Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I2 R1
|
257 |
49.9 |
1554294 |
99.0% |
1538751 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,687,764 |
T→C |
A470A (GCA→GCG) |
bcsC ← |
cellulose synthase subunit |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,687,764 | 0 | T | C | 100.0%
| 203.4
/ NA
| 56 | A470A (GCA→GCG) | bcsC | cellulose synthase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (30/26); total (30/26) |
CGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGTGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGCCAGCCCGCGCACG > NC_000913/3687618‑3687911
|
cgcATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCct > 1:761960/1‑151 (MQ=255)
cATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCctct < 2:418291/151‑1 (MQ=255)
cATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCctct > 1:106077/1‑151 (MQ=255)
aaCGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTctgcc > 2:235744/1‑150 (MQ=255)
aTCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTACCAGAGATCCTCCGACAGTCGCGTAGTAATCCATATGCTGCCGGGGTTCAGCGCCCGTTGTTGCCGCTGCAGTGCTGCCGCCTGCGTTCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTTCctgct > 1:503393/1‑149 (MQ=255)
cGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCtgtg < 2:104282/150‑1 (MQ=255)
ggCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGcc > 2:737288/1‑151 (MQ=255)
ggCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGcc > 1:683936/1‑151 (MQ=255)
ccTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGcc > 1:548378/1‑149 (MQ=255)
ggCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGa < 2:254124/149‑1 (MQ=255)
ggCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGAGCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACg < 2:61395/151‑1 (MQ=255)
gCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTc < 1:519218/150‑1 (MQ=255)
gCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCg < 1:423410/151‑1 (MQ=255)
gTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTg < 2:201395/151‑1 (MQ=255)
cTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTg > 1:741661/1‑151 (MQ=255)
cTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTg > 1:560036/1‑151 (MQ=255)
tGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGc > 1:156339/1‑151 (MQ=255)
gaTCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGat > 1:770839/1‑151 (MQ=255)
gCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATatca < 2:370865/149‑1 (MQ=255)
gTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCt < 2:732160/151‑1 (MQ=255)
gTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCt > 1:562430/1‑151 (MQ=255)
gTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCt > 2:226590/1‑151 (MQ=255)
cGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTa < 1:365481/150‑1 (MQ=255)
cGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTAc > 2:395123/1‑151 (MQ=255)
taagtaaTCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTAcgcc > 2:663727/1‑151 (MQ=255)
aTCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGAc < 2:624176/151‑1 (MQ=255)
cGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCaga < 2:156372/151‑1 (MQ=255)
tGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCagag > 1:33547/1‑149 (MQ=255)
cGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCg > 1:380967/1‑150 (MQ=255)
ggggTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGc > 2:585272/1‑148 (MQ=255)
cgcCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTACCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAAc < 2:442042/151‑1 (MQ=255)
ccAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGat > 2:27018/1‑103 (MQ=255)
ccAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGat < 1:26987/103‑1 (MQ=255)
ccAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGc < 2:596325/151‑1 (MQ=255)
cGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCa < 2:381015/150‑1 (MQ=255)
ccGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCtttt < 1:241494/151‑1 (MQ=255)
ccGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCtttt < 2:669840/151‑1 (MQ=255)
gCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTGCGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTc > 1:750696/1‑151 (MQ=255)
gCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTc < 2:268957/151‑1 (MQ=255)
tGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTg > 1:246764/1‑151 (MQ=255)
gAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTg < 2:622569/150‑1 (MQ=255)
aaGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGc < 2:390001/151‑1 (MQ=255)
gctgcCGCCTGCGGCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTGTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGAtt < 1:346399/151‑1 (MQ=255)
gccTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGc < 1:249218/151‑1 (MQ=255)
ccTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCg < 2:731816/151‑1 (MQ=255)
gcgcCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGt < 1:663669/150‑1 (MQ=255)
cgcCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTa < 1:190960/150‑1 (MQ=255)
gcCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTaa > 2:235494/1‑150 (MQ=255)
ttGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATAttt > 2:450149/1‑150 (MQ=255)
tGCCCTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGc > 1:501039/1‑151 (MQ=255)
ccTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGcc > 2:125600/1‑149 (MQ=255)
cTGGTTTTCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGCCAGc > 2:684746/1‑151 (MQ=255)
tCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGCCAGCCCgcgc > 2:16430/1‑150 (MQ=255)
tCCAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGCCAGCCCgcgc > 1:695158/1‑150 (MQ=255)
cAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGCCAGCCCGCGCACg > 1:544882/1‑151 (MQ=255)
cAGCGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGAAAATATTTGCCAGCCCGCGCACg > 1:155180/1‑151 (MQ=255)
|
CGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGTGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTTCTGGCGATTGCTGGCGGTAAATATTTGCCAGCCCGCGCACG > NC_000913/3687618‑3687911
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A