Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
580,010 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 580,010 | 0 | A | T | 99.2%
| 571.7
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/132); minor base G (0/2); total (110/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 580,011 | 0 | G | C | 99.2%
| 561.8
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (108/132); minor base A (1/1); total (110/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 580,012 | 0 | C | G | 100.0%
| 579.5
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (110/134); total (110/134) |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGAGCGTGATTAACCCGGAAAGCCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGAGCCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGC > CP042583/579731‑580293
|||
cGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGa < 1:1912613/289‑1 (MQ=255)
tCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATc > 1:541933/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATc > 1:112573/1‑289 (MQ=255)
gTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaaa < 2:1881481/288‑1 (MQ=255)
tGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:1887057/289‑1 (MQ=255)
tGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:1699929/289‑1 (MQ=255)
tGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 2:1093016/289‑1 (MQ=255)
tGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:1229652/289‑1 (MQ=255)
gggTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAgg > 1:521399/1‑287 (MQ=255)
gggTAAAGAAGTGCGTCTGCGGAATGCTTATGTGATTAAGGGAGAAGGGGTCGAGAAAGAAGCCGAAGGTAATATAACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 2:1541660/288‑1 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 2:894058/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 1:1152467/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 1:992170/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGGCGGTGCTTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 2:1574499/1‑289 (MQ=255)
cGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTg < 1:488922/280‑1 (MQ=255)
cGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTg > 2:488922/1‑280 (MQ=255)
cGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCg > 2:184996/1‑288 (MQ=255)
cTTATGTCATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTAAAAGGTGTTATTCACCGGGTGAGCGCGGCACATTCGCTGCCGGTTGCAATCCGTGTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGGTCCGCGGTCGGTTTCCTGTCCGTGATTAAACCGCAATTGCGGGTGAGCAAACAGGGCTTTGCGTAACCGTACCTGAACGATgg > 2:1225087/1‑288 (MQ=255)
aTGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGt > 1:215655/1‑289 (MQ=255)
tgtgATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 1:57453/289‑1 (MQ=255)
tgtgATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCGTCTGTACTTATGCCGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 1:1067919/289‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGTCGTTgggg > 2:1256070/1‑289 (MQ=255)
aaGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTGCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATAGATGGTGATCAAACAGGGCTTTGCGGAACCGTCGCGGAAAGATTCGGtttggggaa > 2:1704994/1‑282 (MQ=255)
aaCGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTCAAGCAt > 1:416449/1‑288 (MQ=255)
acacgTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTACGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTc < 2:824876/286‑1 (MQ=255)
gTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGt > 2:951402/1‑289 (MQ=255)
tCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGtt > 1:396548/1‑289 (MQ=255)
cGAGAAAGATGCCGCATGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGttt < 1:1286630/289‑1 (MQ=255)
aTGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGGATTCCAGTTTgtacggca > 2:1468287/1‑282 (MQ=255)
tgacGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 1:1403372/284‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGTTCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 1:1845320/287‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 2:324111/287‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 1:10043/287‑1 (MQ=255)
cGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAgg < 1:331085/288‑1 (MQ=255)
cGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGt < 1:1618823/289‑1 (MQ=255)
aaTATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTc < 1:720291/288‑1 (MQ=255)
aaTATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTG‑AGGTTACTTCt > 1:1323273/1‑288 (MQ=255)
caccaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGAt < 1:837294/289‑1 (MQ=255)
caccaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGAt > 1:1752367/1‑289 (MQ=255)
tcttctGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAgccg < 1:716831/289‑1 (MQ=255)
tctGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAgc < 2:1313063/284‑1 (MQ=255)
tctGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAgc > 1:1313063/1‑284 (MQ=255)
tGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCAtt > 2:924986/1‑289 (MQ=255)
tGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCAt > 1:163886/1‑288 (MQ=255)
tACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCgtcgctgaa > 1:460044/1‑211 (MQ=255)
tACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCgtcgctgaa < 2:460044/219‑9 (MQ=255)
aCTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGGAAAGAATTCCAGTTTGGGCGGGAAGGTTACTTTTGCCCCGATAGCCGCCATTcca > 2:1017840/1‑287 (MQ=255)
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tAACCCGGAATCGCGGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTAt < 1:460817/289‑1 (MQ=255)
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CGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGAGCGTGATTAACCCGGAAAGCCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGAGCCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGC > CP042583/579731‑580293
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
