Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
658,900 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 658,900 | 0 | A | T | 100.0%
| 530.5
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (130/93); total (130/93) |
| * | CP042583 | 658,901 | 0 | G | C | 99.6%
| 520.5
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (130/92); total (130/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 658,902 | 0 | C | G | 99.6%
| 523.1
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (129/93); minor base T (1/0); total (130/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ATTTTATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGT > CP042583/658627‑659181
|||
aTTTTATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGgcgc < 1:1171249/288‑1 (MQ=255)
ttATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGAt > 1:965379/1‑289 (MQ=255)
gATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGCGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTAt > 2:221270/1‑289 (MQ=255)
ttATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCg > 1:1497478/1‑289 (MQ=255)
tCTGAAGCGGCCGCAGTCAGGGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTAACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAATGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGATCGACAGCGTACTGCCTCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTg < 2:103147/289‑1 (MQ=255)
cTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGa < 1:699838/289‑1 (MQ=255)
aCCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGt > 1:519768/1‑289 (MQ=255)
ccGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGt < 1:1299512/288‑1 (MQ=255)
cGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTAt > 2:1578976/1‑289 (MQ=255)
cGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTAt > 2:831144/1‑289 (MQ=255)
cGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTAt > 2:1533430/1‑289 (MQ=255)
aggcagCGGAAATCGTTAAATGTTAGGGGTTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATGCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGAc < 2:1187314/289‑1 (MQ=255)
cGGAAATCTTCAATCGTTGCGGGTTTACAATCAATTAATGATACTGCCCGATCCAGAATGGCAGGCGTTTTTATTAAGCATGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGGGCTGTTTGGCCGGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGAAAAGCTCTGCTCGACGGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGtt < 2:1378251/288‑1 (MQ=255)
aaTCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTa < 1:1082561/289‑1 (MQ=255)
aaaCGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCtt < 1:911369/289‑1 (MQ=255)
aaaCGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCtt < 1:1105980/289‑1 (MQ=255)
tACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCtt > 2:267107/1‑289 (MQ=255)
tACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCt < 1:479455/288‑1 (MQ=255)
aCGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCttt > 1:215118/1‑289 (MQ=255)
tACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTggc > 2:1249637/1‑289 (MQ=255)
tCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTggcgcggc < 1:1533430/289‑1 (MQ=255)
aaaGTAATGATACGGACGCTTACAGAATGGCAGGAAGGTTTATTAAGCTTGAAGGTTTCTTCCCTGGGTGTTCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTggcgcggcg < 2:1684051/288‑1 (MQ=255)
aaGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGGTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGGTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTggcgcggcgc > 1:410039/1‑289 (MQ=255)
tACTGCCCTACCCAGAATGGCAGTGAGTTTTATTAGTCCTGCGAGTTTCTTCCCTGGTTGTGCTGTTTGGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCg < 2:1165078/288‑1 (MQ=255)
aTCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCg < 2:1477093/279‑1 (MQ=255)
aTCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTgccg < 2:361082/285‑1 (MQ=255)
aTCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTgccg > 1:361082/1‑285 (MQ=255)
aTCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGccgccg > 2:342676/1‑288 (MQ=255)
tCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTAGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTc > 1:1154629/1‑289 (MQ=255)
caggcagTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAAc > 2:1326175/1‑211 (MQ=255)
caggcagTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCCCCTTTAGCTGGCCGGGCGCGGTTCCCGCTGCCGCCGTctgtgcgttt > 2:924337/1‑279 (MQ=255)
caggcagTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACGTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACATTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGTTTCTCCCTGCCGCCGTCagtcctttt > 2:1015593/1‑280 (MQ=255)
aggcagTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATgtcgtttc < 1:342676/288‑8 (MQ=255)
aGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGt < 1:831144/289‑1 (MQ=255)
tagaggacagttgttgtgttgtTTGGACGCCCGTTTGGATGCTTTTTTGCTGGGTTCCTGGGGCGTTGCACGTGTCCGGGCAAAGCTTTGCTCGACAGCGTACTGCCTCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGGACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTc < 2:472919/275‑1 (MQ=255)
cttcCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGCCATGTCGTTTACGCTGATGGTCCGGGCAATTCGTCTGgc > 1:1023827/1‑289 (MQ=255)
cccTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCGGCTGGTTCGGGCAATTCGCCTGgcgcc > 2:589029/1‑288 (MQ=255)
ggtgttgctgtTTAGTCTGCCGTTGCGGATCTTTTGTGCCTGGTTACTGGTACGTTGCACGTTTCCGGGCAAATCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTCCCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGa < 2:1759399/283‑1 (MQ=255)
ggCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGaa < 1:171554/289‑1 (MQ=255)
ctgtgctgtgTAGCCTGCCGTTTGGGAGCTGTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAg < 1:444820/288‑1 (MQ=255)
gtgctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGCTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAgggg > 2:797426/1‑289 (MQ=255)
tgctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGt > 1:132959/1‑289 (MQ=255)
gctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGt > 2:1807583/1‑185 (MQ=255)
tgcgCCTTCCGTTTGGGGTCTTTTGTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 2:15993/286‑1 (MQ=255)
agctggCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCCCGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGAAAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCa < 2:1556609/284‑1 (MQ=255)
aGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCa < 1:14575/289‑1 (MQ=255)
cGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGGCTGGCGCTGGAAGGGGTGGATGGCAAACGGGa > 1:1856482/1‑289 (MQ=255)
gATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc < 1:1578976/288‑1 (MQ=255)
ttttGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGa < 1:1625235/289‑1 (MQ=255)
gTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGaa > 1:1040441/1‑274 (MQ=255)
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cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATTGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGC‑‑CAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTg > 1:140332/1‑288 (MQ=255)
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cTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGaa > 2:1717188/1‑289 (MQ=255)
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attattaGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTtctctc < 1:756216/289‑1 (MQ=255)
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attaGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTTTGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGt < 1:1799579/289‑1 (MQ=255)
|||
ATTTTATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGT > CP042583/658627‑659181
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A