Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,459,378 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,459,378 | 0 | A | T | 99.3%
| 675.0
/ ‑3.2
| 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (126/159); minor base C (1/1); total (128/161) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
| * | CP042583 | 1,459,379 | 0 | G | C | 99.7%
| 686.1
/ NA
| 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (128/160); total (128/161) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,459,380 | 0 | T | A | 99.7%
| 692.7
/ NA
| 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/161); minor base C (1/0); total (128/161) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GGTTTTGTCCTGCCTGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCG > CP042583/1459104‑1459657
|||
tGTCCTGCCTGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGc > 1:763380/1‑289 (MQ=255)
tGTCCTGCATGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATATTGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGTTAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGc < 1:988734/289‑1 (MQ=255)
gcctgAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCAttttt > 2:336920/1‑289 (MQ=255)
aGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTa > 1:385816/1‑288 (MQ=255)
aGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTa > 1:1465958/1‑288 (MQ=255)
cTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAATAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCGGGAAGAGTATTTGCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCaa < 1:417785/287‑1 (MQ=255)
cTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACg > 2:833997/1‑289 (MQ=255)
aTTAACATGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCAAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 2:961457/289‑1 (MQ=255)
aTTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 2:1271122/289‑1 (MQ=255)
aTTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 1:652252/289‑1 (MQ=255)
aTTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 1:874213/289‑1 (MQ=255)
aTTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 2:641972/289‑1 (MQ=255)
aaCAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAAt < 1:1369708/289‑1 (MQ=255)
ggAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTAt > 2:273171/1‑289 (MQ=255)
ggAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTAt > 1:1253327/1‑289 (MQ=255)
gTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTc > 2:1074070/1‑288 (MQ=255)
gTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTc < 1:333569/288‑1 (MQ=255)
tataATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTcac > 2:650607/1‑289 (MQ=255)
tataATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTca < 2:668935/288‑1 (MQ=255)
atgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATgc > 2:621426/1‑289 (MQ=255)
tgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATgc > 1:1022726/1‑288 (MQ=255)
tgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATgc > 2:1333792/1‑288 (MQ=255)
tgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATgc > 1:158675/1‑288 (MQ=255)
tttttCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGt < 1:1739050/289‑1 (MQ=255)
ttCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGttt > 2:956066/1‑288 (MQ=255)
ttCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTc > 2:742344/1‑289 (MQ=255)
cTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAATAGTATTTCCGCACCTTCGATCAAAACGGTACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCgg < 1:1228900/289‑1 (MQ=255)
aaCTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCCCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGGATTCACAGAATGCGCCggttcggttcg > 1:1858347/1‑288 (MQ=255)
agacaagacacgactgctgTCCAGTACTCGCGAACTGCTTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCag < 2:1022726/274‑1 (MQ=255)
agaacaagaacTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCagag < 2:1610522/289‑1 (MQ=255)
tgctgctgGCCATTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTaa < 1:69812/289‑1 (MQ=255)
gctgctgGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTaaa > 1:1324307/1‑289 (MQ=255)
ggCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGTTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGGAAAACGGCa > 1:176893/1‑289 (MQ=255)
ggCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCa > 1:479908/1‑289 (MQ=255)
gCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCag > 1:593485/1‑289 (MQ=255)
aTTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATAAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCagagag < 2:479908/287‑1 (MQ=255)
tCGCGAACTGATTACGACTAACTGTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCAcc < 2:140214/289‑1 (MQ=255)
gcgAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTca > 1:547732/1‑232 (MQ=255)
cTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAACATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATTTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTTCAGAGCCGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGaa > 2:1126820/1‑288 (MQ=255)
cTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGGGTCAAAATTCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTAATCCCAATAAGCGCCGCTCCGGTTCTGCAGATCAGCTAACTAAAACGGCAACGAGCACCATGGcaa > 2:301853/1‑289 (MQ=255)
gACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGAt < 1:1333792/289‑1 (MQ=255)
aCTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 1:1706712/208‑1 (MQ=255)
aCTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc > 2:1706712/1‑208 (MQ=255)
aCTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGAt < 1:1830029/284‑1 (MQ=255)
aCTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGAt > 2:1830029/1‑284 (MQ=255)
aCTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCg > 1:269967/1‑288 (MQ=255)
tATTTCCGCACCTTCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCg < 2:1465958/288‑1 (MQ=255)
ttCCGCACCTGCGATCAAAACGGGAAATATCCGCGTGAGTTTAGGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGa < 2:1542951/289‑1 (MQ=255)
aCCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACAAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCATATGCACTGGCGTTGGCGGaa > 1:1083942/1‑288 (MQ=255)
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aTCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTGGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATTCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCATCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAAAGGGTGATCCCGCCTATGCCCAGGCGGTGACGGAACAAGGTg > 2:1437461/1‑288 (MQ=255)
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gATGGAAGTGTCAAAATGTGGTGCTCCGGAATTTTTAATAACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCCGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAGCCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGgcgcg < 2:1620044/288‑1 (MQ=255)
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GGTTTTGTCCTGCCTGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCG > CP042583/1459104‑1459657
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
