Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A35 F9 I0 R1
|
1164 |
192.0 |
7567036 |
97.0% |
7340024 |
130.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,666,470 |
C→A |
5.1% |
L386I (CTA→ATA) |
clcB → |
H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,666,470 | 0 | C | A | 5.1%
| 494.2
/ 12.8
| 137 | L386I (CTA→ATA) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/61); new base A (5/2); total (74/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGATAAG > NC_000913/1666322‑1666618
|
tGGTCGTAGCCTGGGATTATGGATCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGc < 4:695111/149‑1 (MQ=255)
tCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTAc > 4:1850431/1‑149 (MQ=255)
cTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTa > 2:1831653/1‑141 (MQ=255)
cTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTa < 1:1831653/141‑1 (MQ=255)
cTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCgg > 1:662346/1‑149 (MQ=255)
tGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCGGCTACTcc < 3:1061243/144‑1 (MQ=255)
tGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGt > 2:1752850/1‑149 (MQ=255)
tGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGt > 1:488591/1‑149 (MQ=255)
gATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTa < 3:1281971/149‑1 (MQ=255)
gATTATGGTTCCCCGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCg > 3:689519/1‑144 (MQ=255)
aTTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTat < 3:268502/149‑1 (MQ=255)
tGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTattgat < 2:1273607/149‑1 (MQ=255)
ccTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGtt > 3:918407/1‑136 (MQ=255)
tGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGc > 1:1278277/1‑122 (MQ=255)
tGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGc < 2:1278277/122‑1 (MQ=255)
aTGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTa > 2:62379/1‑149 (MQ=255)
gaagaaATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAAtt < 4:882667/147‑1 (MQ=255)
gaagaaATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAAtt > 3:882667/1‑147 (MQ=255)
aagaaATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTAc > 1:1006873/1‑117 (MQ=255)
aagaaATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTAc < 2:1006873/117‑1 (MQ=255)
agaaATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTat < 2:1426054/128‑1 (MQ=255)
agaaATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTat > 1:1426054/1‑128 (MQ=255)
ttACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTa > 2:771905/1‑149 (MQ=255)
acTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCTCCGATTATGTCAACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTa > 4:1308597/1‑106 (MQ=255)
acTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTa < 3:1308597/106‑1 (MQ=255)
acTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCg < 1:317004/142‑1 (MQ=255)
cTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTc > 4:342559/1‑149 (MQ=255)
ttttACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGTACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGcc > 4:1625477/1‑125 (MQ=255)
ttttACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGcc < 3:1625477/125‑1 (MQ=255)
tCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACg > 1:1041504/1‑149 (MQ=255)
tCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACg > 3:1477804/1‑149 (MQ=255)
tCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACg > 1:382937/1‑149 (MQ=255)
tCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACg > 3:883145/1‑149 (MQ=255)
gATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTat < 4:1272234/108‑1 (MQ=255)
gATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTa < 3:1850431/149‑1 (MQ=255)
gtgATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCAGATTATGTCGACATTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGa < 2:488591/147‑1 (MQ=255)
gCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTcgcg < 1:1871609/128‑1 (MQ=255)
acacTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACtctatcta < 2:382937/149‑1 (MQ=255)
acacTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACtctatcta < 4:1477804/149‑1 (MQ=255)
acTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTAcc > 3:1103441/1‑149 (MQ=255)
tGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGc > 4:1874829/1‑149 (MQ=255)
ttGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCa < 3:342559/149‑1 (MQ=255)
ggcgACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGcaca < 4:883145/149‑1 (MQ=255)
gACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTaca < 1:69964/120‑1 (MQ=255)
gACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTaca > 4:800041/1‑120 (MQ=255)
gACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTaca > 2:69964/1‑120 (MQ=255)
gACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTaca < 3:800041/120‑1 (MQ=255)
gACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGActct > 1:492023/1‑130 (MQ=255)
gACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGActct < 2:492023/130‑1 (MQ=255)
ccACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCTGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTgcg < 4:1103441/149‑1 (MQ=255)
cacgcacgCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTgttgat < 1:536275/78‑1 (MQ=255)
cgcgCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATa < 2:1041504/149‑1 (MQ=255)
gcgcCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTcgcg > 4:954475/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTcgcg < 3:954475/101‑1 (MQ=255)
gcCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCgcagc < 3:1817916/143‑1 (MQ=255)
aTTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGc > 2:196118/1‑149 (MQ=255)
aCGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGTCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt > 3:1292321/1‑144 (MQ=255)
aCGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt < 4:269320/144‑1 (MQ=255)
aCGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATCTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt < 4:1292321/144‑1 (MQ=255)
gTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAg > 2:1857584/1‑115 (MQ=255)
gTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAg < 1:1857584/115‑1 (MQ=255)
gTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGc > 3:1852583/1‑149 (MQ=255)
gTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGc < 2:492160/149‑1 (MQ=255)
ttGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGcc < 4:1852583/149‑1 (MQ=255)
atgatATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCa > 2:285322/1‑149 (MQ=255)
tggtatGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGTAGCATAGCt < 1:1614788/126‑1 (MQ=255)
tgatATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCt < 3:721825/129‑1 (MQ=255)
tgatATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCt > 2:1614788/1‑129 (MQ=255)
tgatATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCt > 4:721825/1‑129 (MQ=255)
tgatATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAg > 1:1212687/1‑149 (MQ=255)
gtgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGa > 2:1014222/1‑88 (MQ=255)
gtgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGa < 1:1014222/88‑1 (MQ=255)
gtgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGc < 4:647204/138‑1 (MQ=255)
gtgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGc > 3:647204/1‑138 (MQ=255)
tgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACGCTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGc > 4:813830/1‑149 (MQ=255)
tgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGc > 1:1362475/1‑126 (MQ=255)
tGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGa < 4:399120/82‑1 (MQ=255)
cGGGGAGTAGCTGATACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGgcg > 1:1202222/1‑149 (MQ=255)
ggggAGTAGCTGATACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCgcagca < 4:1747314/107‑1 (MQ=255)
gggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTc > 4:773376/1‑49 (MQ=255)
gggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTc < 3:773376/49‑1 (MQ=255)
gggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGgcgcg > 4:1690970/1‑149 (MQ=255)
gggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGgcgcg > 1:428008/1‑149 (MQ=255)
gggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGgcgcg > 2:377988/1‑149 (MQ=255)
gggAGTAGCTGATACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt < 4:944146/119‑1 (MQ=255)
ggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt > 3:1720224/1‑118 (MQ=255)
tATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCa > 4:1432673/1‑149 (MQ=255)
tATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCACAGTTCACGATGTTCGGCGCGCGGCa > 3:1201386/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGa > 2:228384/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGa > 3:1552073/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGa > 1:1734319/1‑149 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGa > 4:206320/1‑108 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGa < 3:206320/108‑1 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt < 1:604725/109‑1 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGAt > 2:604725/1‑109 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGc < 3:971811/116‑1 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGATaa < 3:304949/149‑1 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGATaa < 4:1552073/149‑1 (MQ=255)
gCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGATaa > 4:1318691/1‑149 (MQ=255)
cTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGATAAg > 4:1783307/1‑149 (MQ=255)
|
TGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGCGGCAGATAAG > NC_000913/1666322‑1666618
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
