Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
760,335 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 760,335 | 0 | A | T | 98.6%
| 672.5
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (129/154); minor base G (3/1); total (133/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 760,336 | 0 | G | C | 99.3%
| 659.0
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (129/154); total (133/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 760,337 | 0 | C | G | 98.6%
| 656.0
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (128/154); total (133/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑AGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGAGCCTTGATGATCTGGTG > CP042583/760057‑760616
|||
ggTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGGGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑GTCGTGTTGTTTTTATttgtt > 1:1726814/1‑288 (MQ=255)
tATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTcgcg < 1:268792/289‑1 (MQ=255)
tATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTcgcg < 2:498082/289‑1 (MQ=255)
tcgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTc < 2:2231807/286‑1 (MQ=255)
cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCa > 1:1741508/3‑289 (MQ=255)
cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCa < 2:143264/287‑1 (MQ=255)
cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAACAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCa < 1:1648982/287‑1 (MQ=255)
cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGGTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGGCATCACGGGCTTG‑TCCCTGTTGTTTTTATtcgctctgcttgcg > 2:358683/3‑276 (MQ=255)
cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGCGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGGTCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCTCCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCTCGGGCTTG‑TTCCGGTTGGTCTTTTTTGTCCCGCTTGTTCa > 2:290850/3‑289 (MQ=255)
ttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATg < 1:1976920/288‑1 (MQ=255)
ctcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCa < 1:1354497/275‑1 (MQ=255)
ctcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCCTtggc > 1:1445532/5‑289 (MQ=255)
cgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggctg > 1:1778210/3‑289 (MQ=255)
tGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGc < 1:1471332/289‑1 (MQ=255)
gcgggTGGGGGCCGGCGGGTCAACGGGCTGGTAGGGTGAGTTATTGCTCGATGACGCGATGATGGGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAAGTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGGGGTGCTGGGGCGCTTTGGCAGGGTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTGGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGa < 2:228987/285‑1 (MQ=255)
cGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGAcc < 2:1685256/288‑1 (MQ=255)
gggCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTAt > 1:2206189/1‑289 (MQ=255)
gggCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTAt > 1:46055/1‑289 (MQ=255)
ggCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTAt > 2:1127013/1‑288 (MQ=255)
ctggtcaaCGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCCCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCCGGGTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAACGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCCT‑TTGTTACTATTCGTCGCGCTTTCTCATGCCATTGTGTCGGCTGCGCACCGCCGTATGcctacc > 2:88470/8‑284 (MQ=255)
acgcgtgggttgggTGGGTTATTGGGCGATGGAGCGATGTTGGGGGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATctggc < 2:1741508/277‑1 (MQ=255)
cgcTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATTCTCACCATctggcgtg > 2:1009787/1‑286 (MQ=255)
tGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCAACATCTGGCTGg‑cg > 1:1878963/1‑288 (MQ=255)
ggTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGCGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCCCATGCCATTTGCTGGCCTGCGGCACGCGGTATGCTCCCCCCCtggctgg‑ctc > 2:2176182/1‑286 (MQ=255)
tGGTGAGTTAGTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTc < 1:934187/289‑1 (MQ=255)
tGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTc > 2:1955659/1‑230 (MQ=255)
aGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCtgttg > 1:645586/1‑206 (MQ=255)
aGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCtgttg < 2:645586/206‑1 (MQ=255)
ttATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCCTCTGGCTGG‑CGCATGTCACttttt > 1:2196071/1‑289 (MQ=255)
ttATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACttttt > 1:361451/1‑289 (MQ=255)
ttGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTa < 1:1718487/289‑1 (MQ=255)
tggtcgttggcgcgatggTTGGTGCTGTTGGTGTAAGGCTGACATTTGCGGCCTGTGCGGCGACGTCGGCGGCGATCCTCGGAAGTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTGGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGTCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTAc < 2:1878963/279‑1 (MQ=255)
tGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTAc < 1:2243578/289‑1 (MQ=255)
tGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTAc < 1:88470/289‑1 (MQ=255)
atgacgcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCCCTTTTTGTACGGCTTa > 1:695970/1‑289 (MQ=255)
atgacgcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTa > 1:2163650/1‑289 (MQ=255)
gcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTAc < 1:45475/278‑1 (MQ=255)
tGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGcc > 1:395962/1‑205 (MQ=255)
ttggttTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCttc > 1:715127/1‑287 (MQ=255)
tggttTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCttc < 1:1895567/288‑3 (MQ=255)
ggttTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCttcaa > 1:1221596/1‑285 (MQ=255)
tttAAGTCTGACAGTTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCAGCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCttcaag < 1:335946/288‑6 (MQ=255)
ttAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCttcaagat > 1:560635/1‑282 (MQ=255)
aGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc < 1:2108932/289‑1 (MQ=255)
aGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc < 1:2176182/289‑1 (MQ=255)
gTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTTCGGACCGCGGTCTGCTGCCCATCTGGCTGGTCTCTTG‑CACTTTTTGTATGGCTTATGTGGCTGGCGTTATTTcgtgaaggtttcc > 2:692599/1‑277 (MQ=255)
gcTGACAAGTGGGGCGGTTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTTTTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCGTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc < 2:980698/286‑1 (MQ=255)
tGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGACCTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGAt < 1:838509/289‑1 (MQ=255)
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|||
TGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑AGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGG‑CGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGAGCCTTGATGATCTGGTG > CP042583/760057‑760616
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
