Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
762,204 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 762,204 | 0 | A | T | 99.2%
| 558.3
/ ‑4.9
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (135/99); minor base C (1/1); total (138/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 762,205 | 0 | G | C | 99.2%
| 560.0
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/99); minor base A (1/1); total (138/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 762,206 | 0 | T | A | 99.2%
| 557.9
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (136/99); minor base G (1/1); total (138/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTAC‑GATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGAT > CP042583/761924‑762485
|||
tatTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGcc < 1:320141/289‑1 (MQ=255)
ttCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCAt < 1:1027141/289‑1 (MQ=255)
tACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTACCCGGGATCGAAATTGCATCAGCGGCCATTGCCggtcc > 2:468947/1‑287 (MQ=255)
gATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCagtc < 2:417525/288‑3 (MQ=255)
gATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCagtc < 1:917840/288‑3 (MQ=255)
tATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCGGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGGGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCTTGACATGCAGTTAACCGGGATGGAAATTGCATCCGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCagtcagc > 1:1573353/1‑283 (MQ=255)
tATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCagtcagcc > 1:1184638/1‑283 (MQ=255)
ggAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAAc < 1:632477/287‑1 (MQ=255)
ggAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAAc < 1:675246/287‑1 (MQ=255)
agaTCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTACACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACGGCGCGACGCCTGACATGCAGTTCACCGGGATCGAAATTGCATAAGAGGCCCTTGCCTGTGAAAGTCAGTCAGCCGCTGCATGGGGCTTacc > 2:1452254/1‑287 (MQ=255)
gAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAAGCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTc < 1:1453531/289‑1 (MQ=255)
aGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACt < 1:575244/288‑1 (MQ=255)
aTGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCAc < 1:462986/289‑1 (MQ=255)
tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGGCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCCCTGCTCa > 2:1064105/1‑289 (MQ=255)
cTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAggggg > 2:460863/1‑289 (MQ=255)
tgtgGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAggggg < 2:314484/288‑1 (MQ=255)
tgtgGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGAAAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAggggg < 1:1809403/288‑1 (MQ=255)
tgGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTc < 2:605467/247‑1 (MQ=255)
tgGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGAtg > 1:1284797/1‑289 (MQ=255)
ccgtccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGCCTCCACTCAGTTTGCCACCCCTCAggggtgttcgccg > 2:1691643/1‑280 (MQ=255)
tccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTACCCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGACAAGCAGTCAGCCGTTGACCTCGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTTGTCTCCACCCAGTTTGCCACTGCCCACGGGGAttgccaggac > 2:1514776/1‑280 (MQ=255)
tccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATATGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAg > 1:1124039/1‑289 (MQ=255)
cAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAgctgg > 1:1842273/1‑289 (MQ=255)
aaGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAgctggtg < 2:184876/289‑1 (MQ=255)
aaGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAgctggtg < 2:772226/289‑1 (MQ=255)
aCTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCa < 2:1628945/247‑1 (MQ=255)
tCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCa < 1:1691643/288‑1 (MQ=255)
cGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGc < 1:1795547/286‑1 (MQ=255)
cGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGc > 2:1795547/1‑286 (MQ=255)
cGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCAt < 1:1895451/288‑1 (MQ=255)
cGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCAt < 1:261848/288‑1 (MQ=255)
cagccagTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGt < 2:1220819/289‑1 (MQ=255)
cgtttGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACGGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATTTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTaaa < 2:1137177/285‑1 (MQ=255)
cagTTGTACG‑CATCCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCGGGTTAAACATATGTGGGATCGGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTaacc < 1:1057025/289‑3 (MQ=255)
cACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGAt < 1:1385157/289‑1 (MQ=255)
aCCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCTAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGAtt < 1:1112890/289‑1 (MQ=255)
cgcgcgACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTAt > 2:23777/1‑287 (MQ=255)
cgaaggggTAGGACAGCTGCCGGTTAAAAATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGGGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTAtctctc < 2:1843085/283‑3 (MQ=255)
gACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGt > 2:402816/1‑264 (MQ=255)
gACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTAtctctcaa < 1:1596386/289‑5 (MQ=255)
tGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTAtctctcaacga < 1:662616/289‑8 (MQ=255)
ggTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAACCCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATg > 1:504290/1‑289 (MQ=255)
cTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCTGGGGGTTGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAACCCGCTGTGTGATTATCCCTCAAC‑TATGGCACcgcg > 2:1650140/1‑287 (MQ=255)
cTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGAt > 1:440375/1‑264 (MQ=255)
cTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATGGCACCGCGtt > 1:417306/1‑289 (MQ=255)
cTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACCCCACTCAGCTTGCCACCCCGCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTACACCGCTCTGTGCTTATCTCTCAAC‑GATGGCACCGAGtt > 2:147790/1‑289 (MQ=255)
tGCCGGTTAATCATATGTGTGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATGGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATGGCACcgcg < 1:1859863/286‑1 (MQ=255)
gCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATGGCACCGCGtttt > 2:584679/1‑289 (MQ=255)
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atGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCa > 1:201011/1‑289 (MQ=255)
tgtgGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATGGCACCGCGTTTTatcatc > 1:758315/1‑281 (MQ=255)
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aaTTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTTGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTTGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCTCAAC‑GATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGat < 1:1904525/289‑1 (MQ=255)
|||
TATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACG‑CCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTAC‑GATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGAT > CP042583/761924‑762485
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A