Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
780,486 |
6 bp→TCATCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 780,486 | 0 | A | T | 98.9%
| 641.8
/ ‑4.8
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/146); minor base C (1/2); total (124/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 780,487 | 0 | G | C | 99.3%
| 635.7
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (124/145); minor base A (0/2); total (124/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 780,488 | 0 | T | A | 98.9%
| 634.1
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (124/144); total (124/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 780,489 | 0 | A | T | 98.9%
| 631.5
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base T (124/145); total (124/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 780,490 | 0 | G | C | 98.2%
| 624.3
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base C (123/145); total (124/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 780,491 | 0 | C | G | 98.5%
| 630.3
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base G (123/143); total (124/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
AAGACGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTAGTGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACAGC‑GGTGAGTTGCTTAGCTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCAGCCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGAGTAGCCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACAT > CP042583/780217‑780758
||||||
cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTTAGTCCTCGCGCGTTGCTGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTGGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATTTCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCCTCATCCCTGTTTGCACGcttctgtgt > 2:818568/1‑286 (MQ=255)
cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCtgctggtt > 1:1676274/1‑289 (MQ=255)
cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGGGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCAGACGCATATCGTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCtgctggtt > 1:74254/1‑289 (MQ=255)
ccGTCCATTGTTGCTGATCCAAGATCCAACAACCCATTTACACCCCATCATGCTTTCAGTTGCCTTGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCtgctggttg < 2:74254/289‑1 (MQ=255)
tgttgCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGa < 1:411452/289‑1 (MQ=255)
ttgCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCGCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTTGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACCCATACCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCCGGTTGCTTGTTGaat > 2:1463072/1‑288 (MQ=255)
cTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAgggg > 1:476672/1‑289 (MQ=255)
cGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGggaaacg < 1:1071720/289‑1 (MQ=255)
aTCCATAATACCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCCTCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCACCTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGggaaacggaaa < 2:40251/288‑1 (MQ=255)
gAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTggg > 1:1021153/1‑289 (MQ=255)
aaaCCCGTTTCACCCCCATGTTGCGTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAACCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGGGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGt < 2:1095245/289‑1 (MQ=255)
aaaCCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGt < 2:963934/289‑1 (MQ=255)
cGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCa > 2:1912788/1‑289 (MQ=255)
cGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCa < 1:1509962/289‑1 (MQ=255)
ccATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGgc > 1:1928579/1‑289 (MQ=255)
tATGCTTTCCGTTCCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGt < 2:462984/289‑1 (MQ=255)
gctttcagtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCtgctggttgc > 2:2098645/8‑239 (MQ=255)
gctttcagtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGCACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAg > 1:1841110/8‑289 (MQ=255)
tttcagtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGACGGGTAAACGGAAACCGGGGTTATCAATGCACTGGCTGGTCCGTg > 2:1955048/6‑289 (MQ=255)
cagtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGGGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTgg < 1:600117/274‑1 (MQ=255)
agtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCCCATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCgg > 2:1299873/2‑288 (MQ=255)
agtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCgg > 1:1250130/2‑288 (MQ=255)
ccTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGAcatca > 1:938768/1‑289 (MQ=255)
gCATCTGTTGAATATTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCAttt < 1:1628667/288‑1 (MQ=255)
cATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCAttt < 2:2184298/287‑1 (MQ=255)
cTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATg < 2:87963/289‑1 (MQ=255)
tGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATg > 2:1315284/1‑288 (MQ=255)
gTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGt > 1:2123301/1‑246 (MQ=255)
gTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGt < 2:2123301/246‑1 (MQ=255)
ttctGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGAt > 1:1706102/1‑289 (MQ=255)
ctGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCa < 1:2014621/289‑1 (MQ=255)
atGCCATTGCAGCGCATTGCCACCCACAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGGTCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCa < 2:909574/288‑1 (MQ=255)
tGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCa > 2:1201872/1‑240 (MQ=255)
tGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGaa > 1:2234122/1‑281 (MQ=255)
ttGCCGGGCATTGCCACCACCAACTCG‑GTTGCGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCAGGTTTGCCGACTGGTACGTGGGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCa < 2:2157595/289‑1 (MQ=255)
ttGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCa > 1:1891107/1‑289 (MQ=255)
ttccgcgcATTGCCACCACCAGCTGG‑GGTGAGTTGCTTTAGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCAt < 2:1390523/285‑1 (MQ=255)
tgcaggccgttGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTGACGCCGGTAGGGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGTGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGGGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCAt < 2:2211980/280‑1 (MQ=255)
cAGCGCATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTg > 1:2045600/1‑289 (MQ=255)
gcgcATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGTAGGGGAAACGGACACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTGTATGCCGAAGGGATCAAGGGCACTGAg > 2:1029306/1‑289 (MQ=255)
gcATTGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGATGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCCTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTGATGGAggt > 2:847596/1‑287 (MQ=255)
tGCCACCGCCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGcc < 1:1471665/289‑1 (MQ=255)
tGCCACCACCAACTCG‑GGTGATTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGcc < 1:2057617/289‑1 (MQ=255)
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tGCCACCACCAACTCG‑GGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGcc < 1:1190936/289‑1 (MQ=255)
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acaTTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACgaga < 1:893748/289‑1 (MQ=255)
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AAGACGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTAGTGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACAGC‑GGTGAGTTGCTTAGCTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCAGCCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGAGTAGCCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACAT > CP042583/780217‑780758
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A