Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
820,649 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 820,649 | 0 | A | T | 100.0%
| 565.3
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (133/106); total (133/106) |
| * | CP042583 | 820,650 | 0 | G | C | 99.6%
| 558.4
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (133/104); total (133/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 820,651 | 0 | C | G | 100.0%
| 567.5
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (133/106); total (133/106) |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GCTAATAATCCGAGAGATTCTTTTGTGTGATGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGAGCGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGTTTGCTGCGGTACCGCTGAATATTCTCGGTGATAAAACCACCGCAGATTATGTTGATGCCGGTTACTGGGCGGCAAGTGCCATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGT > CP042583/820370‑820927
|||
gCTAATAATCCGGAAGATTCTTTTGTGTGATGCAAGCAACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATgg < 1:1055386/289‑1 (MQ=255)
gtgATGCACGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCACTTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGTGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGCGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAAAGttc > 2:841373/1‑289 (MQ=255)
gATGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGttcat > 1:1819843/1‑289 (MQ=255)
tGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGttcatt > 2:250476/1‑288 (MQ=255)
gCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGttcattca < 1:221073/289‑1 (MQ=255)
cTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTcgc > 2:1128581/1‑289 (MQ=255)
cTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGAATTTcgc > 2:1155014/1‑289 (MQ=255)
tgaTTGCGAATTGTGTCAATGAATGATAAAACCGATGGGCACAAGAATAAAGTATGACCTGTGGTCGCATGCGATTAACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTcgcg < 2:95583/287‑1 (MQ=255)
tCATTGCGATGTTTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACATGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTcgcg < 1:1526809/289‑1 (MQ=255)
ttGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAATCCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGAtc < 1:1706581/289‑1 (MQ=255)
gCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGAtctt < 1:1128581/289‑1 (MQ=255)
tgtCACTGGAAGATAAAACCGAGAGCCAAAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCAATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATg < 2:684981/288‑1 (MQ=255)
tgtCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGGAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAg > 1:987901/1‑258 (MQ=255)
gtCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAACGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGt > 2:15295/1‑288 (MQ=255)
tCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTcc < 1:877708/289‑1 (MQ=255)
aaTGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCa > 2:699126/1‑289 (MQ=255)
aaTGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCa > 1:3939/1‑289 (MQ=255)
aaTGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCGTAATGTACCCTCCa > 2:945594/1‑289 (MQ=255)
aTAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGAAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCGCTCCAACt > 1:889443/1‑288 (MQ=255)
tAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTa < 2:270507/288‑1 (MQ=255)
aaaaCCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACa < 1:1778463/289‑1 (MQ=255)
aaaaCCGATAGCCAAAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACa < 1:1584818/289‑1 (MQ=255)
aataatGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGaa < 2:1518929/233‑1 (MQ=255)
aataatGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGaa > 1:1518929/1‑233 (MQ=255)
ataatGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATg > 1:250343/1‑288 (MQ=255)
atGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCgg > 1:266816/1‑289 (MQ=255)
tATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCggtgg > 1:1216703/1‑289 (MQ=255)
ttACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTccc < 1:1024708/251‑1 (MQ=255)
ttACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTcc > 2:1559827/1‑250 (MQ=255)
ttACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTc > 2:1468342/1‑289 (MQ=255)
ttACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTc > 1:517681/1‑289 (MQ=255)
tggcgcagCAACCGATTGACCGCGGGTTAATGGCAAAGGAAAGTGTGGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTAGATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGGGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGt < 2:1070116/282‑1 (MQ=255)
gtgGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTc > 2:212139/1‑289 (MQ=255)
gtgGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTc > 1:1392443/1‑289 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACa < 1:581672/254‑1 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTc > 2:621217/1‑265 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTc < 1:621217/265‑1 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAg > 1:964510/1‑289 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAg > 1:1001125/1‑289 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAg > 2:1648430/1‑289 (MQ=255)
ggTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAg > 2:579592/1‑289 (MQ=255)
cGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAttt < 2:320662/288‑1 (MQ=255)
cGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGtt < 1:1266869/288‑1 (MQ=255)
cGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGtt < 1:117794/288‑1 (MQ=255)
cAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGTTtgc < 2:1229158/289‑1 (MQ=255)
aTCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCgg < 1:454228/278‑1 (MQ=255)
aTTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGTTTGCTGCGGt > 2:1763058/1‑289 (MQ=255)
ccGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGTTTGCTGCGGTAcc > 1:1368655/1‑287 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
