=255)
atatCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGtgct > 4:86290/1‑149 (MQ=255)
tCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCg > 2:896058/1‑149 (MQ=255)
gCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGAc < 2:63813/149‑1 (MQ=255)
gCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGAc < 4:448451/149‑1 (MQ=255)
gCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCAGCACCTGGTGCAGCgtt < 3:126910/149‑3 (MQ=255)
cGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAg < 4:308920/149‑1 (MQ=255)
ggTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAggc < 3:58918/149‑1 (MQ=255)
gTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAggcg > 3:38427/1‑149 (MQ=255)
ggCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGgcggcg > 2:801426/1‑149 (MQ=255)
ttAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTaaa < 3:504340/149‑1 (MQ=255)
tAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAg < 2:674547/149‑1 (MQ=255)
tAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAg < 2:619798/149‑1 (MQ=255)
aCTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGt > 1:239804/1‑149 (MQ=255)
cTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGtgctgc < 3:560247/130‑1 (MQ=255)
cTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGtgctgc > 4:560247/1‑130 (MQ=255)
cccAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACa < 3:681522/131‑1 (MQ=255)
ccAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTaaa > 4:447907/1‑141 (MQ=255)
ccAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCg > 2:320340/1‑149 (MQ=255)
aGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGAt < 2:2257/149‑1 (MQ=255)
tCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGt > 3:420755/1‑149 (MQ=255)
ccAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGCGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTta < 2:265266/149‑1 (MQ=255)
cAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTaaa < 2:93637/134‑1 (MQ=255)
cAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTaaa > 1:93637/1‑134 (MQ=255)
cTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAg > 2:278009/1‑149 (MQ=255)
tGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGt > 4:387688/1‑149 (MQ=255)
aCGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAg < 2:1422/149‑1 (MQ=255)
gcggcCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGcccc < 3:810752/149‑1 (MQ=255)
gcCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGa < 4:677208/149‑1 (MQ=255)
cAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACa > 4:476704/1‑149 (MQ=255)
tAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAAc < 1:878335/149‑1 (MQ=255)
tAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAAc < 2:123013/149‑1 (MQ=255)
tCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTgg < 2:555171/149‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGtt < 3:315066/149‑1 (MQ=255)
ggCGGATTCTGATAGCATGACCAGTCCCTATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGGGTTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGttt > 4:159532/1‑149 (MQ=255)
ggCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGttt < 4:656/149‑1 (MQ=255)
ggCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGttt < 1:278009/149‑1 (MQ=255)
gCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTa < 1:365844/149‑1 (MQ=255)
gCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTa < 3:242443/149‑1 (MQ=255)
gCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTa < 1:604225/149‑1 (MQ=255)
cGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTAt < 3:812450/149‑1 (MQ=255)
gAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGTCCCCGGACAAACTGGTTTATg < 4:659124/149‑1 (MQ=255)
gAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATg > 3:657106/1‑149 (MQ=255)
tGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCgg < 3:86290/149‑1 (MQ=255)
tGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCgg < 4:391641/149‑1 (MQ=255)
gATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCggg < 4:500091/149‑1 (MQ=255)
gATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCggg < 4:684824/149‑1 (MQ=255)
gATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCggg < 2:280380/149‑1 (MQ=255)
gCGTGACGGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCTGGTGCAGCgtt > 4:783014/1‑77 (MQ=255)
gCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCTGGTGCAGCgtt < 3:783014/79‑3 (MQ=255)
gCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAAt > 2:562714/1‑149 (MQ=255)
cGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATc < 4:657106/149‑1 (MQ=255)
tGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCg > 2:153947/1‑149 (MQ=255)
tGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCg > 2:652250/1‑149 (MQ=255)
gTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTg < 3:699639/146‑1 (MQ=255)
gTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTg > 4:699639/1‑146 (MQ=255)
tCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGaa < 3:619839/130‑1 (MQ=255)
tCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGaa > 4:619839/1‑130 (MQ=255)
cccGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGa < 1:836816/149‑1 (MQ=255)
ccGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGAt > 1:589783/1‑149 (MQ=255)
ggCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTaaaaa > 4:342007/1‑149 (MQ=255)
gCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTCATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAAt > 1:765287/1‑149 (MQ=255)
cAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATg > 3:546726/1‑149 (MQ=255)
aaaaCAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGc < 1:361928/149‑1 (MQ=255)
aaaaCAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGc > 4:337900/1‑149 (MQ=255)
aaaaCAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGc > 2:358283/1‑149 (MQ=255)
aaaaCAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGCCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGc > 4:650634/1‑149 (MQ=255)
aaCAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCg > 4:576249/1‑149 (MQ=255)
cAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGaa < 3:565636/149‑1 (MQ=255)
ggtggtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACg > 1:299418/1‑149 (MQ=255)
gtggtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGt > 1:351773/1‑149 (MQ=255)
gtggtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGt > 3:387785/1‑149 (MQ=255)
tggtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGTCTACGTAAAAATGCCGAACGtt > 1:630794/1‑149 (MQ=255)
tggtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGtt > 4:188130/1‑149 (MQ=255)
tggtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCATAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGtt < 1:562714/149‑1 (MQ=255)
gtATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGa < 2:299418/149‑1 (MQ=255)
tATTCCAGGTTAACGCTGCACGAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTATATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGAt < 4:155133/149‑1 (MQ=255)
tATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGAt < 2:190436/149‑1 (MQ=255)
ttCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTg < 3:487969/84‑1 (MQ=255)
ttCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTg > 4:487969/1‑84 (MQ=255)
aGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTc < 2:626378/149‑1 (MQ=255)
aGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTc < 4:387785/149‑1 (MQ=255)
aGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTc > 2:527937/1‑149 (MQ=255)
aaCGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAAc > 3:283751/1‑132 (MQ=255)
aaCGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAAc < 4:283751/132‑1 (MQ=255)
tcgcagCACCTGGTGCAGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGgagag > 3:918131/6‑149 (MQ=255)
tGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATgg < 1:434383/149‑1 (MQ=255)
tGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATgg < 1:896058/149‑1 (MQ=255)
agCACCTGGTGCAGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGgaga < 1:8909/143‑1 (MQ=255)
agCACCTGGTGCAGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGgaga > 2:8909/2‑144 (MQ=255)
gctacAGGTTCTGGGACGGGACGCGCAAAGGTTGCCGATGTTATAAAAAGTCAGGCCCCTGTCCACATTGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGGTACGCAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGt < 4:874537/145‑1 (MQ=255)
cACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGtt > 4:367443/1‑149 (MQ=255)
cACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGtt < 3:309569/149‑1 (MQ=255)
aCCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGTTa > 3:423146/1‑149 (MQ=255)
ccAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGTTaa < 2:395382/149‑1 (MQ=255)
cAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGTTAac > 3:836270/1‑149 (MQ=255)
cAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGTTAac < 3:220765/149‑1 (MQ=255)
|
TTTTTGATATCGCCGGGTCGGCGTTAACTGCCCAGTCCCAGCGCCTGAACGTGGCGGCCAGTAATCTGGCGAATGCTGATAGCGTGACCGGTCCCGATGGACAGCCATATCGGGCAAAACAGGTGGTATTCCAGGTTAACGCTGCACCAGGTGCTGCGACAGGCGGCGTAAAGGTTGCCGATGTTATAGAAAGTCAGGCCCCGGACAAACTGGTTTATGAACCGGGTAATCCGCTGGCAGATGCAAAGGGCTACGTAAAAATGCCGAACGTTGATGTTGTCGGAGAGATGGTTAAC > NC_000913/1131454‑1131749
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
