Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
654,623 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 654,623 | 0 | G | C | 99.7%
| 700.3
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/172); minor base A (1/0); total (123/172) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 654,624 | 0 | C | G | 100.0%
| 691.0
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (123/172); total (123/172) |
| * | CP042583 | 654,625 | 0 | T | A | 99.3%
| 683.5
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/170); minor base G (0/2); total (123/172) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CAACCGGGTTGAAGTAGCGCAGCAGGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACGCTTTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCTTACTGTTACAGAGGTTATCAAGAATGATGACATCATGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCAT > CP042583/654346‑654901
|||
aCCGGGTTGAAGTAGCGCAGCAGGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACg > 1:29421/1‑288 (MQ=255)
gTTGAAGTAGCGCAGCAGGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCttt < 1:568216/288‑1 (MQ=255)
cgcAGCAGGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGa > 1:1203730/1‑289 (MQ=255)
cagGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTgg > 2:380436/1‑289 (MQ=255)
cagGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTg < 2:656652/288‑1 (MQ=255)
gaTGATCCAGTCCGGCAGGGCTTTTTGCAAATCGATGAGGTTATGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTGTGCGGGGGGCCGGACGGGAAGCTTTCTACGTAGAGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGAAGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTGGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑g < 2:1597528/288‑1 (MQ=255)
aTGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGGTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑gg < 2:410798/289‑1 (MQ=255)
gCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCCCCATCAGCTTGCTTGTGCCGTAAGGGCTTTGCGGGGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑gg < 2:597780/287‑1 (MQ=255)
cAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGa > 1:1575830/1‑289 (MQ=255)
cAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCCGATCGCCATCAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTAACGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGCCGAAGTGGATccgtctttcat > 2:512435/1‑279 (MQ=255)
gCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTg > 1:9555/1‑289 (MQ=255)
cTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGa > 1:770735/1‑289 (MQ=255)
gtttttGCAGATCGGGGGGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTg < 2:1783304/288‑1 (MQ=255)
ggtCGGTGAGGTTCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGACGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGATTTCAACGTGTGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGAtct < 2:1148827/286‑1 (MQ=255)
gATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGAGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTTTTGTCGTAATATTTCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAG‑GGCGTCGATAGCGTTCTCGCGCAGGAtccc > 2:1542038/1‑287 (MQ=255)
tCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGAtct < 1:1623267/286‑1 (MQ=255)
aTCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGAACACGGGTGCGGAT‑GCGTTAACGTGCAGGAACTCCGTCATCAAc > 2:485323/1‑288 (MQ=255)
ccaTCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTAACGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGGACAC‑GGTTTCGATAGCGTGCTCGTGTATGAGCTCGGTCATCAACGCTTCGTTAc > 1:1648400/1‑288 (MQ=255)
aGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTAAGCCCGGCGAAGTGGAGCAC‑GGTGGCGATAGCGTGATCGTGCAGGAGCCCGGCAATCAACGCTTCGTTACGaaaa > 2:21086/1‑286 (MQ=255)
tgcttTTGCCGTAAGGGCTTTGCCGTCTGCCGGTAGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTGAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGcc < 2:836983/289‑1 (MQ=255)
gcttTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCt < 1:687464/289‑1 (MQ=255)
ttGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTcaa < 1:998122/289‑1 (MQ=255)
tGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTcaac < 1:583887/289‑1 (MQ=255)
cggaaGGGCTTTGCGGGGTGCCGGTCGGGAATGTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTcaacaa < 2:757726/285‑1 (MQ=255)
cGTAAGGGCGTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCAGAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTcaacaa < 1:924112/288‑1 (MQ=255)
gtgCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGa < 1:642525/219‑1 (MQ=255)
tgCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGa < 1:309409/218‑1 (MQ=255)
ccGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCt < 1:1397998/288‑1 (MQ=255)
gggAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCt < 1:1469019/289‑1 (MQ=255)
gggAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCt < 1:1305609/289‑1 (MQ=255)
ggAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCt < 1:485323/288‑1 (MQ=255)
gAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATATCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCACCGCCTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAACCGGTGGATGTTGTCAGCCTAAACGCTCg > 2:1423448/1‑289 (MQ=255)
gAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTTGAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATAACGCCTTCCACAACCGTTGGCTGGTTTCCGCCTAAAccgac > 2:1741511/1‑284 (MQ=255)
gAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTTCAGGATCTCGGGCATCAACGCGTCGTTACGAATATCGCCTTCCACAAACGGTGGATGTTTGCCGCCTAAAGGCTCg > 2:786096/1‑289 (MQ=255)
gAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCCACAAACGTTGGATGGTTGCCGGCTAAACGCTCg > 1:1552872/1‑289 (MQ=255)
aaGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCg < 1:374521/288‑1 (MQ=255)
atttcgatgtgaggAATTTTGGGCGTAGCGCCAGAGCCGGTGGCGGAGGACATAAAAATAAGGTTTTTGACGGTAGCGGCGGGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGGGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGAt < 2:523549/275‑1 (MQ=255)
ttCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCCCCTTCAACCAACGTTTGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACa > 2:1573132/1‑289 (MQ=255)
aCGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATGAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCa < 2:573048/289‑1 (MQ=255)
gAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGc < 2:533178/288‑1 (MQ=255)
gAATTTGGGGGTGATAGCTATAAAATGTGTCTGAGGGGCTACAAATAAAGTTTCTGACGTTACCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCCGAGTGCAGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGCTAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTATACGCTCGATAACAGGCAGTACGc < 2:525669/288‑1 (MQ=255)
ttGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGTAGCTAAAAATAAAGTTTTTTACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCATC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑TGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCt < 1:1916320/289‑1 (MQ=255)
ttGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCt < 2:811890/289‑1 (MQ=255)
ttGGGCGGATCGCCATAAACGGTGGAGGAGGAGCTAATAATAAAGTTTTTGACTTTAGAGGCGCGCATGGAGCTAATCAGTCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCt < 1:1676556/289‑1 (MQ=255)
tGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCtt > 1:1759934/1‑289 (MQ=255)
gggCTGATCGCCATGAACGTGGGCGGAGGAGGTAAGAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGGGCCTGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCTTa < 2:1110950/289‑1 (MQ=255)
gcgtaTCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTGTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GTTTTTTGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCTTAc < 2:265951/284‑1 (MQ=255)
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tttttGTACCGATTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCATGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCTTACTGTTACAGAGGTTATCAAGAATGATGACATCATGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCAt < 1:457386/288‑1 (MQ=255)
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CAACCGGGTTGAAGTAGCGCAGCAGGGCAATGCTCCAGTCCGGCTGGGCTTTTTGCAGATCGGTGAGGATCTGTTCCACCATCAGCTTGCTTTTGCCGTAAGGGCTTTGCGGTGTGCCGGTCGGGAAGCTTTCAACGTATGGAATTTTGGGCTGATCGCCATAAACGGTGGCGGAGGAGCTAAAAATAAAGTTTTTGACGTTAGCGGCGCGCATGGCGCTAATCAGGCGCAGAGTGCCGTTGACATTGTTGTCGTAATATTCCAGC‑GGTTTTTGTACGCTTTCGCCCACGGCTTTCAGCCCGGCGAAGTGGATCAC‑GGTGTCGATAGCGTGATCGTGCAGGATCTCGGTCATCAACGCTTCGTTACGAATATCGCCTTCAACAAACGTTGGATGTTTGCCGCCTAAACGCTCGATAACAGGCAGTACGCTGCGCTTACTGTTACAGAGGTTATCAAGAATGATGACATCATGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCAT > CP042583/654346‑654901
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A