Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
799,595 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 799,595 | 0 | A | T | 99.4%
| 719.8
/ NA
| 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (130/175); total (132/175) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 799,596 | 0 | G | C | 99.7%
| 721.3
/ NA
| 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (130/175); minor base T (1/0); total (132/175) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 799,597 | 0 | C | G | 99.7%
| 724.2
/ NA
| 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (131/174); total (132/175) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
GATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCAAGCGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACAGTCGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAAAGTCTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGATGGCATCACCTCCGACAGCGAA > CP042583/799315‑799870
|||
tGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTAGCCACCCCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATgg > 2:2077893/1‑288 (MQ=255)
gcgcTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGttatta < 1:1162011/289‑1 (MQ=255)
ggTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGGGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTAACCAGCGCGTACGTGCAACTTGCCGTCCATCGGTTGATGTTGTTAcgtgtt > 2:847967/1‑284 (MQ=255)
gtgtGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTc < 1:1944849/288‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGc > 1:324015/1‑289 (MQ=255)
tCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCg < 1:443207/289‑1 (MQ=255)
ggTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATAtt < 1:904008/288‑1 (MQ=255)
tataACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGa < 1:1068514/289‑1 (MQ=255)
aaaaaaTTGCTGGAGCCGATGGCATGGTGGATCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGATGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt < 2:2141385/289‑1 (MQ=255)
aaaaaaTTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt < 1:2253844/289‑1 (MQ=255)
aaaaaaTTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt < 2:324015/289‑1 (MQ=255)
agccggtgtgatgatgCGTCCCATTCCGGGACCGTACTGGGAGCCGGGGTGCAGAGTGGAGGCCGAGGATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGAGGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCGCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATAGTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTa < 2:1377722/279‑1 (MQ=255)
aGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTa < 1:1050731/289‑1 (MQ=255)
gCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGttatta < 1:944410/227‑1 (MQ=255)
cGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt > 2:1135406/1‑260 (MQ=255)
cGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt < 1:1135406/260‑1 (MQ=255)
tCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGAc < 2:1633992/252‑1 (MQ=255)
tCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGAc > 1:1633992/1‑252 (MQ=255)
tCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt < 1:77560/258‑1 (MQ=255)
tCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACac > 1:1458980/1‑287 (MQ=255)
ttCCAGACCCGTCATGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACAGTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGActcacgta < 1:1789789/288‑8 (MQ=255)
ttCCAGACCCGTACGGGAAGCCGGGTGACAGTATGGGTGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGActcacgtac < 2:1650528/289‑9 (MQ=255)
gACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGa > 2:894364/1‑241 (MQ=255)
cccGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCAtt < 1:1828610/286‑1 (MQ=255)
tACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGa > 2:23938/1‑226 (MQ=255)
tACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGa < 1:23938/226‑1 (MQ=255)
aGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGa > 1:866578/1‑219 (MQ=255)
aGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTg > 1:122712/1‑288 (MQ=255)
cGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTaa < 2:154159/211‑1 (MQ=255)
cGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGgcgc < 2:1344869/289‑1 (MQ=255)
ggTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTa > 1:1648348/1‑243 (MQ=255)
gTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGgcg < 1:495622/285‑1 (MQ=255)
taaaGTTTGGATTCCCGGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGaat < 2:787220/286‑2 (MQ=255)
aCAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGAACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGaat < 2:2173059/288‑2 (MQ=255)
tGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGaatcactgct < 2:122712/289‑9 (MQ=255)
tGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGaatcactgct < 1:130948/289‑9 (MQ=255)
aTGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGCTGGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGCTTGACCCACGTACCACTTTTGGTCAGTCAGGCCCGGaatcacagcaggc > 2:1839425/1‑278 (MQ=255)
gCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGaat > 1:618342/1‑276 (MQ=255)
gCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGaat < 2:618342/277‑2 (MQ=255)
cccAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTAt > 1:2000627/1‑289 (MQ=255)
ccAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTAt < 2:519938/288‑1 (MQ=255)
ccAGAATCCCGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTTATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTCTCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGCTTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTAt < 2:771476/288‑1 (MQ=255)
cAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGt < 1:2178609/173‑1 (MQ=255)
gCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAACGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCGCGTGCTGCGGGTATCCACCTCGCACTGGCAACTCAGCGTCCAACGGCTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCTGTCATGCCTTTACCGTATCTAGTAAGATTGACTAACGTAACATTCTTGATCAGGCTGGCGCTGAATCAATGCTGGGTATgggg > 2:703359/1‑289 (MQ=255)
tCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGat < 1:821996/289‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGat < 1:14820/289‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGat < 1:136366/289‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGat < 2:570620/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGGTGGTTGACGCATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGat < 2:493794/289‑1 (MQ=255)
accagTGCGGAAAAAAGAAACAAACCTTGGGGTGTTTGTTGACGAATATGCCGGCCTGATGCTGGCGGGAGGTAAAAAAGCGGAAGAACTGCTAGCACGTCAGGCGCAACAAGCACGTTGCGAGGGGATCCACCTAGTACTGTCAACTCAGCGTACATCGGTTGATGGTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGGCCCGTTTCGCCTTTAACGTTTCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGat < 2:1458980/285‑1 (MQ=255)
tGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCACCTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAGCGCCTTTACCGTATCCCGTAAGATTGACTCACGTACCTTTCTTCATCAGGCTGGTGCGGAATCAGTGCTGGGTCTGTGGGAGAGGctct > 2:1292874/1‑288 (MQ=255)
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aaGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGccc < 2:1283896/289‑1 (MQ=255)
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gggTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGAGTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGAt < 2:1586490/289‑1 (MQ=255)
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gCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGATGGCATCACCTCCGACagcg > 1:742632/1‑289 (MQ=255)
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|||
GATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCAAGCGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACAGTCGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAAAGTCTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGATGGCATCACCTCCGACAGCGAA > CP042583/799315‑799870
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
