Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
635,681 |
6 bp→TCGTCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 635,681 | 0 | A | T | 99.4%
| 369.8
/ NA
| 159 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (49/109); minor base C (1/0); total (50/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 635,682 | 0 | G | C | 100.0%
| 372.2
/ NA
| 159 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (50/109); total (50/109) |
| * | CP042583 | 635,683 | 0 | C | G | 100.0%
| 370.8
/ NA
| 159 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (50/109); total (50/109) |
| * | CP042583 | 635,684 | 0 | A | T | 99.4%
| 373.7
/ NA
| 159 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (48/109); minor base C (1/0); total (50/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 635,685 | 0 | G | C | 100.0%
| 377.9
/ NA
| 159 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (50/109); total (50/109) |
| * | CP042583 | 635,686 | 0 | T | A | 98.1%
| 367.5
/ NA
| 159 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (48/108); minor base C (2/1); total (50/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
AAGCGCAGATTCAACAGGCAACCAAAGACTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACAGCAGTCTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCAGTATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGA > CP042583/635397‑635952
||||||
aaGCGCAGATTCAACAGGCAACCAAAGACTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGGGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGTTGTGGCGAActgct > 2:1633889/1‑287 (MQ=255)
aaCCAAAGACTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGAtct < 2:588197/288‑1 (MQ=255)
ccAAAGACTCCGTCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTAGCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCAt < 1:368788/289‑1 (MQ=255)
ccAAAGACTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCAt < 1:100490/289‑1 (MQ=255)
agcaCTCCATCCCGCTGGTAGCGCCGCTGTACTTTGCCTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGAAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCtt < 1:926342/286‑1 (MQ=255)
cTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTctca < 1:556269/289‑4 (MQ=255)
tCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTctcaa < 1:1633889/289‑5 (MQ=255)
cATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTACCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGGGAAATCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCCTctaactg > 2:1009474/1‑283 (MQ=255)
tCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTctcaatggt > 1:1303068/1‑281 (MQ=255)
ctggtgtGGCGCCGCTTGTCTTGTCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCGGCTTCTGGTAATCGTCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCt < 2:1018883/286‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGGGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGc < 2:839867/289‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTAGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGc < 1:1332416/289‑1 (MQ=255)
gccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 1:13785/288‑1 (MQ=255)
gccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 1:1108940/288‑1 (MQ=255)
gccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 1:876714/288‑1 (MQ=255)
gccgcTGTACGTTGCGTTCCGTATCATGGGGGCGTGTGGCTTCCTGGTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTGTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGCGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 2:1868939/288‑1 (MQ=255)
ccgcctttACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 2:143534/281‑1 (MQ=255)
ccctgtttccTTTGTGTTCCGTTGCCTGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGATTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATTGCT‑TATGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCGGTGGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATAGCCGCCAACCGGGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGTACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCGGATTTGCgg < 2:1892536/279‑1 (MQ=255)
ccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg > 1:624329/1‑287 (MQ=255)
ccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGc > 2:1574158/1‑288 (MQ=255)
cgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGcc < 1:1865799/288‑1 (MQ=255)
gcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACCGCTGTGGCGTACCCGTCACTGACCGCAGGCCATCCTATCTTCTCACTGGTGCTGATTTGCGGcccg > 2:1737930/1‑287 (MQ=255)
cTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGt > 1:1652173/1‑289 (MQ=255)
tGTACTTTGCGTTCCTTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGTCAATAATCGCGCTCTCTTTCTGGATTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGt < 1:180378/288‑1 (MQ=255)
tCCGTATCGTGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCt < 1:1395876/289‑1 (MQ=255)
tCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGGGAACTCGGCACTGACCGCAGGCGATCGCATCTTTCAAAGGGTGCTGAATGGCGGCCTGTATACCTCGTTccc > 2:1550920/1‑288 (MQ=255)
cGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGACTATCGGTGACGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCCCTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCCGATTTGCGCCCTGGATACCCTGTCCCtgg > 2:890917/1‑289 (MQ=255)
aTCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCtggtgg < 1:1395223/289‑1 (MQ=255)
ggtggtGTGTGGCTTCCTGCTGCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATACGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGaa < 1:607367/289‑1 (MQ=255)
ggtggCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGaa < 2:1342898/289‑1 (MQ=255)
ggtggCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGaa > 1:851945/1‑289 (MQ=255)
ggtggCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGaa < 1:114781/289‑1 (MQ=255)
ggtggCGTGGTGCGTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATTGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGaa < 2:953610/289‑1 (MQ=255)
tggCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCATGCGATCTTAACTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACGCTGTTCCTGGTGGCAGTAtt > 1:774003/1‑289 (MQ=255)
gCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTTGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACCGCTGTGGCGAACTCGTCACTTACCGCAGGCGATCTCCTCCTCTCAATGGTGCCGATTTGCGGCCTGGTTACCCTGTTCCtggtgtgcgcattgt > 2:800759/1‑279 (MQ=255)
tgtgGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCACCTTCTCAATTGTGCTGATTTGCGGCCTGGATACCCTGTTCCCGGTGTCacacatttctt > 2:1008371/1‑279 (MQ=255)
ggtttCCTGCTGCTGGCGATCAGCGCCCTCTCTTTCTGGGTGG‑TCTGCCGCAACCGCATTGGCGGGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTTCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTa < 2:30311/285‑1 (MQ=255)
tCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCCCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTTTATACCCTGTTCCGGGTGGCAGGATTTTTTTTTAtttt > 2:1619606/1‑289 (MQ=255)
tCCTGCTTCCGGCAGTTCTGGCGCTTTCTTTCTGG‑GTGCGAATCCGCAACCGGATTGGCGGGAAAAAATGCGT‑TCTGTGCGCCGGGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCTCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGtt < 2:1120365/289‑1 (MQ=255)
tGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCaa > 2:1242084/1‑289 (MQ=255)
ggCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCa < 1:1361186/289‑1 (MQ=255)
gCAATCATCGGTCTCTCTTTCTGGTGTG‑TCATCCGCACCCGCATTGGCGAGAAAAAAGGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCa < 2:1303068/288‑1 (MQ=255)
gtcctctctctctcaCTCTGCTGTG‑TCATACGCTACCGGCGTGGAGAGACAAAATGGCG‑TCTGCGAGCCGCGCTGTGCGGTATTCCGCTGCCGTGAATTGCTGTAGTAGCGGTCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGcc < 2:1704520/280‑1 (MQ=255)
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tCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGa < 1:328853/235‑1 (MQ=255)
tCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGa > 2:328853/1‑235 (MQ=255)
gAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTg < 1:453920/289‑1 (MQ=255)
cGACAGCTGTGTCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGa < 1:1444719/289‑1 (MQ=255)
cGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGa < 1:1480608/289‑1 (MQ=255)
||||||
AAGCGCAGATTCAACAGGCAACCAAAGACTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTG‑TCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCT‑TCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACAGCAGTCTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCAGTATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGA > CP042583/635397‑635952
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A