Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
641,165 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 641,165 | 0 | A | T | 98.9%
| 640.5
/ NA
| 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/134); minor base G (1/2); total (138/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 641,166 | 0 | G | C | 99.3%
| 637.9
/ NA
| 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/136); minor base A (1/1); total (138/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 641,167 | 0 | T | A | 99.3%
| 647.0
/ NA
| 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/136); minor base C (1/1); total (138/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATAC > CP042583/640888‑641445
|||
tCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCCCCGCAGcc > 2:1711543/1‑288 (MQ=255)
gATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGtct > 1:865222/1‑288 (MQ=255)
gATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTACGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGtcg > 1:134096/1‑287 (MQ=255)
tCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGGAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCg < 1:420428/288‑1 (MQ=255)
tCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCg < 1:1737867/288‑1 (MQ=255)
tCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCg < 1:87892/288‑1 (MQ=255)
tGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCGCCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGAAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTggtcacca < 2:1393055/289‑7 (MQ=255)
tGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTggtcacc > 2:1263592/1‑283 (MQ=255)
gTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACACAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTAGTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTCTCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGGCGTTCCCCGTTCACCGACGCCGCTGATTTCGCCGGCGTgtgcaccac > 2:846653/1‑281 (MQ=255)
ttGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTATAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTggtcaccaga < 1:547097/289‑9 (MQ=255)
ttGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTggtcaccaga < 2:1014047/289‑9 (MQ=255)
tGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTggtcaccaga < 1:744145/288‑9 (MQ=255)
tATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACGGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGtt < 2:1140160/289‑1 (MQ=255)
aCTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTaaa < 2:424988/289‑1 (MQ=255)
cTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAAc < 1:382220/289‑1 (MQ=255)
tgttgACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCg < 2:736707/265‑1 (MQ=255)
gttgACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTg > 1:1090021/1‑288 (MQ=255)
gcggcgCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGCCGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTTGTCCCCAGACGGTGCTAAACGGGCTTAggtta > 2:1549219/1‑286 (MQ=255)
cACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGa > 1:772248/1‑289 (MQ=255)
tgtactTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTTCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCCGATGTCTCCGGCGTGGTCACCCGACGGTTCTAAACTGGCCTATGTTACCTTCGAAAGCGGTCGt > 2:365798/1‑289 (MQ=255)
tgtactTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGt > 2:1182686/1‑239 (MQ=255)
gtactTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTACAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTTAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACTGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCCCAACCGCTGATATCTCCCGCGTGGTCACCAGACCGTTCTAAACTGGCTTATTTGTCCTTCGAAAGCGGTCGtt > 2:1633119/1‑289 (MQ=255)
tactTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGtt > 1:484471/1‑288 (MQ=255)
ttGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCcgc > 1:1051150/1‑289 (MQ=255)
ttGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCcg > 2:1690286/1‑288 (MQ=255)
ttGCTAAGAACTCGTACAAAGTGAACTAGCAGGGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCcgc < 2:780106/289‑1 (MQ=255)
gtGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCcgc < 1:577834/288‑1 (MQ=255)
gCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCcgc > 1:715998/1‑287 (MQ=255)
cagaactcgtACAAAGTGAACCAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTgg < 1:479124/280‑1 (MQ=255)
cagaactcgtACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCCGAGGTCTCCGGCGGTGTCACCCGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGTGGTTCTTCCGCGCttg > 2:1765693/10‑287 (MQ=255)
gaactcgtACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGtt > 2:619260/8‑289 (MQ=255)
gaactcgtACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGtt > 2:1064427/8‑289 (MQ=255)
gtACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAg > 1:1905340/2‑289 (MQ=255)
gtACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTCCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGCCGTTCCGCGCTGGTTATTCAg > 1:761555/2‑289 (MQ=255)
gcaCAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTAtgtg > 2:710192/3‑253 (MQ=255)
gcaCAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTAtgtg < 1:710192/251‑1 (MQ=255)
aCAAGGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGa < 1:1569515/288‑1 (MQ=255)
aCAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGa < 1:1600701/288‑1 (MQ=255)
aaGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGAc > 1:736624/1‑286 (MQ=255)
aCAAGCAGTGGCTGCGTTAGGCTGGTCATACCGCCAGTGATGCAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTAATCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCaaa < 2:444195/289‑1 (MQ=255)
gCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTgg > 1:440740/1‑230 (MQ=255)
gTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTACACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCGTGCAAAAGgc > 2:1191821/1‑286 (MQ=255)
gTGGCTGCGTTATGCTGGTAATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAAAGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCAACGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGATCTAAAATGGCTTATGTGAACTTAGAAACCGGCCGTTCCGCGTTGGTTAATCAGACGCTGGCAAATGgcgtg > 1:1707823/1‑287 (MQ=255)
ggCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGgcgc < 2:174098/286‑1 (MQ=255)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTggtcaccaga > 2:771549/1‑198 (MQ=255)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTc > 1:531923/1‑289 (MQ=255)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCAACGCAGCCGCTGATGTCCCCGGCGTGGGCACCAGACGGTTCTAAACTGGCCTATGTGACCTTCGAAAGGGGTCGTTCCGCGCTGGTTCTTCAGCCGCTGGCAAAAGGCCCTCTACGt > 2:297642/1‑288 (MQ=255)
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tCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATac < 2:911583/288‑1 (MQ=255)
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TCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATAC > CP042583/640888‑641445
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
