Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
798,863 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 798,863 | 0 | A | T | 99.5%
| 467.2
/ NA
| 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (94/102); minor base G (0/1); total (94/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 798,864 | 0 | G | C | 99.5%
| 463.4
/ NA
| 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (94/102); minor base A (0/1); total (94/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 798,865 | 0 | T | A | 99.5%
| 463.1
/ NA
| 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (94/101); minor base G (0/1); total (94/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
ATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATG > CP042583/798597‑799141
|||
ctGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCg < 2:470906/288‑1 (MQ=255)
ggCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCgtg < 1:561215/289‑1 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 1:1218666/289‑1 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 1:1791036/289‑1 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 1:1876233/289‑1 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAAAGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 1:1005696/289‑1 (MQ=255)
aaaCCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCa < 1:1198845/289‑1 (MQ=255)
aCCGACGGCGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGGTGACACCGCCGCCGGGCGAATGGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaaa < 2:752489/289‑1 (MQ=255)
aCCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaaa < 1:472763/289‑1 (MQ=255)
cgacgaCGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAAcc < 1:1573219/289‑1 (MQ=255)
cgacgaCGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAAcc < 1:904256/289‑1 (MQ=255)
cgacgCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTa < 1:1303718/289‑1 (MQ=255)
cgacgCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTa > 1:359925/1‑289 (MQ=255)
acgCCGCTGCCTTCGCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGGGAATTGGAGCCGTTAGAGACCTTTTCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGAGGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTAGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATg < 2:397003/289‑1 (MQ=255)
ctgctatGCCTGCTCGGGAGTTGCTGGCACCGCCACCGAGCGAGGGGGGGCCGGTAGATGCCTTGCCGCTTGAACAAATGGGTCGCCTGGTGGAGACGCATCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATATCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGTTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATg < 2:1165040/282‑1 (MQ=255)
tgatGCCTGCTCTGGATTGGCGGAGACGACCGCAGAGCGCAGTGTAGCCGGTAAGTACCTTGTCGCTTGAACCAATGGCTCGCCTGGTGGAAGGTCGTCTGGCTGTTTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAgg < 2:1020184/286‑1 (MQ=255)
cTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTc < 1:1370704/289‑1 (MQ=255)
tctGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGTAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAATTGGCACGCCTGGTGGCAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAACCGATGTCGTCAATTAATCTCCGGTGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACATGGCCCATGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTTTCATGGGACCTTGCACGTTCACTGTCGACGGTGGCGGCGCGTGTCGTTGACGTTATTCCGGGCAACTCCTATGTGGGGCTGGAGtt > 2:1250792/1‑288 (MQ=255)
tttGCTTACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTTATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGaa < 1:1554654/288‑1 (MQ=255)
gCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaaa > 1:746097/1‑259 (MQ=255)
cccgccgccgAGCGAAGTGGGGCCTGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGa < 1:1278701/288‑1 (MQ=255)
cgccgccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAGACGACa < 1:1735426/289‑1 (MQ=255)
cgccgccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa < 1:735262/289‑1 (MQ=255)
cgccgAGCGAAGTGGGGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACGCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACaaa < 1:225584/288‑1 (MQ=255)
ggAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTgcg < 1:1652911/288‑1 (MQ=255)
aGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGcgcg < 2:1317214/288‑1 (MQ=255)
aGCAGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGCGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGGATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCGCCGGGGCCGGTTATCAACGGCTTTGAATTGAACCTGACACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTATCTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCGCTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCATACGCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAGAACGACAAACTGTTTATCTGcgcg < 1:1117843/288‑1 (MQ=255)
gCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGaa > 1:1625619/1‑289 (MQ=255)
ccGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATaaa < 1:1488340/261‑1 (MQ=255)
ccGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATaaa > 2:1488340/1‑261 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTTATGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGttt > 2:1646147/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGttt > 1:32591/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTACCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAACAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCTGTTCACTTTCGACGGTGACGGTGCGTGTCGTTGATGTTATTCCTGGCAAACCCTGTGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAACAAAGGACAAACCGTTCATCTGCCCGAGGttt > 2:1731051/1‑289 (MQ=255)
aGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTg > 1:779803/1‑289 (MQ=255)
aGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGGTACCGAATAAAAAACGAAAAACCGTTTACCTGCGCGAAGTTTTg > 2:270024/1‑289 (MQ=255)
ttGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCTGCCCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGCCGTTGAAGTTATTCCCGGCAACCCCCATGTAGGGCGTGAGTTACCTAATACAAAACGAAAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTGTTGGCTAACg > 2:1721894/1‑288 (MQ=255)
ttGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGtt < 2:1881389/278‑1 (MQ=255)
ttGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGtt > 1:1881389/1‑278 (MQ=255)
ttGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGGTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTATCGAATAAAAAACGACAACCCGTTTAACTTCGCGAAGTTTTTGACAACg > 2:343609/1‑288 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTTGATAACGcc > 1:253500/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 2:649032/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 2:1911957/1‑289 (MQ=255)
gcgcTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCa < 1:1545376/289‑1 (MQ=255)
gAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTcc > 1:1144561/1‑289 (MQ=255)
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tggAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCgtcgccatt > 1:1873785/1‑281 (MQ=255)
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ccTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATg < 1:1844091/289‑1 (MQ=255)
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ATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATG > CP042583/798597‑799141
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A