Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F25 I0 R2
|
821 |
102.6 |
3645220 |
97.9% |
3568670 |
140.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,684,019 |
C→T |
6.9% |
R380W (CGG→TGG) |
rstB → |
sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,684,019 | 0 | C | T | 6.9%
| 325.7
/ 11.1
| 102 | R380W (CGG→TGG) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/41); new base T (2/5); total (56/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCC > NC_000913/1683872‑1684163
|
gCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCg > 3:758387/1‑149 (MQ=255)
cccTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCgg > 3:522236/1‑149 (MQ=255)
ccTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCggg > 3:585035/1‑149 (MQ=255)
tGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGAt < 4:441449/149‑1 (MQ=255)
ggTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 3:148615/149‑2 (MQ=255)
ggTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGc < 4:480507/149‑1 (MQ=255)
ggTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGCGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 4:739956/149‑2 (MQ=255)
gTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 2:140192/148‑2 (MQ=255)
gTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 1:95288/148‑2 (MQ=255)
tACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCgag < 2:358460/148‑3 (MQ=255)
aCTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCa > 3:149911/1‑149 (MQ=255)
tGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAAc > 4:458297/1‑149 (MQ=255)
cATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGGGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACcg < 1:132998/148‑1 (MQ=255)
aTTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTATTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACcggc > 4:588548/1‑149 (MQ=255)
ttCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACcggcg < 4:20399/149‑1 (MQ=255)
tCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACcggcg > 1:240402/1‑148 (MQ=255)
aCGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCt > 2:417725/1‑148 (MQ=255)
aCGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCt > 2:10851/1‑148 (MQ=255)
cGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTg > 2:387746/1‑148 (MQ=255)
gTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgg > 4:272894/1‑149 (MQ=255)
ttGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCggg > 4:613747/1‑149 (MQ=255)
aaaCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggct < 2:810178/148‑1 (MQ=255)
aaCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctg < 2:426850/148‑1 (MQ=255)
aaCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctg < 1:43632/148‑1 (MQ=255)
aaCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctg < 1:237840/148‑1 (MQ=255)
aCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctggg > 3:24360/1‑149 (MQ=255)
ccAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctggg < 1:863606/148‑1 (MQ=255)
aGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGAt > 2:60365/1‑120 (MQ=255)
aGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGAt < 1:60365/120‑1 (MQ=255)
cTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGggctggggctgg > 2:185994/1‑148 (MQ=255)
gCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCa < 1:753340/148‑1 (MQ=255)
aCTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAAtt > 1:297572/1‑148 (MQ=255)
aCTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTg < 3:489227/149‑1 (MQ=255)
tGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGt < 1:417725/148‑1 (MQ=255)
tGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTc < 3:458297/149‑1 (MQ=255)
aacagagCGAAATTAATTGTTTATGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGACCACCGCGAACAGATCTTTGGGCCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGTCGTGATCGCTCTACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCtat < 4:758387/146‑1 (MQ=255)
gagCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAACCCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCTATTGTCCACTCTATATCa < 4:604937/149‑1 (MQ=255)
agCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACGTATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCAc > 3:813768/1‑149 (MQ=255)
gCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACt > 4:242104/1‑149 (MQ=255)
aCATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTgg > 2:292064/1‑148 (MQ=255)
aTTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGggctggggctgg < 4:246572/122‑1 (MQ=255)
aTTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGggctggggctgg > 3:246572/1‑122 (MQ=255)
aTTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCaa > 3:701019/1‑149 (MQ=255)
ttAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCaa > 2:174655/1‑148 (MQ=255)
aTTGGTGAGGATGATGGCCCAGGGATTACCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTGTGGTCGGCTCGATCCCAACCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCACTTGTCCACTCGATAACACTGGCTATggg > 4:101063/1‑149 (MQ=255)
ttgttgAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGc < 3:146985/149‑1 (MQ=255)
tgttgAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGc < 2:248149/148‑1 (MQ=255)
ttgAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGt > 3:681323/1‑149 (MQ=255)
ggATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACgg > 4:277967/1‑149 (MQ=255)
tgatgGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGtt > 2:118477/1‑148 (MQ=255)
tgGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAAtt < 4:655691/149‑1 (MQ=255)
tgGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAAtt < 3:774595/149‑1 (MQ=255)
ccAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATtgtg < 1:10851/148‑1 (MQ=255)
ccAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATtgtg < 1:174655/148‑1 (MQ=255)
ccAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATtgtg < 1:387746/148‑1 (MQ=255)
aGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGac > 1:10069/1‑148 (MQ=255)
gggATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGaca > 2:581439/1‑148 (MQ=255)
gggATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGaca > 2:457281/1‑148 (MQ=255)
gggATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGaca > 1:463183/1‑148 (MQ=255)
ttGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGc < 3:31724/149‑1 (MQ=255)
cccAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAAc > 4:718594/1‑149 (MQ=255)
cccAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGAGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAAc < 3:776659/149‑1 (MQ=255)
cAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACt > 2:668118/1‑148 (MQ=255)
cAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACt < 2:297572/148‑1 (MQ=255)
gAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTgg > 1:278774/1‑148 (MQ=255)
aaaaCCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAGCCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGggt < 4:41385/149‑1 (MQ=255)
aaaaCCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGggt < 3:277967/149‑1 (MQ=255)
cATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCtt < 3:242104/149‑1 (MQ=255)
tatCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtct > 4:435624/1‑149 (MQ=255)
atCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtctc > 4:849184/1‑149 (MQ=255)
atCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtct > 1:124013/1‑148 (MQ=255)
atCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtct > 2:556733/1‑148 (MQ=255)
tttGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGtt > 3:680847/1‑149 (MQ=255)
ttGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGttt < 3:762808/149‑1 (MQ=255)
gAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAg > 4:7643/1‑149 (MQ=255)
gAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAg > 3:148979/1‑149 (MQ=255)
aaCCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAg > 1:338086/1‑148 (MQ=255)
ccTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCATTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTg < 4:149911/149‑1 (MQ=255)
cTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 3:544372/1‑149 (MQ=255)
cTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 3:292695/1‑149 (MQ=255)
cTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 3:670542/1‑149 (MQ=255)
ttttGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 2:559107/1‑148 (MQ=255)
tttGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGc < 2:4822/148‑1 (MQ=255)
tttGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGAGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGc > 1:759039/1‑148 (MQ=255)
tttGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCGATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGcc < 3:613747/149‑1 (MQ=255)
gTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGtt > 4:362713/1‑149 (MQ=255)
ttCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGtt < 2:338086/148‑1 (MQ=255)
cGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCGCTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTAt < 2:240402/148‑1 (MQ=255)
cGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATg < 4:701019/149‑1 (MQ=255)
ccTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGGAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGc > 2:32433/1‑106 (MQ=255)
ccTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGc < 1:32433/106‑1 (MQ=255)
ccTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATgg > 1:253772/1‑148 (MQ=255)
gcGATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCAt > 4:237712/2‑149 (MQ=255)
gATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATa > 1:169848/1‑148 (MQ=255)
gATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa > 3:714949/1‑149 (MQ=255)
tCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc > 1:681575/1‑148 (MQ=255)
tCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc < 1:185994/148‑1 (MQ=255)
ccAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACAt < 2:278774/148‑1 (MQ=255)
ccAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATc < 4:148979/149‑1 (MQ=255)
cAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATcc > 4:821448/1‑149 (MQ=255)
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GCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCC > NC_000913/1683872‑1684163
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
