Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F187 I0 R2
|
632 |
116.8 |
4275814 |
98.0% |
4190297 |
140.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,136,026 |
G→T |
5.5% |
V155L (GTA→TTA) ‡ |
flgH → |
flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,136,026 | 0 | G | T | 5.5%
| 324.8
/ 5.3
| 90 | V155L (GTA→TTA) ‡ | flgH | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/44); new base T (3/2); total (44/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCG > NC_000913/1135879‑1136174
|
tttGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGt > 2:578687/1‑149 (MQ=255)
ttGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTa < 2:318144/149‑1 (MQ=255)
tACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTgg > 2:1012230/1‑149 (MQ=255)
gtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGTAC‑CTGGTCaa < 1:188204/149‑1 (MQ=255)
gtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGTAC‑CTGGTCaa < 2:48538/149‑1 (MQ=255)
tttGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTg < 3:162462/148‑1 (MQ=255)
tGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCAt < 2:22762/149‑1 (MQ=255)
tGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTAGTAACACGTTCATCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCa > 4:777735/1‑148 (MQ=255)
aGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCAtgtg > 2:254730/1‑149 (MQ=255)
ggggCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATgtgg > 2:398299/1‑149 (MQ=255)
gCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGtggtgg < 1:815826/149‑1 (MQ=255)
cTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGtggtgg < 4:259112/148‑1 (MQ=255)
gTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGaaaca < 2:855893/149‑3 (MQ=255)
gTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGaaaa < 3:82346/148‑1 (MQ=255)
gTAACGCTCGTGCCGAAGGCAAAGCCACCGGTGGGAACACGTTCAACGTAAAGGGCGGGGCCAATGTGAGCAATACCTATAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAAACTGCATGTGGTGGGTGaaaaa < 2:32740/149‑1 (MQ=255)
tAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGaaaaa < 3:735532/148‑1 (MQ=255)
aaCGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACa > 1:287394/1‑149 (MQ=255)
aCGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGaaaaa < 1:740239/146‑1 (MQ=255)
aCGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGaaaaa > 2:740239/1‑146 (MQ=255)
cGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAg > 3:58109/1‑148 (MQ=255)
cGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGa < 2:543735/149‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGAt < 1:613885/149‑1 (MQ=255)
cTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGAtt > 2:830163/1‑149 (MQ=255)
cGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTa > 2:1065871/1‑149 (MQ=255)
aTGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAAt < 1:1014277/149‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACC‑TTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAg < 3:88765/148‑1 (MQ=255)
cGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAgg < 2:670473/149‑1 (MQ=255)
cGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAg < 3:1052404/148‑1 (MQ=255)
cGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGACAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAgg < 1:499568/149‑1 (MQ=255)
gAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAggg < 2:275109/149‑1 (MQ=255)
gAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCGTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAgg < 4:347516/148‑1 (MQ=255)
aaGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGt > 1:41997/1‑149 (MQ=255)
tCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGa > 1:470568/1‑149 (MQ=255)
tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCa > 3:792690/1‑135 (MQ=255)
tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCa < 4:792690/135‑1 (MQ=255)
ggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAt > 1:834582/1‑149 (MQ=255)
gtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAtt < 1:254730/149‑1 (MQ=255)
tAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTc < 2:959081/149‑1 (MQ=255)
acacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGc > 2:976321/1‑149 (MQ=255)
gTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGcc > 1:338211/1‑118 (MQ=255)
gTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGcc < 2:338211/118‑1 (MQ=255)
ttCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct < 4:728414/148‑1 (MQ=255)
tCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTctct < 1:830163/149‑1 (MQ=255)
aaCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGAt < 2:496255/110‑1 (MQ=255)
aaCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGAt > 1:496255/1‑110 (MQ=255)
aCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTgg < 3:919161/148‑1 (MQ=255)
aCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGc < 1:820629/149‑1 (MQ=255)
gAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCg > 3:635362/1‑136 (MQ=255)
gAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCg < 4:635362/136‑1 (MQ=255)
gAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGt > 3:144919/1‑148 (MQ=255)
gAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTg < 1:398299/149‑1 (MQ=255)
aaaGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTgg < 2:990474/149‑1 (MQ=255)
aaGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑t < 2:470568/149‑1 (MQ=255)
ggCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTaa < 2:640889/149‑1 (MQ=255)
ggCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTaa < 1:1065871/149‑1 (MQ=255)
gCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAAt < 1:1012230/149‑1 (MQ=255)
cGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATc < 1:473631/149‑1 (MQ=255)
ggggCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATcc > 2:606923/1‑149 (MQ=255)
ggggCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATcc > 2:35483/1‑149 (MQ=255)
ggCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCATGG‑TTAATCCAc < 1:527133/149‑1 (MQ=255)
ccAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTATCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACg > 4:717820/1‑148 (MQ=255)
ccAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTAt > 4:311149/1‑148 (MQ=255)
cAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGATTAA‑CCACGccagagaa < 2:541862/149‑8 (MQ=255)
cAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCa > 1:862927/1‑149 (MQ=255)
gCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAGCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAg > 3:91456/1‑148 (MQ=255)
gCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAg < 4:144919/148‑1 (MQ=255)
aaTACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCgg > 1:822283/1‑149 (MQ=255)
aCCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct > 3:194644/1‑115 (MQ=255)
aCCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct < 4:194644/115‑1 (MQ=255)
aCCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGgca > 3:92029/1‑148 (MQ=255)
tttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCaa > 1:303569/1‑149 (MQ=255)
ttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCaa > 4:920512/1‑148 (MQ=255)
aCGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCaa < 2:54088/140‑1 (MQ=255)
aCGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCaa > 1:54088/1‑140 (MQ=255)
ttGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑t > 1:1002435/1‑110 (MQ=255)
ttGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑t < 2:1002435/110‑1 (MQ=255)
tgacggtgacggTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTc < 3:1036272/148‑1 (MQ=255)
gtgacggtTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCa > 2:819292/1‑149 (MQ=255)
acggtTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAgg > 3:153658/1‑148 (MQ=255)
gtTGACCAGTAC‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTgg > 4:207153/1‑148 (MQ=255)
gtTGACCAGTAC‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTgg > 3:309932/1‑148 (MQ=255)
gtTGACCAGTAC‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTgg > 4:391294/1‑148 (MQ=255)
gtTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTgg < 3:7737/148‑1 (MQ=255)
gtTGACCA‑GTACCTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTgg > 4:297961/1‑148 (MQ=255)
ccAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGAt > 3:329568/1‑148 (MQ=255)
cAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgc > 1:124380/1‑149 (MQ=255)
cAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATg > 4:157285/1‑148 (MQ=255)
aGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgcg > 2:113178/1‑149 (MQ=255)
aGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgc > 4:601622/1‑148 (MQ=255)
aGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgc > 4:249490/1‑148 (MQ=255)
ggTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgcg > 3:636400/1‑148 (MQ=255)
gTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTCCTCAGGTGGCGGATgcgcg > 1:166592/1‑149 (MQ=255)
|
TTTGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTA‑CTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGG‑TTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCG > NC_000913/1135879‑1136174
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
