Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F25 I0 R2
|
821 |
102.6 |
3645220 |
97.9% |
3568670 |
140.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,373,180 |
T→C |
9.2% |
W97R (TGG→CGG) |
arnF → |
undecaprenyl phosphate‑alpha‑L‑ara4N exporter; flippase ArnEF subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,373,180 | 0 | T | C | 9.2%
| 390.9
/ 20.5
| 129 | W97R (TGG→CGG) | arnF | undecaprenyl phosphate‑alpha‑L‑ara4N exporter; flippase ArnEF subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/55); new base C (8/4); total (70/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GATACTGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCGGGGCTATA > NC_000913/2373035‑2373325
|
gATACTGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTggg > 4:234423/1‑149 (MQ=255)
tACTGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGa < 2:700132/148‑1 (MQ=255)
tACTGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGa < 1:15909/148‑1 (MQ=255)
gattGTTACTTCGGGCTCCTGGGTTTTCTCTTTTCCGTTTTTGGTTGGTATAAAACGCTT‑ATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGa < 2:264634/145‑1 (MQ=255)
aCTGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGaa < 1:723240/148‑1 (MQ=255)
tGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAgg < 1:567901/148‑1 (MQ=255)
tGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTAGGAAggg > 3:778717/1‑149 (MQ=255)
tGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCAGCCGGGAAgta < 3:558087/149‑3 (MQ=255)
gTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGa > 4:598526/1‑149 (MQ=255)
gTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGa < 3:243990/149‑1 (MQ=255)
ttAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAggg > 2:651953/1‑147 (MQ=255)
ttAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAggg < 1:651953/147‑1 (MQ=255)
atAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTTCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGAc < 4:778717/148‑1 (MQ=255)
tAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCTTAAA‑TTGCGGCAAGCAAAAGCCT‑TTCCTTTCTCAGTATGGGGTTTGTGGTGGTATGGAATTCTTCCATTGTACTTCCCGGCATGGAAggaatc > 1:264634/1‑144 (MQ=255)
gctgGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTg > 1:213528/1‑148 (MQ=255)
tgGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaaa < 3:51415/149‑1 (MQ=255)
tgGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaaa < 4:179258/149‑1 (MQ=255)
ttATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCac < 3:598526/149‑1 (MQ=255)
aTCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCacta > 4:600472/1‑149 (MQ=255)
tCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCactac > 3:520561/1‑149 (MQ=255)
gCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTAGGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTg > 2:17992/1‑148 (MQ=255)
tttCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGa > 3:224987/1‑149 (MQ=255)
ttCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaa < 2:564116/135‑1 (MQ=255)
tCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAATCTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCAATACTGGGAGt > 4:775254/1‑149 (MQ=255)
tCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAg > 1:445560/1‑148 (MQ=255)
tttttGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCt < 3:837319/149‑1 (MQ=255)
tttGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGt < 3:600472/149‑1 (MQ=255)
ttgttgGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGta < 3:386103/149‑1 (MQ=255)
ttgGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGtatta > 4:330879/1‑149 (MQ=255)
ttgGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGtatta < 3:330879/149‑1 (MQ=255)
tgGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGtatta < 2:274122/148‑1 (MQ=255)
tataAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTCTGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAg > 3:233264/1‑149 (MQ=255)
tataAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTg > 2:363503/1‑129 (MQ=255)
tataAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTg < 1:363503/129‑1 (MQ=255)
tataAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGa > 2:860403/1‑148 (MQ=255)
taAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTTGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCg > 3:811631/1‑149 (MQ=255)
taAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCg > 4:188278/1‑149 (MQ=255)
aaaaCGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCgg > 4:315912/1‑149 (MQ=255)
aaaCGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTACTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCggg > 4:825069/1‑149 (MQ=255)
aCGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGtt < 3:188278/149‑1 (MQ=255)
aCGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGt > 2:890696/1‑148 (MQ=255)
gCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTc > 3:750354/1‑105 (MQ=255)
gCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTc < 4:750354/105‑1 (MQ=255)
cTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGAt < 3:234423/149‑1 (MQ=255)
cTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGAt < 4:84335/149‑1 (MQ=255)
cTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAAGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGa < 1:427587/148‑1 (MQ=255)
aTAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACtttt > 4:500406/1‑98 (MQ=255)
aTAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTg < 4:346851/149‑1 (MQ=255)
tAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCt > 1:633571/1‑147 (MQ=255)
cTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGAtttt < 4:224987/149‑1 (MQ=255)
ttGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTc > 3:80832/1‑149 (MQ=255)
gcgcTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCt < 3:315912/149‑1 (MQ=255)
tactgaGC‑AAGGCATAGGCTTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTg > 3:224685/6‑149 (MQ=255)
gcTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGc > 3:22562/1‑149 (MQ=255)
gcTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGc > 4:354240/1‑149 (MQ=255)
cTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGc < 2:445560/148‑1 (MQ=255)
c‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACg > 1:507667/1‑148 (MQ=255)
aaGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACa > 4:218383/1‑149 (MQ=255)
ccTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACaaaa < 4:80832/149‑1 (MQ=255)
aTGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAaaca < 1:737344/148‑1 (MQ=255)
tGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAaacaa < 2:507667/148‑1 (MQ=255)
cTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaa < 2:105603/78‑1 (MQ=255)
cTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaa > 1:105603/1‑78 (MQ=255)
ttGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGtt < 1:559083/148‑1 (MQ=255)
gCTCAGTATGAGTTATATGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACt < 3:771520/149‑1 (MQ=255)
tCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaaa < 4:21051/74‑1 (MQ=255)
tCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGaaa > 3:21051/1‑74 (MQ=255)
tCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTg < 1:905230/148‑1 (MQ=255)
cAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGa > 1:741090/1‑148 (MQ=255)
tATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGttt > 3:866966/1‑149 (MQ=255)
aTGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGttt > 1:515169/1‑148 (MQ=255)
gTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTaca > 3:61721/1‑149 (MQ=255)
gTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTaca > 4:702788/1‑149 (MQ=255)
gATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGcc > 3:9555/1‑149 (MQ=255)
aTTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGcc > 1:261431/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCg > 3:137607/1‑149 (MQ=255)
aTTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCg > 4:184845/1‑149 (MQ=255)
tGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGt > 2:478501/1‑148 (MQ=255)
cTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTcc > 4:417673/1‑149 (MQ=255)
cTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTcc < 4:22562/149‑1 (MQ=255)
ttCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTCTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACGTTACACTGCCGTTccc > 3:572473/1‑149 (MQ=255)
cAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCa > 1:112596/1‑148 (MQ=255)
cAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCAc < 3:184845/149‑1 (MQ=255)
cAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCAc < 3:262829/149‑1 (MQ=255)
aTGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACt > 1:271447/1‑148 (MQ=255)
ggTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCa < 2:93789/148‑1 (MQ=255)
tcccTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATc > 3:136122/4‑149 (MQ=255)
gTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCAt < 1:890696/148‑1 (MQ=255)
cccTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATc > 2:719086/3‑148 (MQ=255)
ccTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCg > 1:607435/2‑148 (MQ=255)
ccTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCg > 2:906854/2‑148 (MQ=255)
cTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGtt < 2:335315/136‑1 (MQ=255)
cTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGtt > 1:335315/1‑136 (MQ=255)
cTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTc < 3:183290/137‑1 (MQ=255)
cTTCCCAGCCGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCgg > 1:844130/1‑148 (MQ=255)
ttCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTGGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAATGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCgggg > 4:555820/1‑149 (MQ=255)
ttCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGa > 4:835269/1‑90 (MQ=255)
ttCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCGGCCCACGa < 3:835269/90‑1 (MQ=255)
tCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCgggg > 2:398488/1‑148 (MQ=255)
cccGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCGGGGc > 2:891229/1‑148 (MQ=255)
|
GATACTGTTAC‑TCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGC‑AAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTCCTGCCCACGACAAAACAACGTTACTGAGTTTTCCCTGCCACTTTACACTGCCGTTCCCACTCATCGGGGCTATA > NC_000913/2373035‑2373325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
