Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F63 I1 R1
|
24 |
121.5 |
2755866 |
96.5% |
2659410 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,646,189 |
G→C |
A155G (GCA→GGA) |
ypdF ← |
Aminopeptidase YpdF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 99.0%
| 321.8
/ NA
| 97 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (44/52); minor base T (1/0); total (45/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATAC > USA300TCH1516_ALE/1646051‑1646324
|
atTTTATCCCTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGcctcct < 2:715406/141‑1 (MQ=255)
aTCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTac < 1:1202574/141‑1 (MQ=255)
cACTTGCAACCCCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTATCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 2:149584/141‑1 (MQ=255)
cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa > 1:488791/1‑141 (MQ=255)
aaCACCTAGTTGTAATTCACCTTTCGGACCAGCTGCTACAATCGTATCGAATGATTGTCCATCTGCTCCTAATTTTAGCATTTTGCCTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaa < 2:786788/141‑1 (MQ=255)
aaCACCATGTGGTAATGCCCCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCGATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaa < 2:1060351/141‑1 (MQ=255)
cacCATATGTTAATGCACCTCTATGACCAGATTCTACAATCGTATCTAATGATGTTCCATCTGCTCCTAATTCTATCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATCCCTCCTTTTACAACAGTTaaaa < 2:360639/141‑1 (MQ=255)
tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatatat > 1:504290/1‑141 (MQ=255)
tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatatat > 2:663985/1‑141 (MQ=255)
ttgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTATAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATAtt < 2:887507/140‑1 (MQ=255)
gcggTAATGCACCTCTCTGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATCGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATAtt < 2:1248770/139‑1 (MQ=255)
tAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCata < 1:1029465/141‑1 (MQ=255)
tAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCata < 2:1367967/141‑1 (MQ=255)
tAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCata < 1:224681/141‑1 (MQ=255)
ccTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca > 1:106538/1‑141 (MQ=255)
ccTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca > 1:522226/1‑141 (MQ=255)
ccTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca > 2:682165/1‑141 (MQ=255)
ccTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca > 2:83430/1‑141 (MQ=255)
ccTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca > 1:106554/1‑141 (MQ=255)
ctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCCAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatca > 1:1161613/1‑141 (MQ=255)
aTGACCAGATGTAACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTTCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaac < 2:539658/141‑1 (MQ=255)
gtGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTGGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAg < 2:60569/140‑1 (MQ=255)
tGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTGTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgc < 2:460495/141‑1 (MQ=255)
gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgct < 2:311054/141‑1 (MQ=255)
gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgct < 2:155039/141‑1 (MQ=255)
cAATCGTATCGAATGATGGTCCATTAATTCCGAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtt > 2:971244/1‑141 (MQ=255)
cAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTACAACAGTTAATATATATTCATATGTTTCATCAGCAATTTTAGCTGAtt > 2:102648/1‑141 (MQ=255)
cAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACATTATTAGATGCtt > 2:666346/1‑141 (MQ=255)
cAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTGTTACAACAGTTGAAATGTATTCATATGTTTAATCACCGATATTAGCGGCtt > 2:1041934/1‑141 (MQ=255)
tCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCttttt > 2:1109617/1‑141 (MQ=255)
gTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGa > 2:515691/1‑141 (MQ=255)
tgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTATCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGc < 2:404810/141‑1 (MQ=255)
tgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGc < 2:1351410/141‑1 (MQ=255)
atgGTCCATCTTCCCCTAATTCTAGCATTGTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCaa < 1:945891/141‑1 (MQ=255)
atgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCaa < 2:60112/141‑1 (MQ=255)
tggcccATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAt > 1:370318/5‑141 (MQ=255)
tgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCTTCAGCAAGATTATCTGCTTTTTGAATTAATTCAAt > 2:867620/1‑141 (MQ=255)
ccATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCg > 1:708048/1‑141 (MQ=255)
tCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTCATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCGTGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGCATTCAAGAGCTTTCGTCa > 1:283782/1‑141 (MQ=255)
tCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCa > 1:533203/1‑141 (MQ=255)
cTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAg < 1:1206051/141‑1 (MQ=255)
cTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAg < 1:664973/141‑1 (MQ=255)
gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCa > 1:186885/1‑141 (MQ=255)
cccacttCTAGCATTTTGCGTTCTACTTTTTCCTTTATTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTCGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCt < 2:820590/136‑1 (MQ=255)
ccTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCt < 2:504290/141‑1 (MQ=255)
ccTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAACATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCt < 1:663985/141‑1 (MQ=255)
cTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGt < 1:1365001/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCATCATCTTTTATGTctctt > 2:936846/1‑140 (MQ=255)
aTTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCATCATCTTGATCGTCTCTa > 2:950144/1‑141 (MQ=255)
aTTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTa > 2:482538/1‑141 (MQ=255)
ttttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGTCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTTAATTAACCACATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTaa < 2:624133/141‑1 (MQ=255)
ttttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTaa > 2:29773/1‑141 (MQ=255)
tttGCTTTCTAATATTGCATTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAAAAATATTAGCTACTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAt > 2:674376/1‑141 (MQ=255)
gCTTTCTAATATTGGCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:748958/1‑141 (MQ=255)
gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:1119820/1‑141 (MQ=255)
cTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCGTGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATCTTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCTGCAACTTTGACGTTTCTAAttttg > 1:1097718/1‑140 (MQ=255)
ttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCg < 1:1129268/112‑1 (MQ=255)
ttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCg > 2:1129268/1‑112 (MQ=255)
cTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTa > 1:849067/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACa < 2:793462/141‑1 (MQ=255)
aaTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACa < 2:1115233/141‑1 (MQ=255)
aaTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACa < 1:196654/141‑1 (MQ=255)
aaTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACa < 2:1140347/141‑1 (MQ=255)
aaTAGTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTCATATACATTCATATGTTTCATCAACAATAGTAGCTGCTTTTTGAATGAAAGCAATTTCGACAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACa < 2:157647/141‑1 (MQ=255)
atatTTCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg < 2:1199022/141‑1 (MQ=255)
atatTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg < 2:560630/141‑1 (MQ=255)
atatTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg < 1:4805/141‑1 (MQ=255)
atatTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg < 2:733842/141‑1 (MQ=255)
tggcTTTAATTCTTGTTCAATCATGCATCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:262833/138‑1 (MQ=255)
tGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:356168/141‑1 (MQ=255)
tGCCTTTAATTCTTTTTCAGGCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:490657/141‑1 (MQ=255)
ccTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAACATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATATACAGTATTaa > 1:173772/1‑140 (MQ=255)
tAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAAt < 2:171348/141‑1 (MQ=255)
tAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTCTTTCTGCGGTATTAGAAAt < 2:685752/141‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGCCGTCTCTAATTTTCTCTACAGTCTTTCAAAtc > 2:545349/1‑140 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTTGAAATg > 2:510904/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg > 1:601087/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:492270/141‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg > 1:569866/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg > 2:171078/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:1187746/141‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 2:1358895/141‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTTCCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:793362/141‑1 (MQ=255)
aaTTCTGTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTGTTGAATTAAAGCACTTTCGTCAGCATCGTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 2:898076/141‑1 (MQ=255)
aaTTCCTTTTCAGTCATGCCACCTATTACAACAGTTAAAATACATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:113801/141‑1 (MQ=255)
aTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGc > 1:224063/1‑141 (MQ=255)
ttCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt > 2:681205/1‑141 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTATAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTCTTAGAAATGCttatt < 1:682165/141‑1 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatt < 1:83430/141‑1 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatt < 2:106538/141‑1 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatt < 2:522226/141‑1 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatt < 2:106554/141‑1 (MQ=255)
tttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttatta > 1:173984/1‑141 (MQ=255)
tCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt > 1:1337195/1‑141 (MQ=255)
cAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTCGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATg > 1:821328/1‑141 (MQ=255)
cATGCCTCCTTTTACACCAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGatat > 1:675559/1‑141 (MQ=255)
tGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAGATGCTTATTAATGATATAc > 1:624785/1‑141 (MQ=255)
tGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGatatcc > 1:90982/1‑139 (MQ=255)
|
ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATAC > USA300TCH1516_ALE/1646051‑1646324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
