Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
829,890 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 829,890 | 0 | A | T | 100.0%
| 696.4
/ NA
| 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (146/145); total (146/145) |
| * | CP042583 | 829,891 | 0 | G | C | 99.3%
| 687.7
/ NA
| 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (145/144); minor base A (1/1); total (146/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 829,892 | 0 | T | A | 99.3%
| 692.5
/ NA
| 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/144); minor base C (1/1); total (146/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTAAGCAAGCGTTTTCGCAACATCAGTAAAAACATGCAGAACACCATGGGGCAGGTGACCACCAGCGCAGAACAAATGCTGAAGGGCCACAAAGAAGTATTGAT > CP042583/829613‑830170
|||
tgagacTCAACGCAGCCGGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTa < 2:1775732/284‑1 (MQ=255)
tCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTc < 1:2232709/289‑1 (MQ=255)
cGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGATGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGaa < 1:1160509/289‑1 (MQ=255)
agccagcGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAg > 2:1902404/1‑289 (MQ=255)
agccagcGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAg > 2:695106/1‑289 (MQ=255)
agccagcGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGAAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTa < 1:387983/276‑1 (MQ=255)
gATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGTTGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGct < 1:964919/288‑1 (MQ=255)
atgttatcgctcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGcttcttcttct > 2:170505/10‑288 (MQ=255)
atcgctcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGgc < 2:1063009/285‑1 (MQ=255)
tcgctcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTAAGCTGTTGTAACGTATTCCCTACGATTCCGGACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGgc > 2:364209/4‑288 (MQ=255)
tctcctTAAGCCACTTCTTGATGTTGGGTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCa < 2:1399775/288‑1 (MQ=255)
gctcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCa < 2:1137401/288‑1 (MQ=255)
ctcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTa > 2:391268/1‑251 (MQ=255)
tcctTAAGCCACTTGTTGGTGCTGGCTTTGGTAACACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGATATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACt < 2:774190/289‑1 (MQ=255)
tcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTTGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAACTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACt < 2:247158/289‑1 (MQ=255)
tcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACt < 1:695106/289‑1 (MQ=255)
tcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACt < 1:47827/289‑1 (MQ=255)
tcctTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACt < 1:1290413/289‑1 (MQ=255)
aCTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACtgtt < 2:939023/289‑1 (MQ=255)
ttcttGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACtgttgt > 1:1856175/1‑289 (MQ=255)
gtatgGCTTTGGTACAGCAGATCGCTCCGTGGTGGTGTGGGTGCCGTTGTTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCGTGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGa < 2:866390/286‑1 (MQ=255)
tgGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGTCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGa > 1:2029484/1‑285 (MQ=255)
tgGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCa < 2:1538621/265‑1 (MQ=255)
tgGCGTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCa > 1:1538621/1‑265 (MQ=255)
aTCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCg < 2:615268/265‑1 (MQ=255)
aTCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCg > 1:615268/1‑265 (MQ=255)
tCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCa < 1:780665/247‑1 (MQ=255)
tCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCgg > 1:2118930/1‑285 (MQ=255)
tCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCgg > 1:1556424/1‑285 (MQ=255)
tCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGc < 2:166246/286‑1 (MQ=255)
cGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGt < 1:1706623/289‑1 (MQ=255)
gcaccGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGtt < 1:1928757/286‑1 (MQ=255)
tCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTtca > 1:426799/1‑289 (MQ=255)
ggTGTGGATGCCGCTGGTGGTGGTCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCatgatg < 2:2007225/289‑1 (MQ=255)
ggTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCatgatg < 2:882365/289‑1 (MQ=255)
ggTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGCCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCatgatg < 1:548991/289‑1 (MQ=255)
tgtgGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTTCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGc > 2:1988847/1‑272 (MQ=255)
tgtgGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCgtc < 1:1079101/262‑3 (MQ=255)
tgtgGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGCAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTg < 1:1649607/252‑1 (MQ=255)
tgGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTTCGACGATCATCGGCCTGGTCATCatgattgtct > 2:14932/1‑284 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCgtcgatca < 1:322123/263‑8 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCgtcgatca > 2:322123/1‑256 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCTTCGGCCTGTtcatcactctgttttat > 2:5493/1‑278 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCatgatg > 2:2064822/1‑283 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCatgatg < 1:2064822/283‑1 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTAt > 1:985813/1‑289 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTAt > 1:648490/1‑289 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTCAACGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGCTGTTCTAt > 2:1869982/1‑289 (MQ=255)
gATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCCTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTAt > 1:1197286/1‑289 (MQ=255)
cGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTa > 2:1083995/1‑187 (MQ=255)
cGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCCCTGATCACTGATGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAg > 1:361969/1‑289 (MQ=255)
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tgattaTGTTACGGTTTATCACCAGCTATTTCTCCTGCTACTGTCTCTCCTGTATATCAGGTAAGGTTGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGTTCACATGATTGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAACCAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGTTCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACTGTTGGCAACTgtcgatcat < 2:2191214/289‑9 (MQ=255)
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tgatTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGc < 1:789758/242‑1 (MQ=255)
tgatTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGc > 2:789758/1‑242 (MQ=255)
ttttACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGAt < 2:426799/289‑1 (MQ=255)
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aGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGAt > 1:1571880/1‑260 (MQ=255)
aGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTTCGATTGCGa > 2:305925/1‑289 (MQ=255)
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cTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGATTGTGCTGGc < 1:1434461/264‑1 (MQ=255)
ccTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTTCGATTGCGAt < 2:459661/277‑1 (MQ=255)
tgggtatcaggAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTTCGATTGCGATTCGCGTTGTatcga > 1:1310493/10‑285 (MQ=255)
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tcaaCGGGTACGCTGTTGTCACGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGTCGATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGTCGATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTTCGATTGCGATTCGCGTTGTATCGAAGCGTTTTCGCAACATCAGTAAAAACATGCAGAACACCATGGGGCAGGTGACCACCAGTGCAGAACAAATGCTGAAGGGCCACAaag > 1:2208564/4‑289 (MQ=255)
|||
GTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTAAGCAAGCGTTTTCGCAACATCAGTAAAAACATGCAGAACACCATGGGGCAGGTGACCACCAGCGCAGAACAAATGCTGAAGGGCCACAAAGAAGTATTGAT > CP042583/829613‑830170
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
