Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
736,329 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 736,329 | 0 | A | T | 100.0%
| 473.5
/ NA
| 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (91/107); total (91/107) |
| * | CP042583 | 736,330 | 0 | G | C | 99.5%
| 465.1
/ ‑6.9
| 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (89/107); total (91/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 736,331 | 0 | T | A | 100.0%
| 476.2
/ NA
| 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (91/107); total (91/107) |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
AGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGAAAAACTGATTATTTATAATAGCG > CP042583/736049‑736596
|||
atTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTa > 1:23878/1‑289 (MQ=255)
atTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTa > 1:276155/1‑289 (MQ=255)
ttGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTa > 1:830240/1‑288 (MQ=255)
tcggcCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAacaaca > 1:2246383/4‑286 (MQ=255)
gACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCg < 1:1017339/289‑1 (MQ=255)
gACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCg < 1:1370478/289‑1 (MQ=255)
aCATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCg > 1:1873592/1‑288 (MQ=255)
aTTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCa < 1:954509/289‑1 (MQ=255)
aaaGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATAc > 2:1448227/1‑289 (MQ=255)
aggactcacTGTATTTATTAAAAAAGACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACaa < 1:1326651/281‑1 (MQ=255)
tcacTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAAt < 1:1264696/282‑1 (MQ=255)
tcacTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAAt > 2:1264696/4‑285 (MQ=255)
tcacTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCt > 2:1483006/4‑289 (MQ=255)
tattaAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTcc > 2:1979177/1‑289 (MQ=255)
attaAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGGCGGTGGCTTCAGATGACTCTAAAAACAGCTGGAATCCGGCAGACAATTGCTTTGATCGTCCg > 1:960615/1‑289 (MQ=255)
ttaAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCTGCATACAATTGCTTTGATCGTCCgg > 1:192221/1‑289 (MQ=255)
ttaAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTTCTTTGATCGTCCgg > 1:884637/1‑289 (MQ=255)
aaaaTACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCg > 2:1789627/1‑260 (MQ=255)
aaTACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTaaaa > 1:399701/1‑289 (MQ=255)
tACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTaaaaaa < 2:2246383/289‑1 (MQ=255)
aggagATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACCCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTa > 2:958476/1‑288 (MQ=255)
ggagATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGGACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTAt < 1:2185229/288‑1 (MQ=255)
ggagATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTAt < 1:1979177/288‑1 (MQ=255)
aTTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTaaca > 2:2172397/1‑232 (MQ=255)
ttCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCtt < 1:1563664/288‑1 (MQ=255)
cAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTa < 1:1856364/289‑1 (MQ=255)
cAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTa < 2:944867/289‑1 (MQ=255)
cAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTa < 1:867667/289‑1 (MQ=255)
gcgcCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCt > 2:109492/1‑289 (MQ=255)
cGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTTAGATGATTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATAAAATTGCTTTGAGCCTCCGGGTAAAAAAGGTAGCTCGTTTACGcgtg > 2:1870719/1‑284 (MQ=255)
cGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTacac > 2:200638/1‑289 (MQ=255)
gATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTAGGTGGGACTGGTACTTTATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCGTCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATc < 2:1535491/289‑1 (MQ=255)
ttCTGAAAATGTAATTGGTGCCATTTTTATAGTGAGTGGAGCTGGTACTTGATGATTATAAAGATTATATTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTGAGAGCGGGTTATTATTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCAGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCaa < 2:1698352/289‑1 (MQ=255)
aaaaTGTAAATTATGCCATTTTTAGACTGGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATACATATTATATTTTTTCGCGGGGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCAGCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCTAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCa < 2:1251086/289‑1 (MQ=255)
aaaaTGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCa > 1:1313677/1‑289 (MQ=255)
gAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATc > 2:63902/1‑289 (MQ=255)
tgatgCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGa < 1:461549/289‑1 (MQ=255)
gCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTg > 2:684193/1‑289 (MQ=255)
cATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCCTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAACTGTATCTCTTTTACGCTACACCTCAACGTCAAAGATCCCGATTTGtt > 2:1243092/1‑289 (MQ=255)
aTTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTa < 1:200638/289‑1 (MQ=255)
tttAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCg < 2:636090/289‑1 (MQ=255)
cggTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATaa < 2:399701/287‑1 (MQ=255)
ggTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGAACGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTTGTTTGATTGTCCGGGTAAAAAATGTATCTGTTTTAAGCTAACAATCAACGGCAAAAATCACGATGTGTTAGCGGTGGGTaaa > 2:1470811/2‑289 (MQ=255)
cTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCGTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTATTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATg < 2:240784/289‑1 (MQ=255)
gTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTa < 2:284873/237‑1 (MQ=255)
gTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGTGGTGGATAAAATTCATGTCg > 1:1608959/1‑289 (MQ=255)
aCTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGAt > 2:1288693/1‑289 (MQ=255)
ataataAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTg > 2:183036/1‑289 (MQ=255)
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|||
AGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGAAAAACTGATTATTTATAATAGCG > CP042583/736049‑736596
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
