Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F25 I0 R2
|
821 |
102.6 |
3645220 |
97.9% |
3568670 |
140.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,906,229 |
T→G |
6.2% |
I181S (ATC→AGC) ‡ |
mntP → |
putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,906,229 | 0 | T | G | 6.2%
| 329.3
/ 8.4
| 96 | I181S (ATC→AGC) ‡ | mntP | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/47); new base G (3/3); total (46/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
CATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGC > NC_000913/1906083‑1906376
|
cATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATc > 1:698156/1‑148 (MQ=255)
cATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATc > 1:408790/1‑148 (MQ=255)
ttATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc < 3:164296/149‑1 (MQ=255)
ttATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc > 4:849227/1‑149 (MQ=255)
ttATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCct > 2:316400/1‑148 (MQ=255)
ttATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCct > 1:398790/1‑148 (MQ=255)
cgcgACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGa > 4:630217/1‑149 (MQ=255)
gcgACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGAc > 3:166779/1‑149 (MQ=255)
gACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGAGGATCTGGACg < 1:480476/148‑1 (MQ=255)
ccGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCAc > 3:133561/1‑149 (MQ=255)
ccGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCAc < 4:653808/149‑1 (MQ=255)
gCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTCTATCGTCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGTCGTCCAGATCTTCTGGACGCACTTCCACg > 2:102570/1‑148 (MQ=255)
aTTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTta < 4:23761/149‑1 (MQ=255)
aTTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGAGGATCTGGAc > 3:401867/1‑134 (MQ=255)
ttGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTtaa < 4:166779/149‑1 (MQ=255)
ttGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTta < 1:474967/148‑1 (MQ=255)
tGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc < 1:799924/127‑1 (MQ=255)
tGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc > 2:799924/1‑127 (MQ=255)
gTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTtaataa > 3:316621/1‑149 (MQ=255)
gTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTtaataa < 4:735078/149‑1 (MQ=255)
gtgCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGaa < 3:443003/149‑1 (MQ=255)
gtgCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGaa < 3:482294/149‑1 (MQ=255)
cAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACgg < 1:174195/136‑1 (MQ=255)
cAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACgg > 2:174195/1‑136 (MQ=255)
cAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACg < 1:569371/148‑1 (MQ=255)
aaCCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTGTGGACGCACTTCCACGGTtaataa > 3:67500/1‑142 (MQ=255)
aaCCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTtaataa < 4:67500/142‑1 (MQ=255)
aaCCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCt < 3:549425/149‑1 (MQ=255)
ttGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc > 3:551288/1‑114 (MQ=255)
ttGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc < 4:551288/114‑1 (MQ=255)
ttGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCa < 3:849227/149‑1 (MQ=255)
ttGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCa > 3:711426/1‑149 (MQ=255)
aTTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCaga > 2:399139/1‑148 (MQ=255)
aTGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGt > 2:239720/1‑148 (MQ=255)
gTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGaa < 4:563716/149‑1 (MQ=255)
gTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGaa < 4:223892/149‑1 (MQ=255)
gTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGa < 1:755017/148‑1 (MQ=255)
tCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGaa > 1:640641/1‑148 (MQ=255)
tCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGaa > 1:364813/1‑148 (MQ=255)
cAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGa < 2:355122/146‑1 (MQ=255)
cAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGa > 1:355122/1‑146 (MQ=255)
aaCATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAatat > 4:552666/1‑149 (MQ=255)
aTTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTaa > 4:772413/1‑149 (MQ=255)
gatgatGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc > 3:228380/1‑94 (MQ=255)
gatgatGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc < 4:228380/94‑1 (MQ=255)
gatgatGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTaaa < 3:99704/144‑1 (MQ=255)
gatgatGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTaaa > 4:99704/1‑144 (MQ=255)
atgatgGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCt > 3:897408/1‑124 (MQ=255)
atgatgGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCt < 4:897408/124‑1 (MQ=255)
atgatgGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTaaa > 3:559049/1‑143 (MQ=255)
atgatgGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTaaa < 4:559049/143‑1 (MQ=255)
ttggtCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCa > 1:726387/1‑148 (MQ=255)
ggtCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGt < 2:203862/148‑1 (MQ=255)
ggtCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGt < 1:755469/148‑1 (MQ=255)
cGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGa > 2:354938/1‑148 (MQ=255)
gCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGaa < 1:683211/148‑1 (MQ=255)
tCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACActt < 1:12088/148‑1 (MQ=255)
cGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATACTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGACGAACActtctt < 4:433248/149‑1 (MQ=255)
gCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCttt < 1:239720/148‑1 (MQ=255)
tCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTtgc > 4:393776/1‑149 (MQ=255)
cAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTtgc > 2:500088/1‑148 (MQ=255)
gg‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGtt > 3:177962/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGttt < 1:399139/148‑1 (MQ=255)
aaaaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTg > 2:823298/1‑148 (MQ=255)
aaaaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTg < 1:702778/148‑1 (MQ=255)
aaaaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTg < 1:770705/148‑1 (MQ=255)
aaaaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGc < 3:190278/149‑1 (MQ=255)
aaaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGc < 2:568896/148‑1 (MQ=255)
aaaGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGcc > 2:85014/1‑148 (MQ=255)
gCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGa < 2:408790/148‑1 (MQ=255)
gAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTc < 3:772413/149‑1 (MQ=255)
aaaTTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTc < 2:698156/148‑1 (MQ=255)
aaTTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGt < 1:351398/98‑1 (MQ=255)
aaTTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGt > 2:351398/1‑98 (MQ=255)
aaTTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTc < 4:754632/111‑1 (MQ=255)
aaTTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTc > 3:754632/1‑111 (MQ=255)
aTTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTg < 2:398790/148‑1 (MQ=255)
ctcGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCtt < 4:133561/149‑1 (MQ=255)
ggTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACTCTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGTCTTCGCACGCCAg < 2:257937/148‑1 (MQ=255)
tcggcatcggcGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACgg < 2:456082/148‑1 (MQ=255)
tcggcatcggcGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACgg < 1:85014/148‑1 (MQ=255)
tcggcatcggcGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACgg > 1:456082/1‑148 (MQ=255)
cggcatcggcGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGc > 1:630834/1‑148 (MQ=255)
catcggcGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTc < 2:726387/148‑1 (MQ=255)
cGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGc > 1:459306/1‑148 (MQ=255)
cGTCCAGAGGATCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGc < 3:361194/106‑1 (MQ=255)
cGTCCAGAGGATCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGc > 4:361194/1‑106 (MQ=255)
gTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCa < 1:102570/148‑1 (MQ=255)
gTCCAGAGGATCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCt > 4:265703/1‑114 (MQ=255)
gTCCAGAGGATCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCt < 3:265703/114‑1 (MQ=255)
aGATCTTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCaataa > 2:477360/1‑148 (MQ=255)
aGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCaataa > 1:145933/1‑148 (MQ=255)
gATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATg > 3:15558/1‑149 (MQ=255)
aTCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGcc < 4:607909/100‑1 (MQ=255)
aTCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGcc > 3:607909/1‑100 (MQ=255)
aTCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATg > 2:717737/1‑148 (MQ=255)
tCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGc > 2:324376/1‑148 (MQ=255)
|
CATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGG‑AAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGC > NC_000913/1906083‑1906376
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
