Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F25 I0 R2
|
821 |
102.6 |
3645220 |
97.9% |
3568670 |
140.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,443,804 |
T→C |
5.5% |
W252R (TGG→CGG) |
ydbH → |
putative membrane‑anchored protein, function unknown |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,443,804 | 0 | T | C | 5.5%
| 363.1
/ 8.2
| 109 | W252R (TGG→CGG) | ydbH | putative membrane‑anchored protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/56); new base C (3/3); total (50/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.00e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACTGAGTG > NC_000913/1443659‑1443951
|
aCTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGc > 4:138074/1‑149 (MQ=255)
cTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGc > 2:56669/1‑148 (MQ=255)
cTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCa > 4:415599/1‑149 (MQ=255)
cTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCACGGCAAAtc > 4:769712/1‑148 (MQ=255)
tGTAAGTGGGTATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTa > 3:228249/1‑149 (MQ=255)
tGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAAtt < 2:545053/148‑1 (MQ=255)
tGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTa < 4:269105/149‑1 (MQ=255)
tGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTa > 3:514045/1‑149 (MQ=255)
tGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTa > 4:111870/1‑149 (MQ=255)
gTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCACGGCAAAtcga < 3:257730/149‑4 (MQ=255)
gTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCACGGCAAAtcga < 3:769712/149‑4 (MQ=255)
tAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACt < 4:405720/149‑1 (MQ=255)
tAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGGCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCTTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACt < 4:444069/149‑1 (MQ=255)
tGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGt > 2:698489/1‑148 (MQ=255)
gCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAAtt < 4:288123/149‑1 (MQ=255)
tACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTg < 1:736709/148‑1 (MQ=255)
tACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGa < 3:138074/149‑1 (MQ=255)
tACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGa < 3:47003/149‑1 (MQ=255)
aCTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGAc > 4:147919/1‑149 (MQ=255)
ttAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCg > 2:537312/1‑148 (MQ=255)
ttAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGa < 4:863663/149‑1 (MQ=255)
ttAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGa > 3:426251/1‑149 (MQ=255)
aCTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAATTTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGt < 4:131309/149‑1 (MQ=255)
cGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTg < 1:722399/148‑1 (MQ=255)
gCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTgg < 2:95701/148‑1 (MQ=255)
gCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGa > 4:794286/1‑149 (MQ=255)
gAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTg > 3:96380/1‑149 (MQ=255)
gAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTg < 4:141060/149‑1 (MQ=255)
aaCCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTgg < 3:794286/149‑1 (MQ=255)
ccGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGc > 1:147084/1‑148 (MQ=255)
cGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCg < 4:228249/149‑1 (MQ=255)
cACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTa > 1:217844/1‑148 (MQ=255)
cACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTa < 1:878644/148‑1 (MQ=255)
ggtggATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGt < 2:626670/127‑1 (MQ=255)
ggtggATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGt > 1:626670/1‑127 (MQ=255)
tggATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAgg > 1:634267/1‑148 (MQ=255)
tggATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAgg < 1:593356/148‑1 (MQ=255)
tggATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGt < 4:167488/149‑1 (MQ=255)
ggATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGtt < 4:598428/149‑1 (MQ=255)
gATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTgg > 1:483681/1‑129 (MQ=255)
tGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGtttt < 2:350235/148‑1 (MQ=255)
gCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTcc < 3:19746/149‑1 (MQ=255)
cGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCtt < 3:493276/149‑1 (MQ=255)
cGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCt < 1:88379/148‑1 (MQ=255)
gAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTTATCGTGCTGGCCCGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAAAAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTTGCCGTATGCAGGTTTTCCtt < 2:828907/148‑1 (MQ=255)
gAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGTATACCGGCGATCCATTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTAATTGTCACTAATTGACCGAAAGCGATGGTCGCTGGAGGTGGCCGTATGAAGGTTTTCCtt < 2:365941/148‑1 (MQ=255)
aGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCttt > 1:541542/1‑148 (MQ=255)
gCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGa < 4:426251/149‑1 (MQ=255)
cTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGt < 3:611532/138‑1 (MQ=255)
cTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGt > 4:611532/1‑138 (MQ=255)
tGGACTGGCAGGAAAATAGCGTGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAgg > 1:553885/1‑136 (MQ=255)
tGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAgg < 2:553885/136‑1 (MQ=255)
ggACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCATGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGa > 3:251855/1‑119 (MQ=255)
aCTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGc < 3:147919/149‑1 (MQ=255)
cTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGCCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGcc > 3:291827/1‑149 (MQ=255)
cAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGAc > 2:145129/1‑148 (MQ=255)
aGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGcc > 4:543883/1‑144 (MQ=255)
aGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGcc < 3:543883/144‑1 (MQ=255)
aGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTg > 3:15589/1‑149 (MQ=255)
aGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTg > 3:36784/1‑149 (MQ=255)
ggAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTgg < 4:36784/149‑1 (MQ=255)
ggAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTgg < 4:514045/149‑1 (MQ=255)
aaaTAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTa < 2:344512/117‑1 (MQ=255)
aaaTAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTa > 1:344512/1‑117 (MQ=255)
aTAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGgtgt > 2:760613/1‑148 (MQ=255)
aTAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTc < 3:111870/149‑1 (MQ=255)
cAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCg > 1:69983/1‑148 (MQ=255)
cAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGa < 3:415599/149‑1 (MQ=255)
aTTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGAc > 1:735568/1‑148 (MQ=255)
cGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTgg < 1:537312/148‑1 (MQ=255)
tGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTggcaggca > 4:397147/1‑149 (MQ=255)
ggCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTggcaggca < 1:698489/148‑1 (MQ=255)
gCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCt > 1:883351/1‑79 (MQ=255)
gCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCt < 2:883351/79‑1 (MQ=255)
gCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTggcag > 3:421803/1‑144 (MQ=255)
gCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTggcag < 4:421803/144‑1 (MQ=255)
gCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGgcaggcag > 1:406321/1‑148 (MQ=255)
cGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGc > 1:146665/1‑148 (MQ=255)
gggATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCt < 1:308161/148‑1 (MQ=255)
gATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTg < 1:441230/148‑1 (MQ=255)
gATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTg < 2:406321/148‑1 (MQ=255)
gATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTg < 1:760613/148‑1 (MQ=255)
aaCGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTgaga < 2:147084/148‑1 (MQ=255)
aTCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTg > 4:291294/1‑149 (MQ=255)
ccGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGc > 1:560380/1‑96 (MQ=255)
ccGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGc < 2:560380/96‑1 (MQ=255)
cGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGt > 1:41882/1‑148 (MQ=255)
tGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAg < 2:336684/148‑1 (MQ=255)
gagtaaTTTGCCACGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCg > 3:471593/6‑149 (MQ=255)
cTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCgg > 4:227824/1‑149 (MQ=255)
tCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGga > 4:46025/1‑149 (MQ=255)
gATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGgacg > 4:615497/1‑149 (MQ=255)
gATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGgacg > 4:648187/1‑149 (MQ=255)
aaTTTGCCACGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAg < 2:423675/69‑1 (MQ=255)
aaTTTGCCACGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAg > 1:423675/2‑70 (MQ=255)
aTTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTgg > 3:259423/1‑138 (MQ=255)
aTTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTgg < 4:259423/138‑1 (MQ=255)
ttGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGgacgac < 2:69983/148‑1 (MQ=255)
ttGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACt < 3:46025/149‑1 (MQ=255)
gTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACTGAgtg > 4:477835/1‑149 (MQ=255)
|
ACTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACTGAGTG > NC_000913/1443659‑1443951
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
