Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
684,143 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 684,143 | 0 | A | T | 99.4%
| 404.6
/ NA
| 169 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (90/78); minor base G (0/1); total (90/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 684,144 | 0 | G | C | 99.4%
| 399.5
/ NA
| 169 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (90/78); total (90/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 684,145 | 0 | T | A | 100.0%
| 405.3
/ NA
| 169 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (90/79); total (90/79) |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CCATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGAGTGGCATTATCAGCCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAACCGTAAATGCACATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGCTTCTTCGCCTGG > CP042583/683865‑684418
|||
ccATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATATTAAGTTGCTAAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTAt > 1:1123445/1‑289 (MQ=255)
ccATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTa > 1:1280065/1‑288 (MQ=255)
atCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATaa < 1:1856891/289‑1 (MQ=255)
tCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTACTGATTGGGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAg > 2:722265/1‑289 (MQ=255)
tCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTT‑GATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATaa > 1:651541/1‑287 (MQ=255)
gTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTc < 2:992125/289‑1 (MQ=255)
tttttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCt > 1:391707/1‑287 (MQ=255)
tttttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCt > 2:1466934/1‑287 (MQ=255)
tttttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCt > 1:977308/1‑287 (MQ=255)
tttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCtt > 1:866901/1‑289 (MQ=255)
ctctctTTTGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAAt < 2:440322/289‑1 (MQ=255)
ctTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATctcgca > 2:1718437/1‑257 (MQ=255)
ctTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGc > 1:451502/1‑289 (MQ=255)
aTTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGcc > 1:1184211/1‑289 (MQ=255)
ttGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCCGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCa < 1:114396/289‑1 (MQ=255)
gTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTg < 2:136580/289‑1 (MQ=255)
tGCAAGTTTAGTTCCTGTATTTGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCCGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATAATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCGCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCAATAGTGaa < 1:1574694/289‑1 (MQ=255)
tGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGaa < 2:374374/289‑1 (MQ=255)
tttAGTTCCTGTATATGCCTTTATCTTCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTtg < 1:45734/289‑1 (MQ=255)
tAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCTCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTtgtg < 1:86705/289‑1 (MQ=255)
tatGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGaaa < 1:1416103/258‑1 (MQ=255)
tatGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGaaa > 2:1416103/1‑258 (MQ=255)
tatGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTACTTGAATTGGCGGGGATATGCCCAAGTGAAGAGTTGTGGAGTACTGttg > 2:196216/1‑288 (MQ=255)
tGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGt > 1:658816/1‑289 (MQ=255)
tGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCC‑TGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGtt > 1:808616/1‑289 (MQ=255)
cATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTgc < 1:750875/289‑1 (MQ=255)
tATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATctcgca > 1:517028/1‑211 (MQ=255)
tATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATCGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTTTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCt > 1:499658/1‑289 (MQ=255)
cGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACa < 1:131600/289‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAgg < 2:1184211/289‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAgg > 1:1370675/1‑289 (MQ=255)
gtTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAgg < 1:1727400/288‑1 (MQ=255)
ttCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTg < 2:1774431/289‑1 (MQ=255)
attGCGGGCGCGATTTTTTTATTCAGTNTACTGTCCGGTTTATTNTTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTNTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCNGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAANAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTaa < 2:658816/287‑1 (MQ=255)
aCTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCATGATGCTGGTCGGTTTCTTATTTAATGTTGATCCTGGTTTTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTaa < 2:1297498/289‑1 (MQ=255)
tGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCTGTTGATTATTTAATGTTGGTCCTGGTTCTCACGGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAaca < 1:1526094/289‑1 (MQ=255)
tGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAaca < 1:583406/289‑1 (MQ=255)
tGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAaca < 1:1214198/289‑1 (MQ=255)
tGCGAGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCAACGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCTCTGGTAATCATCGTGAATGCGTCATTAATGAGAGAACGACCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCACTGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGTGAAATGTCATAGTGAATAGTTGTGTAGTCCGGTTCGTTTCGCTTTTACATGATCATTacc > 2:1108693/1‑286 (MQ=255)
cGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCTCTAGTGAAGGGTTGTGGAGTTCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTTCATTAacaa > 2:1310914/1‑287 (MQ=255)
aTGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGCCGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCCTAGGGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGACTTAACACTCTTTTACt > 2:248399/1‑289 (MQ=255)
aTGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACt > 1:104434/1‑289 (MQ=255)
cAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCg > 1:1644893/1‑287 (MQ=255)
gTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGctt > 1:1676122/1‑289 (MQ=255)
tATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGct > 1:553593/1‑287 (MQ=255)
aacattaagTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACATGTGCATTAACACCCCTTTACTATTTTATCGGCTTCttt > 2:1518910/9‑289 (MQ=255)
tGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCCTAGTGAAGGGGTTGGGAGTCCGGTTCGTTTCGGTTTTTCAGGGGTCCTAACACTCTCTTACTATTTTATGCGCTTCTTTgt > 2:502804/1‑288 (MQ=255)
tGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCGCAGCGTGTTATCATTATGATGACGGTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCACATTTGGATAATAAGTGGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTgg < 1:600616/289‑1 (MQ=255)
gCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGa > 1:843123/1‑289 (MQ=255)
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gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAGCCGTAAATGCACATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGcttct > 1:998470/1‑288 (MQ=255)
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gATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAGCCGTAAATGCACATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGCTTCTTCGCCTgg < 2:1567391/289‑1 (MQ=255)
|||
CCATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGAGTGGCATTATCAGCCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAACCGTAAATGCACATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGCTTCTTCGCCTGG > CP042583/683865‑684418
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
