Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F68 I0 R1
|
683 |
78.3 |
2772122 |
98.0% |
2716679 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,062,357 |
T→A |
6.8% |
intergenic (+22/+34) |
asnV → / ← ldtA |
tRNA‑Asn/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,062,357 | 0 | T | A | 6.8%
| 205.8
/ 4.6
| 59 | intergenic (+22/+34) | asnV/ldtA | tRNA‑Asn/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/22); new base A (2/2); total (35/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 |
TTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAA > NC_000913/2062212‑2062504
|
tttGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGc > 2:389880/1‑149 (MQ=255)
ttGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCa < 1:214312/149‑1 (MQ=255)
aCATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGc < 4:316621/149‑1 (MQ=255)
aTCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCtt > 1:209256/1‑149 (MQ=255)
cACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTAGAAAGCAGGCtttt < 1:64425/149‑1 (MQ=255)
aCCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCttttt < 4:666986/149‑1 (MQ=255)
aCCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCttttt < 1:456949/149‑1 (MQ=255)
aTGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCt > 2:601951/1‑149 (MQ=255)
tGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTaa > 1:415088/1‑149 (MQ=255)
gCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAAt < 3:671023/149‑1 (MQ=255)
gCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACCGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAAt < 4:324746/149‑1 (MQ=255)
aTTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTAc > 4:345639/1‑149 (MQ=255)
ttAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTAcc > 3:86545/1‑149 (MQ=255)
gcCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCtt > 4:28642/1‑149 (MQ=255)
acacGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTaaaa < 2:192631/144‑1 (MQ=255)
acacGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTaaaa > 1:192631/1‑144 (MQ=255)
ctctGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAAc > 2:424216/1‑149 (MQ=255)
tctGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAAcc > 1:541095/1‑149 (MQ=255)
tGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAg > 1:225710/1‑149 (MQ=255)
gTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGa > 1:237009/1‑149 (MQ=255)
gTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACt > 2:173242/1‑149 (MQ=255)
cAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAAt < 1:389880/149‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAAtt < 1:158781/149‑1 (MQ=255)
gTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAAttt < 2:209256/149‑1 (MQ=255)
cGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGc > 4:443811/1‑149 (MQ=255)
gTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGcac > 2:58202/1‑149 (MQ=255)
aGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAg < 1:173242/149‑1 (MQ=255)
gAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAACAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAgg > 4:497679/1‑149 (MQ=255)
cggACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTACAACATCTGTCTTGAACCATAACTAATTTGCACAGGCATTcc < 2:541095/149‑1 (MQ=255)
ggACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTccc > 4:622634/1‑149 (MQ=255)
gTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCg > 4:123007/1‑149 (MQ=255)
ttAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGAt < 2:681608/146‑1 (MQ=255)
ttAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGAt > 1:681608/1‑146 (MQ=255)
ttAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGa > 3:457753/1‑149 (MQ=255)
tCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGtt < 3:443811/149‑1 (MQ=255)
gTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACgc > 3:37829/1‑149 (MQ=255)
tCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACgca > 4:392358/1‑149 (MQ=255)
aCTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTGTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTGGAACCAGAAGTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACgcagc > 3:430503/1‑149 (MQ=255)
tCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTgc < 2:237009/149‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGAt > 1:541561/1‑149 (MQ=255)
gTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTAc < 1:601951/149‑1 (MQ=255)
tCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACa < 3:123007/149‑1 (MQ=255)
tCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACa > 2:400677/1‑149 (MQ=255)
tCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACa < 1:424216/149‑1 (MQ=255)
ccAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATc < 4:655446/108‑1 (MQ=255)
ccAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGCCATTCCCGATc > 3:655446/1‑108 (MQ=255)
aaTTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGc > 1:407771/1‑149 (MQ=255)
ttCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGccc > 4:281467/1‑149 (MQ=255)
aaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGca < 1:577417/84‑1 (MQ=255)
aaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTg < 3:345639/149‑1 (MQ=255)
aaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCGAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGca > 2:577417/1‑84 (MQ=255)
aaaaaGCCTGCTAGAAAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCaa > 3:399715/1‑109 (MQ=39)
aaaaaGCCTGCTAGAAAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCaa < 4:399715/109‑1 (MQ=39)
aaaaaGCCTGCTAGAAAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTg > 4:96531/1‑149 (MQ=255)
aaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATa > 4:112943/1‑149 (MQ=255)
aaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATa > 4:681306/1‑149 (MQ=255)
cTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACg > 3:31355/1‑149 (MQ=255)
cTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGccc < 1:400677/149‑1 (MQ=255)
cTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCaa > 4:589057/1‑149 (MQ=255)
|
TTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAA > NC_000913/2062212‑2062504
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
