Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F68 I0 R1
|
683 |
78.3 |
2772122 |
98.0% |
2716679 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
100,158 |
C→T |
7.4% |
P172L (CCG→CTG) |
murG → |
N‑acetylglucosaminyl transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 100,158 | 0 | C | T | 7.4%
| 301.5
/ 11.5
| 95 | P172L (CCG→CTG) | murG | N‑acetylglucosaminyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/47); new base T (4/3); total (45/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 |
CTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAGGT > NC_000913/100010‑100306
|
cTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGcc > 4:169940/1‑149 (MQ=255)
cTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGcc > 3:263865/1‑149 (MQ=255)
tGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgc < 4:177791/146‑1 (MQ=255)
tGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgc > 3:177791/1‑146 (MQ=255)
gAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgcagca > 3:556406/1‑149 (MQ=255)
gAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgcagca > 3:109872/1‑149 (MQ=255)
gAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgcagca > 4:491996/1‑149 (MQ=255)
aaCAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCaa > 1:574684/1‑149 (MQ=255)
aaCAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCaa > 3:139661/1‑149 (MQ=255)
aaCAAAACGGTATTGCGAGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCaa < 3:11817/149‑1 (MQ=255)
aCAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAAc < 4:542561/149‑1 (MQ=255)
aaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGttt > 2:94440/1‑149 (MQ=255)
aaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGttt < 2:574684/149‑1 (MQ=255)
cGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGt < 1:26247/149‑1 (MQ=255)
ttAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGttt > 1:518177/1‑134 (MQ=255)
ttAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGttt < 2:518177/134‑1 (MQ=255)
ttAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAgg > 3:459329/1‑149 (MQ=255)
aCCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTcc > 4:421736/1‑149 (MQ=255)
ccAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAATGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCg > 4:481341/1‑149 (MQ=255)
ccAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCg > 4:183756/1‑149 (MQ=255)
aaTAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGt > 1:645193/1‑149 (MQ=255)
tAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTc < 2:535708/149‑1 (MQ=255)
gaaaTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTTTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGttt < 4:444648/148‑2 (MQ=255)
aaTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgt < 3:169940/149‑1 (MQ=255)
aaTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgt < 1:683701/149‑1 (MQ=255)
aaTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgt < 3:491996/149‑1 (MQ=255)
aaTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgt < 3:481341/149‑1 (MQ=255)
aaTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgt < 3:183756/149‑1 (MQ=255)
acggctggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgtg < 4:572296/147‑1 (MQ=255)
ggctggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGtgtg < 3:529459/149‑1 (MQ=255)
gctggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGc < 2:393575/149‑1 (MQ=255)
tggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTg > 2:331018/1‑149 (MQ=255)
gAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgca < 4:137965/105‑1 (MQ=255)
gAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgca > 3:137965/1‑105 (MQ=255)
gAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAg > 4:350897/1‑149 (MQ=255)
aaGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgt < 4:639996/149‑1 (MQ=255)
aGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtg < 1:671528/149‑1 (MQ=255)
gATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgg < 3:644996/149‑1 (MQ=255)
gATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgg < 1:331018/149‑1 (MQ=255)
accaAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCTGCGGCAACggca < 3:204015/104‑4 (MQ=255)
accaAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCTGCGGCAACggca > 4:204015/1‑101 (MQ=255)
accaAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTtc > 3:89859/1‑149 (MQ=255)
tGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGgc < 3:350897/149‑1 (MQ=255)
gATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGgcg > 4:72009/1‑149 (MQ=255)
gTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTc < 1:94440/149‑1 (MQ=255)
tCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTa < 4:172736/149‑1 (MQ=255)
cAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAAc < 2:226331/149‑1 (MQ=255)
cAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAAc < 3:457108/149‑1 (MQ=255)
aGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAAcc > 1:118885/1‑149 (MQ=255)
cTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACa > 4:383964/1‑149 (MQ=255)
tttCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgtgt < 3:506904/102‑1 (MQ=255)
tttCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgtgt > 4:506904/1‑102 (MQ=255)
cccTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGc > 4:245784/1‑149 (MQ=255)
ccTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtg < 2:126199/112‑1 (MQ=255)
ccTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtg > 1:126199/1‑112 (MQ=255)
cTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGtt < 4:519868/114‑1 (MQ=255)
cTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGtt > 3:519868/1‑114 (MQ=255)
tAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGc > 1:142634/1‑149 (MQ=255)
ggAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTtg < 3:310561/149‑1 (MQ=255)
aaGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTtgct < 2:118885/149‑1 (MQ=255)
agtGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGa > 1:372097/1‑149 (MQ=255)
gggTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAAc < 2:372097/149‑1 (MQ=255)
gTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGcc > 4:133385/1‑130 (MQ=255)
gTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGcc < 3:133385/130‑1 (MQ=255)
tAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 2:142634/149‑1 (MQ=255)
tAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 4:109872/149‑1 (MQ=255)
tAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 3:355931/149‑1 (MQ=255)
ccGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATg < 2:376910/123‑1 (MQ=255)
ccGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATg > 1:376910/1‑123 (MQ=255)
ggTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGAtt < 4:459329/149‑1 (MQ=255)
gTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTc > 3:449076/1‑149 (MQ=255)
tGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCa < 4:556406/149‑1 (MQ=255)
tGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCa < 3:383964/149‑1 (MQ=255)
gTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg > 2:673663/1‑138 (MQ=255)
gTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 1:673663/138‑1 (MQ=255)
aCCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCAc < 4:411525/149‑1 (MQ=255)
cGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTa > 1:386995/1‑149 (MQ=255)
cGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTa > 2:269560/1‑149 (MQ=255)
cGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTa > 4:683574/1‑149 (MQ=255)
cGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTa > 2:106798/1‑149 (MQ=255)
gtTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGc < 3:421736/149‑1 (MQ=255)
gtTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTACGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGc > 2:587839/1‑149 (MQ=255)
ttGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCa > 1:185859/1‑149 (MQ=255)
tGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCAt < 1:269560/149‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATc > 1:487792/1‑149 (MQ=255)
ggCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATc > 1:225663/1‑149 (MQ=255)
caaacGTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTc < 3:425124/128‑1 (MQ=255)
caaacGTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTGCTTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTAAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTc > 4:425124/5‑132 (MQ=255)
tGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGc < 4:139661/149‑1 (MQ=255)
gCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCACAGCg < 1:587839/149‑1 (MQ=255)
aacGTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCtt < 1:257743/83‑1 (MQ=255)
aacGTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCtt > 2:257743/3‑85 (MQ=255)
aacGTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCg > 1:199586/3‑149 (MQ=255)
cGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGc < 4:512286/149‑1 (MQ=255)
gTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCa > 4:202007/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCa > 4:315414/1‑149 (MQ=255)
gCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAg > 2:363371/1‑149 (MQ=255)
cGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAGGt > 4:463653/1‑149 (MQ=255)
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CTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGCGTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAGGT > NC_000913/100010‑100306
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
