Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F204 I1 R1
|
117 |
93.2 |
4682243 |
93.4% |
4373214 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,655,514 |
A→T |
L130Q (CTG→CAG) |
yhiD ← |
putative Mg(2+) transport ATPase, inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,655,514 | 0 | A | T | 93.0%
| 234.9
/ 7.6
| 71 | L130Q (CTG→CAG) | yhiD | putative Mg(2+) transport ATPase, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base T (32/34); total (34/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
ACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCACCCAGATATCCG > NC_000913/3655416‑3655607
|
aCCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAg < 1:253528/100‑1 (MQ=255)
aCCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAg < 1:868504/100‑1 (MQ=255)
cGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACcaa < 1:1967154/100‑1 (MQ=255)
cGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACcaa < 2:704355/100‑1 (MQ=255)
gAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACcaac < 2:1680862/100‑1 (MQ=255)
gCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACcaaca < 2:1524729/99‑1 (MQ=255)
cATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAg > 2:746927/1‑100 (MQ=255)
aTTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAgg < 1:1150555/100‑1 (MQ=255)
aTTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAgg < 1:581561/100‑1 (MQ=255)
ttGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGt < 1:435041/100‑1 (MQ=255)
ttGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGt < 2:533092/100‑1 (MQ=255)
tGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGtc < 2:2149545/100‑1 (MQ=255)
gATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGtca > 1:1592308/1‑100 (MQ=255)
gATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATGGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGtca < 2:1853317/100‑1 (MQ=255)
aTACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACcagatcggaaga > 2:1306285/1‑90 (MQ=255)
ccgatcttACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGtcatca < 2:1790170/94‑1 (MQ=255)
ccGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCAc > 1:769648/1‑100 (MQ=255)
aTTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGaa > 1:1254710/1‑100 (MQ=255)
tACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGtcatcaagatcgg > 1:1790175/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTCACTAATGTCAGCTGGAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATAGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCa > 2:1953027/1‑100 (MQ=255)
cGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATa < 1:387043/100‑1 (MQ=255)
gTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATaa < 2:289539/100‑1 (MQ=255)
gTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATaa > 1:1802573/1‑100 (MQ=255)
gTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATaa > 2:1289027/1‑100 (MQ=255)
ttCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATaaa < 2:448771/100‑1 (MQ=255)
tCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACATCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATaaa < 2:1511918/99‑1 (MQ=255)
cACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGATTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATa > 2:1513283/1‑100 (MQ=255)
cACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATa > 2:1058158/1‑100 (MQ=255)
cACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATa > 1:1615888/1‑100 (MQ=255)
cTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATAcc > 1:391958/1‑100 (MQ=255)
tAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATAccc < 1:746928/100‑1 (MQ=255)
aaTGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTTTTCATCATGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCa > 2:938192/1‑100 (MQ=255)
tccgatcttGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAg < 2:1774284/92‑1 (MQ=255)
aTGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAg > 1:1346777/1‑100 (MQ=255)
gTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGtt < 1:1394700/100‑1 (MQ=255)
gTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGtt > 1:250393/1‑100 (MQ=255)
gTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGtt < 2:1072745/100‑1 (MQ=255)
aGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTTATCATGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGt > 2:326289/1‑100 (MQ=255)
cTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTAc < 2:1615883/100‑1 (MQ=255)
cTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTAc < 1:2181657/100‑1 (MQ=255)
tGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAgagatcgga > 1:1774289/1‑92 (MQ=255)
aaaTGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATAc > 1:1294019/1‑100 (MQ=255)
aaaTGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATAc < 2:1452014/100‑1 (MQ=255)
aaaTGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATAc > 1:1409024/1‑100 (MQ=255)
tGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGc > 1:2198617/1‑100 (MQ=255)
tGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGc > 1:590839/1‑100 (MQ=255)
ggTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGTACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCt > 2:1710936/1‑100 (MQ=255)
ggTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCt > 2:1423557/1‑100 (MQ=255)
aaTTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGcc > 1:1274329/1‑100 (MQ=255)
tGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAAGCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAAc < 2:1254707/100‑1 (MQ=255)
gTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAAcc > 2:2305396/1‑100 (MQ=255)
ttCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAACTACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCa < 2:902899/100‑1 (MQ=255)
atcaGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATAc > 2:292519/1‑100 (MQ=255)
tcaGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATAcc < 2:1802568/100‑1 (MQ=255)
tcaGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATAcc < 2:1956370/100‑1 (MQ=255)
aGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTa > 1:1481241/1‑100 (MQ=255)
ggCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTAt > 1:1553474/1‑100 (MQ=255)
ggCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTAt > 1:717624/1‑100 (MQ=255)
gCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATg < 1:569355/100‑1 (MQ=255)
ggAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAACTACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATggc < 2:527429/100‑1 (MQ=255)
ggAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATggc < 2:944277/100‑1 (MQ=255)
gAAGGTTAATTGATCGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATggcg < 2:1592303/100‑1 (MQ=255)
aaGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATggcgg < 2:664890/100‑1 (MQ=255)
aGGTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATggcggc < 1:2293670/100‑1 (MQ=255)
gTTAATTGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCACTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGcggcgg < 2:1279444/100‑1 (MQ=255)
tAATTGCTGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTc < 1:1513287/100‑1 (MQ=255)
aTTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCAc > 2:2293780/1‑100 (MQ=255)
tGATGGAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCAccc > 2:1782758/1‑100 (MQ=255)
ggAAGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCACCCAGat > 2:1626573/1‑100 (MQ=255)
aaGACTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCACCCAGatat > 1:961724/1‑100 (MQ=255)
aCTTCCTGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAACTCCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCACCCGGATATCCg < 2:144998/100‑1 (MQ=255)
|
ACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAACCATACCTATGGCGGCGGTCACCCAGATATCCG > NC_000913/3655416‑3655607
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
