Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F176 I0 R1
|
792 |
112.0 |
3729108 |
98.1% |
3658254 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,318,469 |
T→C |
7.3% |
A440A (GCA→GCG) ‡ |
trpC ← |
indole‑3‑glycerolphosphate synthetase and N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,318,469 | 0 | T | C | 7.3%
| 298.3
/ 8.1
| 92 | A440A (GCA→GCG) ‡ | trpC | indole‑3‑glycerolphosphate synthetase and N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/50); new base C (4/3); total (39/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAAGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCA > NC_000913/1318321‑1318615
|
aaaGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGt > 1:549367/1‑149 (MQ=255)
aaGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTg > 3:206527/1‑149 (MQ=255)
aaGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTg > 1:317935/1‑149 (MQ=255)
aGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGc < 4:728308/149‑1 (MQ=255)
aGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGc < 2:61223/149‑1 (MQ=255)
ttcttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTc > 4:333784/1‑149 (MQ=255)
ttcttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTc < 1:384355/149‑1 (MQ=255)
ttcttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTc > 2:907572/1‑149 (MQ=255)
ttcttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTc < 2:601130/149‑1 (MQ=255)
ttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCttt < 1:31553/149‑1 (MQ=255)
ttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCttt < 2:79822/149‑1 (MQ=255)
tcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTg > 3:190376/1‑149 (MQ=255)
ccAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGa < 4:28922/149‑1 (MQ=255)
ccAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGa > 1:184999/1‑149 (MQ=255)
ccAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGa > 4:809172/1‑149 (MQ=255)
ccAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGCACGTCttttg < 1:564978/149‑3 (MQ=255)
cAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGAt < 4:894358/149‑1 (MQ=255)
cAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGAt < 1:432728/149‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGccc < 3:719984/149‑1 (MQ=255)
gcAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGtt < 2:729995/149‑1 (MQ=255)
gcAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGtt < 1:201250/149‑1 (MQ=255)
gcAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGtt > 3:315510/1‑149 (MQ=255)
agagCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGc < 2:496724/149‑1 (MQ=255)
aGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGActc < 2:317935/149‑1 (MQ=255)
aGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCAAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGActc < 2:917373/149‑1 (MQ=255)
aTCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTAca < 1:907572/149‑1 (MQ=255)
tCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTa > 4:36134/1‑146 (MQ=255)
tCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACACACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTGCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTa < 3:36134/146‑1 (MQ=255)
aGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTAcagca < 2:183965/149‑1 (MQ=255)
aGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTAcagca > 1:189004/1‑149 (MQ=255)
ggATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTAcagcag > 3:492840/1‑149 (MQ=255)
aTTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGaa < 4:799220/149‑1 (MQ=255)
aTTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGaa < 2:760090/149‑1 (MQ=255)
ttGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAAtt < 1:356289/149‑1 (MQ=255)
tgGCACTTTCATGCCGCCAAACTCACCAAAAGAGGGGTTAAGTAATGATGTCGATGTTCCTTCCCTTAATATGCGCGCGGCGGCTGGACACCCGAGGCCAAAAGAAGTGCGTCTTTGATACCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAACTaaa < 4:684808/149‑1 (MQ=255)
gTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAg < 3:89337/149‑1 (MQ=255)
aTGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCg > 3:487248/1‑149 (MQ=255)
tGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCgg < 1:133424/149‑1 (MQ=255)
aaaCTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGcc > 1:391746/1‑149 (MQ=255)
aaCTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCg > 3:759315/1‑149 (MQ=255)
aCCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTtg > 3:238453/1‑149 (MQ=255)
ccAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTtgt < 4:206527/149‑1 (MQ=255)
ccAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTtgt > 3:123108/1‑149 (MQ=255)
aaTAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCg < 3:21021/149‑1 (MQ=255)
aaTAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCg < 2:348825/149‑1 (MQ=255)
gTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCAc > 3:444415/1‑149 (MQ=255)
gTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCAc > 4:12453/1‑149 (MQ=255)
ttAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACg > 2:407990/1‑149 (MQ=255)
ttAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACg > 2:700797/1‑149 (MQ=255)
aGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAg < 3:421788/149‑1 (MQ=255)
gTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGt < 2:85767/149‑1 (MQ=255)
gTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGt > 3:433828/1‑149 (MQ=255)
tAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGtt > 3:712334/1‑149 (MQ=255)
tgttgtCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATc < 1:700797/149‑1 (MQ=255)
ttgtCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAATCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTg < 4:608799/149‑1 (MQ=255)
ttgtCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTg > 1:361019/1‑149 (MQ=255)
tCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTgcgc > 1:829501/1‑149 (MQ=255)
tCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTgcgc > 1:775076/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCt > 3:488147/1‑149 (MQ=255)
tcctttccttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcc < 2:815692/149‑1 (MQ=255)
tttccttAATATGCGCGCAGCGTCTGTAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCACGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGc > 4:789848/1‑106 (MQ=255)
tttccttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGccccc > 3:23971/1‑149 (MQ=255)
tctccttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGc < 3:789848/104‑1 (MQ=255)
cttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGTCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGcc > 1:815332/1‑149 (MQ=255)
ttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTc < 1:439233/92‑1 (MQ=255)
ttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTc > 2:439233/1‑92 (MQ=255)
tAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCcag > 4:255627/1‑149 (MQ=255)
atatGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCcagca < 4:3153/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAAc < 4:187480/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAAc < 4:487248/149‑1 (MQ=255)
cgcgcAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACg > 2:801771/1‑149 (MQ=255)
cgcAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGtt < 4:875285/149‑1 (MQ=255)
cAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGc < 4:315510/149‑1 (MQ=255)
aGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGcc < 2:8791/149‑1 (MQ=255)
tGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGa < 4:190376/149‑1 (MQ=255)
ggAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAt > 4:666110/1‑149 (MQ=255)
gAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 2:829501/149‑1 (MQ=255)
aaaCCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGa > 1:563338/1‑149 (MQ=255)
ccGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCa < 2:361019/149‑1 (MQ=255)
cGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAt < 4:712334/149‑1 (MQ=255)
gAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAtt > 2:309573/1‑149 (MQ=255)
aGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAttt < 1:412604/149‑1 (MQ=255)
aGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAttt < 3:638963/149‑1 (MQ=255)
tcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAt < 1:230802/134‑1 (MQ=255)
tcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAt > 2:230802/3‑136 (MQ=255)
tcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAttt < 2:926392/143‑1 (MQ=255)
tcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAttt > 1:926392/3‑145 (MQ=255)
tcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 1:181368/3‑149 (MQ=255)
tcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTCCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 3:246499/3‑149 (MQ=255)
aaaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGt < 1:917319/149‑1 (MQ=255)
aaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTg < 4:581712/149‑1 (MQ=255)
cGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGCCCa < 4:492840/149‑1 (MQ=255)
cGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCa < 1:407990/149‑1 (MQ=255)
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AAAGCTTCTTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCA > NC_000913/1318321‑1318615
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
