Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F18 I0 R1
|
285 |
135.8 |
3090856 |
94.0% |
2905404 |
140.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,646,189 |
G→C |
100% |
A155G (GCA→GGA) |
ypdF ← |
Aminopeptidase YpdF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 97.9%
| 414.4
/ ‑0.4
| 119 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (56/60); total (57/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATA > USA300TCH1516_ALE/1646052‑1646323
|
tATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTa < 1:135423/141‑1 (MQ=255)
aTCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTac > 2:310525/1‑141 (MQ=255)
aTCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCAAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTACTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATACCTGCTTTTac < 1:767438/141‑1 (MQ=255)
cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGCTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 1:803299/141‑1 (MQ=255)
aCTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaac < 3:265620/141‑1 (MQ=255)
cTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaaca > 3:270183/1‑141 (MQ=255)
cTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATNC‑TTTTTCAGTCANGCCTCCTTTTacaaca < 3:283411/141‑1 (MQ=255)
ttGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTGAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAg < 2:863404/141‑1 (MQ=255)
tGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGt > 1:74210/1‑141 (MQ=255)
acacCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaa > 1:624815/1‑141 (MQ=255)
cacCATGTGGTAATGCCCCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGATCCATCTGCTTCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTACTTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACCACCGTTaaaa > 1:1047961/1‑141 (MQ=255)
cacCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaaa > 2:115910/1‑141 (MQ=255)
acCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAat > 1:67002/1‑141 (MQ=255)
ccATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAata < 2:340887/141‑1 (MQ=255)
ccATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCCACAATCGTATCGCATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCCTTACTTC‑TTATTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAata > 2:329082/1‑141 (MQ=255)
cATGTGGTGATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGTATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTGATTC‑TTCTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatat < 1:935151/141‑1 (MQ=255)
gtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATAtt < 1:382521/141‑1 (MQ=255)
gTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCat > 1:672477/1‑141 (MQ=255)
aaTGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCatat > 2:319472/1‑141 (MQ=255)
tGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGt < 3:208903/141‑1 (MQ=255)
cACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGttt > 1:455974/1‑141 (MQ=255)
tctATGACCAGAGGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatc > 4:217887/1‑141 (MQ=255)
tGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaaca > 1:703633/1‑141 (MQ=255)
cAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCTTTCATTCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAatat > 2:4036/1‑141 (MQ=255)
gATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACTGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTa < 2:1007734/141‑1 (MQ=255)
aTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAg < 3:65586/141‑1 (MQ=255)
tGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgc > 1:321382/1‑141 (MQ=255)
cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctg > 1:765874/1‑141 (MQ=255)
tACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctgc > 1:987205/1‑141 (MQ=255)
tACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctgc < 3:158357/141‑1 (MQ=255)
tACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctgc > 3:341997/1‑141 (MQ=255)
tACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctgc < 4:371711/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:876496/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 2:591159/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATCGCCTGTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:19396/141‑1 (MQ=255)
cGTATCGAATGATGGGCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTg < 2:296813/141‑1 (MQ=255)
gTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGa < 3:231245/141‑1 (MQ=255)
tATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGaa < 1:697515/141‑1 (MQ=255)
tATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGaa > 1:979797/1‑141 (MQ=255)
aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAt < 1:297242/141‑1 (MQ=255)
aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAt < 2:548523/141‑1 (MQ=255)
aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAt > 1:888901/1‑141 (MQ=255)
aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAt > 3:249706/1‑141 (MQ=255)
aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAt > 1:480816/1‑141 (MQ=255)
aaTGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTaa < 2:985694/141‑1 (MQ=255)
aaTGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTaaa < 1:986777/141‑1 (MQ=255)
atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAg > 1:471341/1‑141 (MQ=255)
ggTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAtt < 3:222721/141‑1 (MQ=255)
aTCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTc > 2:6801/1‑141 (MQ=255)
aTCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTc < 3:51389/141‑1 (MQ=255)
aTCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTc > 1:635243/1‑141 (MQ=255)
cTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAg < 1:56846/141‑1 (MQ=255)
cTCCTAATTCTAGCATTTTACTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATACCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAACAt > 1:878914/1‑141 (MQ=255)
tCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATc < 4:457141/141‑1 (MQ=255)
ccTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTACTTC‑TTTTTCAGTCAGGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCCGCATCt > 1:818710/1‑141 (MQ=255)
ccTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCt < 2:825464/141‑1 (MQ=255)
tAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCttt > 3:107241/1‑141 (MQ=255)
tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACg < 1:601766/141‑1 (MQ=255)
cTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGt > 2:1033911/1‑141 (MQ=255)
tAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTACTTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCCTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCACTTTCGTCAGCATCTTTGACGtc > 1:1031423/1‑141 (MQ=255)
gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGACTTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:561806/141‑1 (MQ=255)
gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc > 2:362415/1‑141 (MQ=255)
gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:32271/141‑1 (MQ=255)
gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:656927/141‑1 (MQ=255)
cATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTctct < 1:139705/141‑1 (MQ=255)
cATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTctct < 4:411564/141‑1 (MQ=255)
tttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAt < 2:787094/141‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAttt > 4:420157/1‑141 (MQ=255)
gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 4:267290/1‑141 (MQ=255)
ttCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATACCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAACGTCTTTGACGTCTCTAATTTTATc < 4:239738/141‑1 (MQ=255)
cTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:66503/129‑1 (MQ=255)
cTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc > 2:66503/1‑129 (MQ=255)
tAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTAc > 1:89684/1‑141 (MQ=255)
atatTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg < 2:685453/141‑1 (MQ=255)
tatTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGt < 2:624815/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGCCGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt > 1:960531/1‑141 (MQ=255)
ttGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt < 1:105208/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt > 3:165712/1‑141 (MQ=255)
ttGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt > 2:893896/1‑141 (MQ=255)
tGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:455974/141‑1 (MQ=255)
tGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:471341/141‑1 (MQ=255)
gCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTGTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTGTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa < 1:471447/141‑1 (MQ=255)
ccTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTTTTTTTTTTTTAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGTATTAAATCAATTTCGTCAGCATCTTTTACGTCTCTATTTTTATCTTTTGTATTAg > 2:440449/1‑141 (MQ=255)
ccTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAg < 2:580247/141‑1 (MQ=255)
cTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGa > 1:325232/1‑141 (MQ=255)
cTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGCCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGa < 1:733771/141‑1 (MQ=255)
tAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAAt < 2:356449/141‑1 (MQ=255)
aaTTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 4:229307/141‑1 (MQ=255)
ttC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt > 1:32216/1‑141 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatt > 2:231924/1‑141 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatt > 1:805494/1‑141 (MQ=255)
tttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACATTTAAAATTTATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTTACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatta > 4:202147/1‑141 (MQ=255)
ttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTaa > 2:512849/1‑141 (MQ=255)
aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTTATTTAATTCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGa > 2:68272/1‑141 (MQ=255)
gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat < 2:37254/141‑1 (MQ=255)
gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat > 4:202089/1‑141 (MQ=255)
gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat < 2:890342/141‑1 (MQ=255)
gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTATCATGAACAAAATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACTTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATACTTATTAATGat > 2:157416/1‑141 (MQ=255)
cATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGatat > 3:407259/1‑141 (MQ=255)
aTGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGAtata < 4:120179/141‑1 (MQ=255)
|
TTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATA > USA300TCH1516_ALE/1646052‑1646323
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
