Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A35 F9 I0 R1
|
1164 |
192.0 |
7567036 |
97.0% |
7340024 |
130.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,585,156:1 |
+C |
6.8% |
coding (1331/2280 nt) |
ydeP ← |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,585,156 | 1 | . | C | 6.8%
| 912.6
/ 60.8
| 207 | coding (1331/2280 nt) | ydeP | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (100/93); new base C (9/5); total (109/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGG > NC_000913/1585010‑1585304
|
gCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑ca < 3:148967/149‑1 (MQ=255)
gCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑ca > 3:216075/1‑149 (MQ=255)
gCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAACCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑ca < 1:379520/149‑1 (MQ=255)
aGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACTTATTGCTTGCATGCT‑GCAATTGCCAGCAt < 3:1619575/149‑1 (MQ=255)
cTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCa > 2:1238085/1‑149 (MQ=255)
tACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGACCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAg < 3:969963/149‑1 (MQ=255)
tgtACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGc < 1:702657/149‑1 (MQ=255)
tACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCAt > 3:551247/1‑149 (MQ=255)
cAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTg < 4:551247/149‑1 (MQ=255)
aaTCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTggg < 1:1044164/149‑1 (MQ=255)
aTCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTgggg > 3:825401/1‑149 (MQ=255)
aTCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTgggg < 1:912843/149‑1 (MQ=255)
tCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCGCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCAAGAGGTGGGGt > 4:1208364/1‑149 (MQ=255)
tAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGa > 2:613525/1‑149 (MQ=255)
tGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATTCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGcc < 2:1369120/149‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGt < 3:1307690/138‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGcc > 3:880094/1‑149 (MQ=255)
gTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATa > 1:730738/1‑149 (MQ=255)
ttAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTggg < 4:1737853/137‑1 (MQ=255)
ttAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTggg > 1:1398200/1‑137 (MQ=255)
tAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAgc > 4:891190/1‑149 (MQ=255)
aCAGCGCTCGATTCCCGATCTCGCATTGCCAGCGAAAAATTCACCCCCATGCTGATCAATACTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGTAATTG‑CCGCATGTCCAGGGGCATGATGTGAGGTGAAGCCATAGCGCTTAcc > 4:1668086/1‑149 (MQ=255)
gcgcTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑cagc < 1:1278422/104‑1 (MQ=255)
gcgcTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑cagc > 2:1278422/1‑104 (MQ=255)
cgctcgctTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGa < 1:195927/149‑1 (MQ=255)
gctcgctTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGt < 3:1601001/121‑1 (MQ=255)
tcgctTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGa > 1:404732/1‑149 (MQ=255)
cccGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGa > 2:1178859/1‑149 (MQ=255)
cGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGaaa > 2:1106476/1‑149 (MQ=255)
cGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGaaa < 1:941652/149‑1 (MQ=255)
cGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGaaa < 2:1754731/149‑1 (MQ=255)
tGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTg > 1:1122356/1‑149 (MQ=255)
gCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGt < 3:106453/109‑1 (MQ=255)
gCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCa < 3:1668086/149‑1 (MQ=255)
gCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACgg > 1:1790830/1‑149 (MQ=255)
aGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGttt < 4:825401/149‑1 (MQ=255)
gcAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGt > 2:905448/1‑93 (MQ=255)
gcAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTtctc < 4:1886685/149‑1 (MQ=255)
cAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCg < 1:1387808/149‑1 (MQ=255)
aaaaTTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGa < 1:1739793/118‑1 (MQ=255)
aaaTTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGt < 1:1776084/149‑1 (MQ=255)
ccccATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGa < 1:1641899/109‑1 (MQ=255)
ccATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGt < 1:1545268/71‑1 (MQ=255)
ccATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGt > 2:1545268/1‑71 (MQ=255)
cATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACgg > 1:880381/1‑149 (MQ=255)
aTGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGt < 1:1178859/149‑1 (MQ=255)
tGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGa > 4:962655/1‑104 (MQ=255)
tGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATAc < 1:821652/141‑1 (MQ=255)
gCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTc > 2:1416203/1‑149 (MQ=255)
gCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTc < 3:852727/149‑1 (MQ=255)
aGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACgg < 1:1782743/124‑1 (MQ=255)
aTCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGtt < 1:1151368/124‑1 (MQ=255)
aTCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGtt > 2:1151368/1‑124 (MQ=255)
aTCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAACCAGAAActct < 1:990806/114‑1 (MQ=255)
tCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCg > 2:403033/1‑149 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACGTATTGCTTGCATGCT‑GCAATTg‑cca > 1:1845336/1‑46 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGAc < 2:1574410/97‑1 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGcc > 2:523205/1‑102 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGcc > 3:1263864/1‑149 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGcc > 4:1349763/1‑149 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGcc > 4:398542/1‑149 (MQ=255)
aaTGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGcc > 4:1787363/1‑149 (MQ=255)
tGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCt < 2:870657/149‑1 (MQ=255)
tGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCt < 4:160404/149‑1 (MQ=255)
tCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTa > 1:470605/1‑149 (MQ=255)
ccTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGTTACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTa < 3:1208364/149‑1 (MQ=255)
ccTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTa < 2:71215/149‑1 (MQ=255)
tGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTaga < 2:1788201/149‑1 (MQ=255)
tGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTaga > 2:1839556/1‑149 (MQ=255)
tGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTaga < 4:1049901/149‑1 (MQ=255)
tGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTaga < 4:1313970/149‑1 (MQ=255)
cGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTc < 3:1349374/149‑1 (MQ=255)
gTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACTCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTcc > 1:848779/1‑149 (MQ=255)
gTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTcc > 3:663090/1‑149 (MQ=255)
gTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTcc < 3:936505/149‑1 (MQ=255)
gTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTcc < 4:1263864/149‑1 (MQ=255)
aCATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCag < 3:1394295/149‑2 (MQ=255)
atatTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTagag < 3:410367/140‑1 (MQ=255)
atatTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTagag > 4:410367/1‑140 (MQ=255)
tgcttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTg > 4:664526/1‑149 (MQ=255)
tgcttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTg > 1:1077292/1‑149 (MQ=255)
tgcttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTg > 3:623383/1‑149 (MQ=255)
tgcttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTg < 2:1777091/149‑1 (MQ=255)
gcttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTgg > 3:1782262/1‑149 (MQ=255)
gcttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTgg < 2:1863610/149‑1 (MQ=255)
tggacATGCT‑GCAATTGCCAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGAc > 4:1434626/5‑89 (MQ=38)
ttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTggg > 4:852895/1‑43 (MQ=255)
ttgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGa > 4:1136653/1‑101 (MQ=255)
tgcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCa < 3:398542/149‑1 (MQ=255)
gacATGCT‑GCAATTGCCAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGccc > 3:1873535/3‑120 (MQ=255)
gcATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAg < 1:58870/149‑1 (MQ=255)
acATGCT‑GCAATTGCCAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTaga > 3:11700/2‑130 (MQ=255)
cATGCT‑GCAATTGCCAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGATGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGa > 2:790452/1‑149 (MQ=255)
cATGCT‑GCAATTGCCAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGa > 4:1641464/1‑149 (MQ=255)
tGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTGCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATAccc > 4:424468/1‑149 (MQ=255)
gCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAActct > 3:1014706/1‑72 (MQ=255)
gCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGAt < 2:1700702/92‑1 (MQ=255)
gCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGc > 4:1587121/1‑149 (MQ=255)
aaTTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCAc > 2:262243/1‑149 (MQ=255)
g‑cagcaTGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAgg < 2:914182/149‑1 (MQ=255)
|
GCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGG > NC_000913/1585010‑1585304
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
