Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
662,999 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 662,999 | 0 | G | C | 100.0%
| 562.6
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/120); total (116/120) |
| * | CP042583 | 663,000 | 0 | C | G | 99.2%
| 547.8
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (115/118); minor base T (0/2); total (116/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 663,001 | 0 | T | A | 99.6%
| 553.5
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/119); minor base G (0/1); total (116/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATC > CP042583/662727‑663280
|||
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGTCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:35121/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCCGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTAATGTTTATGCCAAAGTCGGATTCGGTCCACAGACCCAATTCCATGCacatat > 2:1552930/6‑284 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAattat > 2:1485053/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:1721932/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAattat > 2:470588/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGAAattat > 1:558056/6‑289 (MQ=255)
tGACGCCATTCGTCAAACCAGTCCAGCTTGCAGGGCTTGTCGGGCAGCTGTTGTTATATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 2:181729/287‑1 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 2:598543/287‑1 (MQ=255)
tCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACCTAGCATCGATTCCATGCAATTATTCGTGACTTGTTCCAgta > 2:1258398/1‑287 (MQ=255)
tCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGaa > 1:1528791/1‑289 (MQ=255)
aaaaCGAGTCCGGCTTCCCGGGCTGTTCGGACCGTGGTTGTTGTATAAAAGGTCGGTTGCCGCTGGGGGAGCGGACGCTATTCATTTTGTAACCCACCAACTCCTGGCATTCTACTAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCCACAGGCGAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGGTGATTTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAGGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCg < 2:1339859/289‑1 (MQ=255)
aaaaCCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCg < 2:706452/289‑1 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTTTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTa > 1:1867648/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTTCCTTGTTCCAGATTCCGCACTTTa > 1:761651/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTTCCTTGTTCCAGAATCCGTACTTTa > 2:270959/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTa > 2:1883789/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTa > 2:331355/1‑289 (MQ=255)
tCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTaa > 1:1498571/1‑289 (MQ=255)
ccAGCTTCCGGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTaa < 2:770939/288‑1 (MQ=255)
ccAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTaa < 1:100153/288‑1 (MQ=255)
cAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAata < 2:946369/289‑1 (MQ=255)
tgccAGTGCTTGTTGGACATCTGTTGTTCTATCACCATGCTGTTGACACTGAAGGAGCGTACGCCAATCATTTTTTACCCCATTAACACCAGCCATTCTACAAGCTTCTTTTTTTCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCATTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTAGTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGAACTTTAatat < 2:1726723/284‑1 (MQ=255)
cGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCAt < 2:1333742/288‑1 (MQ=255)
cTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAAttt > 1:1137077/1‑288 (MQ=255)
aGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa > 2:523574/1‑289 (MQ=255)
tCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaa > 1:165294/1‑289 (MQ=255)
tCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaa > 1:155773/1‑289 (MQ=255)
tCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaa > 1:824198/1‑289 (MQ=255)
cGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 1:1875164/286‑1 (MQ=255)
gTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaaaaa > 1:671089/1‑289 (MQ=255)
ggagggGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACt < 1:851558/289‑1 (MQ=255)
gctaaCGCCAATCATTTTTACACCCACTAACTCCTGCCATTCTACCAGCTGCTTGTAAGCCAATTAATGGTCACACCTACAGGCCAGCACGAACTGCTCGTTTGCCAGTGGGGTAAAATCAATGCATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCACAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGGTTCCAGGCATTTATTCGTTCCTTATTCCATAATCCGCAGTTTAATATTGGGATACAACTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAGAATACTGCgat < 2:1638106/284‑3 (MQ=255)
gCGTACGCCAATCAGTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGACAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATGCTGCGGt < 2:1269012/288‑1 (MQ=255)
cGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTaa < 2:36739/226‑1 (MQ=255)
aCGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGaa < 1:1772010/289‑1 (MQ=255)
tCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATacac > 1:6680/1‑287 (MQ=255)
tttGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACATGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAAc < 2:803039/289‑1 (MQ=255)
ttGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACg < 2:886376/289‑1 (MQ=255)
tGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGt < 1:60386/289‑1 (MQ=255)
tGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGt < 2:824198/289‑1 (MQ=255)
tAACCCCCTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGGCAATTGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCa < 2:965443/289‑1 (MQ=255)
tAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCa < 2:671089/289‑1 (MQ=255)
aCCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCAcc > 1:1693221/1‑289 (MQ=255)
aCCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGAAAAAAATAAAATACTGAGGTCGGAATACACTCTAACGTCAcc > 2:449970/1‑289 (MQ=255)
aCTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTAATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATa > 2:1001192/1‑288 (MQ=255)
tAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCa < 1:271711/289‑1 (MQ=255)
aCTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACg < 2:1890406/289‑1 (MQ=255)
ccTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACgatg > 1:884051/1‑289 (MQ=255)
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cGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCa > 1:419757/1‑145 (MQ=255)
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|||
GTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATC > CP042583/662727‑663280
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
