Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F70 I0 R1
|
565 |
64.8 |
2371218 |
98.3% |
2330907 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,325,042 |
Δ1 bp |
9.0% |
coding (287/1323 nt) |
atoE → |
short chain fatty acid transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,325,042 | 0 | A | . | 9.0%
| 227.2
/ 15.4
| 67 | coding (287/1323 nt) | atoE | short chain fatty acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/32); new base . (2/4); total (31/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 |
GAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCG > NC_000913/2324896‑2325182
|
gAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAgg < 2:437798/149‑1 (MQ=255)
gAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAgg < 2:65705/149‑1 (MQ=255)
gAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAgg < 2:13187/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAggg < 4:105610/149‑1 (MQ=255)
gtgGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCa > 2:46950/1‑149 (MQ=255)
ggggTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGTcttt < 3:120126/149‑4 (MQ=255)
ggggTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGTcttt < 1:63525/149‑4 (MQ=255)
aCGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTc < 1:475563/149‑1 (MQ=255)
tGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGt < 4:440393/131‑1 (MQ=255)
tGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGt > 3:440393/1‑131 (MQ=255)
tGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTttctt > 2:590778/1‑149 (MQ=255)
ggAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTttcttc < 1:546867/149‑1 (MQ=255)
gAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCg < 3:483096/149‑1 (MQ=255)
cTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGtt < 1:114386/149‑1 (MQ=255)
tGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCa < 3:148824/149‑1 (MQ=255)
gCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAg < 3:136437/149‑1 (MQ=255)
cTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAGAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCAATTTCTTCGGTTCAGt > 2:229138/1‑149 (MQ=255)
tGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTc < 2:380550/149‑1 (MQ=255)
tGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTc > 2:48644/1‑149 (MQ=255)
tGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTc > 4:407067/1‑149 (MQ=255)
cGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCCTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCt < 2:328465/149‑1 (MQ=255)
gTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCtt < 3:100856/149‑1 (MQ=255)
gTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCtt > 4:461637/1‑149 (MQ=255)
tttGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTtg > 2:143099/1‑149 (MQ=255)
tttGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTtg > 3:284006/1‑149 (MQ=255)
ttGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTtgt < 3:407067/149‑1 (MQ=255)
ttGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTtgt < 2:445615/149‑1 (MQ=255)
aTGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGt > 3:86780/1‑110 (MQ=255)
aTGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGt < 4:86780/110‑1 (MQ=255)
tGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtcatc < 3:128943/149‑1 (MQ=255)
gCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtcatca > 4:23349/1‑149 (MQ=255)
aGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAAc > 4:534295/1‑149 (MQ=255)
gcgcTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAgg > 4:549908/1‑97 (MQ=255)
gcgcTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAgg < 3:549908/97‑1 (MQ=255)
gcTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTttcttc < 4:556933/118‑1 (MQ=255)
gcTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTttcttc > 3:556933/1‑118 (MQ=255)
tATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttg < 4:284006/149‑1 (MQ=255)
catcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggtt < 1:218530/149‑1 (MQ=255)
catcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggtt > 2:218530/1‑149 (MQ=255)
tcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggtttg > 3:134167/1‑149 (MQ=255)
ttACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTtggtttggtt > 3:294652/1‑149 (MQ=255)
gCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAAt < 2:305358/149‑1 (MQ=255)
cccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTc < 1:134395/140‑1 (MQ=255)
cccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTc > 2:134395/1‑140 (MQ=255)
ccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttgg < 4:178501/129‑1 (MQ=255)
ccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttgg > 3:178501/1‑129 (MQ=255)
cTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGtt < 1:590778/149‑1 (MQ=255)
gCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGc < 3:289426/149‑1 (MQ=255)
tctGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttg > 2:563879/1‑118 (MQ=255)
tctGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttg < 1:563879/118‑1 (MQ=255)
tctGCTCCGGTAAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGa < 2:366473/149‑1 (MQ=255)
cTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCGTCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTc > 4:498249/1‑149 (MQ=255)
ggTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGccc < 4:313251/149‑1 (MQ=255)
aaaGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGa > 1:338314/1‑149 (MQ=255)
ttGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTccc < 1:154669/149‑1 (MQ=255)
aCTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGa > 1:420791/1‑149 (MQ=255)
tGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGAtt > 2:214506/1‑149 (MQ=255)
tGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGAtt < 2:392848/149‑1 (MQ=255)
gccgccTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTa > 1:62538/1‑149 (MQ=255)
cgccTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATc > 2:74108/1‑149 (MQ=255)
tCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGtt < 4:282628/149‑1 (MQ=255)
tCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGtt > 3:518422/1‑149 (MQ=255)
tCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGtt > 3:429069/1‑149 (MQ=255)
cgcAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCa > 1:78467/1‑149 (MQ=255)
aaGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGc < 4:294652/149‑1 (MQ=255)
gACGCCC‑GTACAGGGCGTCAGGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCt > 2:308169/1‑149 (MQ=255)
gCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTgcg > 4:72964/1‑149 (MQ=255)
|
GAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCG > NC_000913/2324896‑2325182
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
