Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
832,286 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 832,286 | 0 | A | T | 99.6%
| 572.7
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/130); minor base C (1/0); total (114/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 832,287 | 0 | G | C | 99.6%
| 567.0
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (114/129); total (114/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 832,288 | 0 | C | G | 99.2%
| 572.5
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (112/129); total (114/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTA > CP042583/832009‑832565
|||
gtgtgGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACTAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAc < 1:1398693/289‑1 (MQ=255)
ttgGCGTACAACCGGAAAAAGGGGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACct < 2:1880187/288‑1 (MQ=255)
cGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 2:85126/288‑1 (MQ=255)
tACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGGCATGAATGTCGCTGCCGCCCCTCTCCCt > 2:883692/1‑289 (MQ=255)
cAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTCTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAACCGCTGGTAATGACTGAAACAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGCAAATTGGTGGTATTTGCCTTTAGACGCACAGCTTTCAGCTGATGAACCCGCGCAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACTCCGCGGCAGCGTCCGATTGCTGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACATCTCCCtc > 2:1790260/1‑287 (MQ=255)
aCCGGATAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCATTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCt < 1:1489040/289‑1 (MQ=255)
aCCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 1:68248/267‑1 (MQ=255)
cTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCa > 1:2014550/1‑287 (MQ=255)
ccGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTg < 1:845321/288‑1 (MQ=255)
tcatcaGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACct < 1:877342/252‑1 (MQ=255)
catcaGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGcac < 1:66895/289‑1 (MQ=255)
gttGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTGGGTAGGGGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTg < 2:2014550/288‑1 (MQ=255)
ttGAACCAGGCGGAGGTCAGGGCGTGGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGGAATGACTGAAAAAGAGGCGGTAAACTGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATGGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAACCTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTGGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 2:2112564/289‑1 (MQ=255)
cacgCGGAGGGCAGTGCGTGGGTAAGCGCCGGGCTAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGCTGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAGGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACGAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGAACCTCTCCCGTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaaca < 2:301295/286‑1 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAGACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacca > 2:1373003/1‑287 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCg < 1:52470/230‑1 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGcac < 2:450497/273‑1 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacaa > 2:1360195/1‑289 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacaa > 2:1995199/1‑289 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacaa > 2:964000/1‑289 (MQ=255)
aTGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacaa > 2:2035238/1‑289 (MQ=255)
gCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTCACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCCGAGTTCGATTTATGGAGTCATGCATGTCGCTGCCGAACCTCTCCCTGGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacaaa > 1:1317808/1‑288 (MQ=255)
cGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg > 2:694023/1‑262 (MQ=255)
cGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgag < 1:281923/288‑1 (MQ=255)
ttGGTAAGGGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAGGATGCGGTGAAATGACGGGCCTTTGCAGAGGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgagcg < 2:1898632/288‑1 (MQ=255)
tGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgagcgtc > 1:765937/1‑287 (MQ=255)
tGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgagcgtc > 2:1006425/1‑287 (MQ=255)
ggTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgagcgtcg > 1:1831903/1‑286 (MQ=255)
ggTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCCCCCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCCCAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgaccctc > 2:582524/1‑283 (MQ=255)
tAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgagcgtcgtg > 1:692832/1‑284 (MQ=255)
gcCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTcgagcgtcgttgga < 1:1360195/287‑9 (MQ=255)
cGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGc > 1:118041/1‑250 (MQ=255)
ggCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCGTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGCTTGATGGAGTAATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCCCCTTGCCGCACAAGGCCTGATAAACAAACCCCGCCTCCGAGCGTCGTTGGAGGatat > 2:379438/1‑289 (MQ=255)
aCGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAACATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCCGATGCGCGTAATCTTCACCTTTCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGCGCCCCCGTGGCGGATATTCCgg > 2:1613547/1‑289 (MQ=255)
tGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAAc < 1:1439917/289‑1 (MQ=255)
ggTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACg > 2:1980158/1‑289 (MQ=255)
aCTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTcc > 1:1944102/1‑288 (MQ=255)
aCTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGACCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGaccccc > 2:1332058/1‑283 (MQ=255)
tGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGc < 1:999714/229‑1 (MQ=255)
gAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCa < 1:100164/289‑1 (MQ=255)
gAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCa < 1:451586/289‑1 (MQ=255)
aGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTcc < 2:1454965/289‑1 (MQ=255)
gCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTtg > 1:2160526/1‑288 (MQ=255)
gTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTtgctg < 2:2167693/288‑1 (MQ=255)
tGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCg < 1:1613547/289‑1 (MQ=255)
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cGGGCCTGTGCAGAACAAATTTGTTGGTATTTGCCTGTAGACGAACAGCTTTCGGGGGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGTCTTCTGGCACCTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGAACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGAt < 2:115405/288‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
