Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A35 F9 I0 R1
|
1164 |
192.0 |
7567036 |
97.0% |
7340024 |
130.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
93,805 |
T→A |
5.2% |
Y214N (TAT→AAT) |
murE → |
UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanyl‑D‑glutamate:meso‑ diaminopimelate ligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 93,805 | 0 | T | A | 5.2%
| 708.3
/ 20.5
| 191 | Y214N (TAT→AAT) | murE | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanyl‑D‑glutamate:meso‑ diaminopimelate ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/92); new base A (5/5); total (94/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGA > NC_000913/93658‑93953
|
gTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTa > 4:583022/1‑149 (MQ=255)
tCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCAGCTTGATTATc < 4:235067/149‑1 (MQ=255)
tCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATc < 4:1678307/149‑1 (MQ=255)
cATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATgg < 3:583022/149‑1 (MQ=255)
cATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATgg < 4:1141488/149‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGatat > 2:1530341/1‑149 (MQ=255)
tGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATg > 2:189874/1‑149 (MQ=255)
ggCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATgg < 1:1109189/149‑1 (MQ=255)
cTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTa < 1:1530341/149‑1 (MQ=255)
tggtggATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTAc < 2:545881/149‑1 (MQ=255)
gtggATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGa < 3:1848771/149‑1 (MQ=255)
ggATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGacg < 4:1338038/149‑3 (MQ=255)
ggATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAg < 3:1529617/149‑1 (MQ=255)
gATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGc > 1:654008/1‑149 (MQ=255)
aTCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGa > 4:328783/1‑130 (MQ=255)
aTCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGa < 3:328783/130‑1 (MQ=255)
tCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCcg > 3:731591/1‑149 (MQ=255)
aGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGaa > 4:666006/1‑143 (MQ=255)
aGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGaa < 3:666006/143‑1 (MQ=255)
gcgcGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGaaa < 1:521359/149‑1 (MQ=255)
cgcgACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAAt < 1:71930/149‑1 (MQ=255)
gACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATg > 2:1875301/1‑116 (MQ=255)
gACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACt < 2:834449/131‑1 (MQ=255)
gACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgc > 3:1350203/1‑149 (MQ=255)
gACGTTTTGCGCAATGGAAGTTGCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATg < 1:1875301/116‑1 (MQ=255)
aCGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATgg > 4:1130650/1‑124 (MQ=255)
ttttGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTAt > 1:572825/1‑108 (MQ=255)
ttttGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTAt > 3:6292/1‑108 (MQ=255)
ttttGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTAt < 4:6292/108‑1 (MQ=255)
ttttGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgctgct < 4:1316577/149‑1 (MQ=255)
gcgcAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgctg > 1:561015/1‑143 (MQ=255)
cgcAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTAtt < 1:1041385/149‑1 (MQ=255)
tGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAg < 4:11124/123‑1 (MQ=255)
tGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAg > 3:101412/1‑149 (MQ=255)
tGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAg < 4:1350203/149‑1 (MQ=255)
ggAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgct > 3:792310/1‑135 (MQ=255)
gAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGa > 4:1623337/1‑146 (MQ=255)
gAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACCAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGa < 3:1623337/146‑1 (MQ=255)
tttCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATg < 1:1200192/104‑1 (MQ=255)
tcctccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAaca < 1:231772/107‑1 (MQ=255)
tcctccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAaca > 2:231772/1‑107 (MQ=255)
ctccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAg < 2:57085/139‑1 (MQ=255)
ctccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCg > 2:1718701/1‑149 (MQ=255)
ctccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCg < 4:347435/149‑1 (MQ=255)
tccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCAtt < 3:1161538/145‑1 (MQ=255)
ccACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgctg > 1:683870/1‑124 (MQ=255)
cACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCa < 1:1385296/149‑1 (MQ=255)
cACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCa < 2:1341830/149‑1 (MQ=255)
cTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGat < 1:104154/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGa < 1:1722901/89‑1 (MQ=255)
gTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGa > 2:1722901/1‑89 (MQ=255)
gTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGattat < 4:1848659/149‑1 (MQ=255)
aGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAAc < 1:189874/149‑1 (MQ=255)
aCCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGcc > 3:1008850/1‑149 (MQ=255)
cGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGatt > 3:513533/1‑138 (MQ=255)
cGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGatt < 4:513533/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCcgacg > 1:909560/1‑149 (MQ=255)
ggcATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAg < 4:731591/149‑1 (MQ=255)
gcATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCAtt < 4:1416626/115‑1 (MQ=255)
gcATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCAtt > 3:1416626/1‑115 (MQ=255)
cATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg > 1:276663/1‑149 (MQ=255)
ttGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTCTCATGGTGATATGGAACACTCCGaa < 2:1455172/78‑1 (MQ=255)
ttGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGaa > 1:1455172/1‑78 (MQ=255)
ttGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGa < 1:1273724/104‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGat < 1:1559709/122‑1 (MQ=255)
gcgTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGat < 2:291205/113‑1 (MQ=255)
gcgTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCgctggct < 2:1357433/149‑1 (MQ=255)
tCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCtggctggc > 1:122144/1‑149 (MQ=255)
gTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGt > 4:1012214/1‑42 (MQ=255)
gTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTc < 1:472826/83‑1 (MQ=255)
gTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTc > 2:472826/1‑83 (MQ=255)
gTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCaaa > 4:48894/1‑149 (MQ=255)
tCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGctggctgg > 1:1054645/1‑144 (MQ=255)
aCCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGcc < 2:94852/149‑1 (MQ=255)
aCCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGcc > 2:1065045/1‑149 (MQ=255)
ccAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGat > 2:1481180/1‑100 (MQ=255)
cAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCgg > 4:1793156/1‑149 (MQ=255)
aaCTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGa > 2:676062/1‑149 (MQ=255)
aCTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGATGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGAc > 1:419788/1‑149 (MQ=255)
aCTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGt > 2:356175/1‑118 (MQ=255)
aCTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGt < 1:356175/118‑1 (MQ=255)
cTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGcc < 2:1591536/144‑1 (MQ=255)
gCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCt > 1:999272/1‑68 (MQ=255)
tccataTCACCATGATAATCAAGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCgctgg > 4:90863/6‑124 (MQ=255)
ccGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTg > 2:626125/1‑149 (MQ=255)
ccataTCACCATGATAATCAAGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGcc > 1:746082/5‑137 (MQ=255)
gcgATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCg < 2:71656/149‑1 (MQ=255)
gATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgctgc < 3:1316709/55‑1 (MQ=255)
aTCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTa > 2:728296/1‑149 (MQ=255)
aTCACCATGATAATCAAGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCGGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCgg < 2:1782950/141‑1 (MQ=255)
aTCACCATGATAATCAAGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCGGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCgg > 1:1782950/1‑141 (MQ=255)
cACCATGATAATCAAGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGgctgc < 3:994033/52‑1 (MQ=25)
ccTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGa < 3:1124240/60‑1 (MQ=255)
cTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGAcgc < 2:1186047/134‑1 (MQ=255)
cTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAAt > 1:1349005/1‑149 (MQ=255)
ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGTCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATg > 3:1197435/1‑149 (MQ=255)
gATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGc > 2:1229700/1‑124 (MQ=255)
gATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGa > 3:426478/1‑149 (MQ=255)
ttATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAAt > 1:1710353/1‑144 (MQ=255)
tATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGa < 3:48894/149‑1 (MQ=255)
|
GTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGA > NC_000913/93658‑93953
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
