Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
623,868 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 623,868 | 0 | A | T | 98.9%
| 664.0
/ ‑5.4
| 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (144/137); minor base G (0/3); total (144/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 623,869 | 0 | G | C | 99.7%
| 659.6
/ NA
| 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (144/140); total (144/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 623,870 | 0 | C | G | 99.7%
| 676.1
/ NA
| 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (144/140); minor base T (0/1); total (144/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CGCAGTTCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGAGCCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGTGTTCTGGTAAGGTTTATTACGACCTGCTGGAACAGCGTCGTAAGAACAATCAACACGATGTCGCCATTGTGCGTATCGAGCAACTCTACCCGTTCCCGCATAAAGCGATGCAGGAAGTGTTGCAGCAGTTTGCTCACGTCAAGGATTTTGTC > CP042583/623590‑624149
|||
cgcAGTTCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAAt > 1:336609/1‑288 (MQ=255)
ttCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGCTGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAACTCCct > 1:1684438/1‑287 (MQ=255)
ttCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCct > 1:366105/1‑287 (MQ=255)
tGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCCCAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTTCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTCATGTCGCCGGAATCCctgctggc > 2:1063622/1‑286 (MQ=255)
aaCGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTgg < 1:1063622/289‑1 (MQ=255)
gTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGt > 1:778716/1‑289 (MQ=255)
gtggtTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCTAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGc > 1:273498/1‑288 (MQ=255)
tATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGCGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGTGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCACCTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGGCAGGCGCTGCGCGGGATGCGCCTTCCGCTGGTTCTGATGTCGCCGTAACCCCTTCTGCCGCACCCGCTGGCGGTCTCCAGCCTCgaa > 2:1626716/1‑289 (MQ=255)
aCCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGCTGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCgaaga > 2:1160948/1‑286 (MQ=255)
aCCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCgaag < 1:1284106/285‑1 (MQ=255)
aCCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCgaag > 2:1284106/1‑285 (MQ=255)
aGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGCCGTGATGTCGCCGAAACTCCTGCTGCGTCCTCCGCCGGCGGGTTCCATCCTctcagcacctg > 2:1598753/1‑278 (MQ=255)
gTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCg > 1:1731662/1‑289 (MQ=255)
cGAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCGCCGTCATCCGCTGGTGGTTTCCAGCCTCGCAGCACGGGCGAACGGCACCTTCCt > 2:4884/1‑288 (MQ=255)
gAACAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAACTCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCTTCGAAGAATTGGCGAACGGCACCTTCCTg > 1:1051415/1‑288 (MQ=255)
cAGAAATGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGGCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCCCGAAGAACCGGCGCACGGCACCTTCCTgcca > 2:1018208/1‑288 (MQ=255)
aaTGGGGCCGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTgccagcc < 1:1844116/287‑1 (MQ=255)
ccGGATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGaa > 1:110510/1‑289 (MQ=255)
ggATGTGTGGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGaaa > 1:589768/1‑288 (MQ=255)
tgtgtgGTCTGGTGATGTTGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATcga < 1:1158935/289‑1 (MQ=255)
ttGCTGCCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAgg > 1:1269553/1‑289 (MQ=255)
tgcCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATTTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGCTTCCACTCTCGAAGAACGCGCTAAGGGCCGCTTCCTGCCCGCCATCGGTGAAATCGCCGATCTTGAGCCGATGGGCGt > 2:1143396/1‑289 (MQ=255)
gcCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCCGCCCTCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAGGGGCGTg > 2:429428/1‑289 (MQ=255)
gcCGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTg > 1:1360645/1‑289 (MQ=255)
ccGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTg < 2:1269553/288‑1 (MQ=255)
cggccGGTGACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCACCGCGCGTCTGGAACGTTCTCGGCAACTTGGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTCCCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGaa < 2:199233/285‑1 (MQ=255)
cGCACGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGaa < 2:260820/289‑1 (MQ=255)
aCGGTTGCGAAGGGAAGTGGCCGGGGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTGCCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGaa < 2:217853/286‑1 (MQ=255)
aCGGTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAgc < 1:893432/288‑1 (MQ=255)
ggTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGcgcg < 1:1320798/289‑1 (MQ=255)
ggTTACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGcgcg < 1:1214608/289‑1 (MQ=255)
tACGAAGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTa < 2:366105/288‑1 (MQ=255)
aGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGAt < 1:923838/288‑1 (MQ=255)
aGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGAt < 1:1598753/288‑1 (MQ=255)
aGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGAt < 1:1455726/288‑1 (MQ=255)
aGGGCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGAt < 1:1301651/288‑1 (MQ=255)
ggCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGAtgtg > 1:1171136/1‑289 (MQ=255)
gCAGGGGCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTTCCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCATCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGAtgtg < 2:240188/288‑1 (MQ=255)
ggggCCGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGc > 1:986176/1‑251 (MQ=255)
ccGGAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGTGTTCTGGt < 1:465675/288‑1 (MQ=255)
cGGAGCACTCCTCCGCGCATCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGTGTTCTGGTa < 1:1900896/288‑1 (MQ=255)
ggAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGTGGTGAAGCGCGTAGTGATGGTTTTCGGTAAg > 2:1052386/1‑289 (MQ=255)
ggAGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGTGTTCTGGTAAg > 2:1692298/1‑289 (MQ=255)
aGCACTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCCCCTTCCTGCCAGCCATCGGGGAAATCGACGAGCTTGAACCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGGGTTGTGGTAAGGt > 2:1439434/1‑289 (MQ=255)
gacgccctccGTGCGTCTGAAACTTTATCGGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGTTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGTGTTCTGGTAAGGt < 2:49560/283‑1 (MQ=255)
gcgcggttcggtaaCGGTCTCTGCACCTTTGTGCGGGTCGAGTGATGCATGTTGGCGTACCGGCGTCCGCGGGACCGGGTTGCCACATGGTGGCTCGGCAGGCGGTGGGCGGGTTGCGTCGTCCGGTGGTCGTGATGGCGCCGAAGTCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGGAGAACTGGCGAACGGCGCCTTCCGGCCAGCCAGCGGTGAAAGCGGCGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGAGCGTAGTGATGTGTTCTGGTAAGGTTTATTACGa < 2:1004630/277‑1 (MQ=255)
ccGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTTCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCGTCCGCTGGTCGTGATGTCGCCGAAATCCCTGCTGCGTCATCCGCTGGCGGTTTCCAGCCTCGAAGAACTGGCGAACGGCACCTTCCTGCCAGCCATCGGTGAAATCGACGAGCTTGATCCGAAGGGCGTGAAGCGCGTAGTGATGTGTTCTGGTAAGGTTTATTACGa < 1:1005047/289‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A