Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F20 I1 R1
|
23 |
104.0 |
2230032 |
95.9% |
2138600 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,224,814 |
T→C |
I121V (ATT→GTT) |
atpA ← |
ATP synthase subunit alpha |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,224,814 | 0 | T | C | 99.3%
| 481.8
/ NA
| 137 | I121V (ATT→GTT) | atpA | ATP synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (69/67); total (69/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ACCGATGATTAACTCACGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAATCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATAACCAC > USA300TCH1516_ALE/2224668‑2224958
|
aCCGATGATTAACTCACGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCg < 2:967540/149‑1 (MQ=255)
ccGATGATTAACTCACGTGGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCgg < 2:82202/149‑1 (MQ=255)
tatTAACTCCCGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCtt < 1:966540/148‑1 (MQ=255)
atTAACTCACGTTGACCTTTACCAATTGGTACTAAGGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTg < 2:996835/149‑1 (MQ=255)
cTCACGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCAt > 1:1001875/1‑149 (MQ=255)
cTCACGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCAt < 2:831870/149‑1 (MQ=255)
cTCACCTTCACCTCTACCAATTTGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCAt < 1:771422/149‑1 (MQ=255)
cACGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCa > 1:395237/1‑149 (MQ=255)
cACGTTGACCCCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCa < 1:168873/149‑1 (MQ=255)
cACGGTTACCTCTACCAATTGGTACCACAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCa < 1:243724/149‑1 (MQ=255)
ttGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGTTTTAGGTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCTTCAATAg > 2:57999/1‑149 (MQ=255)
aCCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGtt > 1:901750/1‑149 (MQ=255)
ccTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTg < 1:326174/149‑1 (MQ=255)
tctACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTc < 1:169860/149‑1 (MQ=255)
ccAATTGGTCATATAGCAACAATTCCGTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTAATTTACGATCCATTACACCAGTATCTTTTTTCTTTTCTGGACGTTTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTaa < 2:1065972/149‑1 (MQ=255)
ccAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGGTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTaa > 1:1056784/1‑149 (MQ=255)
aaTTGGTACTAAAGCATCCATTGCTTTTATACTTTTTTTGAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATg < 1:205512/149‑1 (MQ=255)
aaTTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATg < 1:52377/149‑1 (MQ=255)
aaTTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCGACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATg < 1:158709/149‑1 (MQ=255)
ttGGTACTCAAGCTTCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGa < 2:393457/149‑1 (MQ=255)
ttGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTCACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGa > 1:547096/1‑149 (MQ=255)
ttGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGa > 1:235854/1‑149 (MQ=255)
tGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGAt < 2:490916/149‑1 (MQ=255)
cTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTaaca < 1:359183/149‑1 (MQ=255)
tAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTaacaa > 2:417589/1‑149 (MQ=255)
gCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAActct > 1:1039913/1‑149 (MQ=255)
cAATTGCTTTGATACTTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGCTTATCCTAATGGATTAACAACTCTTCCg < 1:784935/149‑1 (MQ=255)
aaTTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGGTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTATTGGATTGACAACTCTTCCgt > 2:122179/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGAt > 2:302873/1‑149 (MQ=255)
cTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTTTCTTTTTTTCGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACCACTCTTCCTATTAGt > 2:164976/1‑149 (MQ=255)
tttGATACCTGTTTTGAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGGTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGtt < 2:530121/149‑1 (MQ=255)
tttGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGtt < 1:1026576/149‑1 (MQ=255)
atcccTGTTTGTTATTGCTCATCTACTGATTTACGCTCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTTTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGttcttc < 2:199480/146‑1 (MQ=255)
tccTGTTTGTAAAGGCTCATCTACTGATTTACGTTCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTATTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGACTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCAc < 2:626979/148‑1 (MQ=255)
aCCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCAc < 1:531887/149‑1 (MQ=255)
ccTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCAcc > 1:178132/1‑149 (MQ=255)
ccTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCAcc > 2:8775/1‑149 (MQ=255)
cTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCCCCt > 2:167372/1‑149 (MQ=255)
tGTTTGTAAGGGCTCATCTACTGATTTACGCTCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCGTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACCACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTa > 2:576056/1‑149 (MQ=255)
gTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGTCGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGCTCCTTGTCCACCAATAGGTTGTCCTACTGGCTTAACAACTCTTCCGATTCGTTCTTCCCCCACTgtt > 2:634426/1‑147 (MQ=255)
gTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGt > 2:1031063/1‑149 (MQ=255)
tAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTCGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTCGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATGAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCCCCTGATGGtt > 2:66752/1‑148 (MQ=255)
tAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTa < 1:339449/149‑1 (MQ=255)
gCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTcc > 2:1001563/1‑149 (MQ=255)
cTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTACTGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTccg > 2:714094/1‑148 (MQ=255)
cATCTTCTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATg < 2:279279/149‑1 (MQ=255)
tCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGAt > 1:629443/1‑149 (MQ=255)
tCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGAt < 1:167372/149‑1 (MQ=255)
tCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATAAACCACACTTCCGGTTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGAt > 1:859253/1‑149 (MQ=255)
tttACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTTTCCATCAATCGCTCGTCGTACTGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTACCCACATACGAGCAg > 1:260222/1‑149 (MQ=255)
aCGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTAc > 2:1025382/1‑149 (MQ=255)
aCGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTAc < 2:1001875/149‑1 (MQ=255)
cGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACg > 1:1059612/1‑149 (MQ=255)
gATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTCCGt > 1:340524/1‑149 (MQ=255)
gATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGt < 1:1023563/149‑1 (MQ=255)
ctCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGtt < 1:59533/148‑1 (MQ=255)
acccATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGtt < 1:418361/147‑1 (MQ=255)
aTCCCTTACACCAGTAGCTTTGTTCTCTTCTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTACCCGAATTGATTGCGTCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCTATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGtt < 1:259181/149‑1 (MQ=255)
aTCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGtccttt > 2:329708/1‑144 (MQ=255)
aTCAATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGtt < 1:450282/149‑1 (MQ=255)
acacCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTc < 1:88168/149‑1 (MQ=255)
acacCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTc < 1:471694/149‑1 (MQ=255)
acacCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTAATCCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTc < 1:27273/149‑1 (MQ=255)
cacCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCg > 1:109354/1‑149 (MQ=255)
cccAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGt < 1:969541/148‑1 (MQ=255)
acCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATAGGACCAGTAGGTTTAACTTCGt > 1:687591/1‑149 (MQ=255)
acCAGTAGCTTTATTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAGTAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGATCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTctg > 2:680456/1‑147 (MQ=255)
ccAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCGATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTGTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTCCCATGAACCTACCAGAACTATTaagtaagtc > 2:1054347/1‑142 (MQ=255)
aGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGGACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCAc < 2:957975/149‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTTCTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCAcc < 1:502507/149‑1 (MQ=255)
aGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCtt < 1:302873/149‑1 (MQ=255)
tgtttCTTTGCTGGACGTGTTGTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGt < 1:771684/147‑1 (MQ=255)
tctACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTGCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCCCCTTCCGTAATAcc > 2:241060/1‑149 (MQ=255)
ctACGGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTGGTCCTAGTGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCt > 2:979880/1‑149 (MQ=255)
tACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCACTAATAACtt > 1:934297/1‑148 (MQ=255)
cTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCGTAATGGATTAACAACTCGTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCtgtt > 2:1100624/1‑148 (MQ=255)
cTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATGCCtggg < 2:191650/149‑3 (MQ=255)
cTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCtgtg > 2:1003892/1‑149 (MQ=255)
ttgACGTGTTTTAGTTGTGTGAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGGCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTCGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTgtgt < 1:1069167/147‑1 (MQ=255)
ggACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTa > 1:495198/1‑149 (MQ=255)
gACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCTTCACCTTCAGTAATACCTgtgtct > 1:475786/1‑147 (MQ=255)
gACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTAt > 2:348449/1‑149 (MQ=255)
gACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTAt > 1:310931/1‑149 (MQ=255)
gACGTGTTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCACCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTACCCTTCCGTAATACCTGTGTAt > 2:1028247/1‑149 (MQ=255)
cGTGTTGTAGGTGTTTTGATCGGCCCTGGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACTCCTCTTTCGAGTAGTGCGTTACCTACTGGTCCTTCAATGACACGACCTGTACTTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATgg < 2:58380/149‑1 (MQ=255)
gtgtTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCCATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGt < 1:846128/149‑1 (MQ=255)
gtgtTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCCTGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGt < 1:1048818/149‑1 (MQ=255)
gtgtTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGt < 1:513911/149‑1 (MQ=255)
tgtTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTCACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCCGTACGTTTAACTTCGTCATCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTc < 2:287467/149‑1 (MQ=255)
gtTTTAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTcc < 1:63730/149‑1 (MQ=255)
tttAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGGGTATGGTCCTa > 1:193476/1‑149 (MQ=255)
ttAGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTaa > 1:584969/1‑149 (MQ=255)
aGTTGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTaaaa > 2:169734/1‑149 (MQ=255)
ttGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTCACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATa > 1:716988/1‑149 (MQ=255)
ttGTGTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATa > 1:718201/1‑149 (MQ=255)
tgtgTTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATaa > 2:400772/1‑149 (MQ=255)
gtgtTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATAAc < 1:796912/149‑1 (MQ=255)
tgtTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATAAcc > 2:826124/1‑149 (MQ=255)
gtTAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTATTCCCCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATAACca > 2:108503/1‑149 (MQ=255)
ttAACCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGGTTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTAAGTTTCACTTCGTCACCTTCAGTAATTACTGTGTATGTTCCTGAAATAAcctc > 1:135625/1‑147 (MQ=255)
|
ACCGATGATTAACTCACGTTGACCTCTACCAATTGGTACTAAAGCATCAATTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCATCTACTGATTTACGATCCATTACACCAGTAGCTTTTTTCTCTACTGGACGTGTTTTAGTTGTGTTAATCGGTCCTTGTCCATCAATAGGTTGTCCTAATGGATTAACAACTCTTCCGATTAGTTCTTCACCTACTGGTACTTCCATGATACGACCAGTACGTTTAACTTCGTCACCTTCAGTAATACCTGTGTATGGTCCTAAAATAACCAC > USA300TCH1516_ALE/2224668‑2224958
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
