Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
677,467 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 677,467 | 0 | A | T | 99.5%
| 490.5
/ NA
| 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (107/104); total (108/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 677,468 | 0 | G | C | 99.5%
| 497.0
/ NA
| 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (107/105); total (108/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 677,469 | 0 | T | A | 99.1%
| 492.9
/ NA
| 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (105/105); minor base G (1/1); total (108/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
AAACAACAAACTGCTGGAAGAGCAGCGGCTGACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTAGCGGGATTGAAAACTACAGCCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCAAGTGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTAGCGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTAGCGAGATTCGTCAGCGAGCGGCAATTAACGAACGCGTACTGGTCACCACACTGACCAAGCGGATGGCGGAAGATCTTA > CP042583/677187‑677746
|||
aaaCAACAAACTGCTGGAAGAGCAGCGGCTGACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTg > 2:957520/1‑289 (MQ=255)
ctgGAAGAGCAGCGGCTGACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTcc > 1:1787642/1‑287 (MQ=255)
ggAAGAGCAGCGGCTGACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCt < 2:1454898/288‑1 (MQ=255)
gcagcGGCTGACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCAATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTaatgtt > 1:682210/1‑285 (MQ=255)
agcGGCTGACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATAAGCGCGTGATAACCGTCCGCTTAAGtcgga > 2:307223/1‑285 (MQ=255)
gACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTACAGAGACACTGGTGGAGGACGGCCTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTGTGAAGAGTTc > 2:1103035/1‑289 (MQ=255)
gACCCAGCGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTc < 1:97100/289‑1 (MQ=255)
gACCCAGCGTACCCAGTTGGATCTGGAGAGGATGAACGAGCTGGGTTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTc < 2:1511598/289‑1 (MQ=255)
cGTACCCAGTTTGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCTGGCCACCTGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAGCTTTGAAGAGCTCGAAGCAt > 2:928654/1‑289 (MQ=255)
tttGCTCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACGGTTCGGGGACTGAACACTACTCGCGCTTCCTCCCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCAACCGCCGACGCCGTTT‑GATTACATGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGCTGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCAGGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGGGACCCTGGTGGACTCCGGCTTCCGCCTGCCATCAGCCCTGGAGAACCGTCCGCTCAATTTTGAGGAGTGCGAAGCactcggcctg > 2:1684120/1‑279 (MQ=255)
tttGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTTGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTACAGATACCCTGGTGGAGTACGGCTGCCGCCTGCCCTCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTCAGAAGCATTAGccccg > 2:1335641/1‑288 (MQ=255)
tttGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGcgccg < 1:1449680/288‑1 (MQ=255)
ttGATCTGGAGATGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCa < 1:1689029/289‑1 (MQ=255)
tgtatatGGAGATGCTGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAACCAACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTCAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCa < 2:485873/283‑1 (MQ=255)
gATCTGGAGATGATGAACGAGTTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAACACTCCTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGGGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTCCCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCaaa < 1:1629644/289‑1 (MQ=255)
agaTGATGAACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCAtata > 1:756709/1‑289 (MQ=255)
gatgaACGAGCTGGGCTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACTGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAACCCGTCTATGtt > 2:823577/1‑289 (MQ=255)
cTACTGTTCGGGGATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCggg < 1:1668552/288‑1 (MQ=255)
ggtcggggATTGAAAACTCTTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGGGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTa < 2:651473/284‑1 (MQ=255)
cggggATTGAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGGAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCGATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGa > 2:769844/3‑289 (MQ=255)
gggATTGAAAACTAGTCGGGCTTCCTCTCCGGTCTTGGACCGGGTGGGCCTCCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGTTGGGGTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCAGAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCGGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCGTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAg < 2:1435472/288‑1 (MQ=255)
gAAAACTACTCGCGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGGCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGaaa > 1:554512/1‑289 (MQ=255)
actactcgcGCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATc < 1:884103/281‑1 (MQ=255)
gCTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGgcggcg < 1:1930930/288‑1 (MQ=255)
ccTTCCTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGa < 1:630127/288‑1 (MQ=255)
ccTTCCCCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGCCGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGa < 1:725084/288‑1 (MQ=255)
ttCCTTTCCGGTCGGGGACCGGGGGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtg < 2:807755/289‑1 (MQ=255)
ccTCTGCGGCCGGGGACCGGGTGCGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCGGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATGGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt‑g < 2:429211/289‑1 (MQ=255)
ccTCTCCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt‑g < 1:545569/289‑1 (MQ=255)
ccTCTCCGGGCGGGGCCCGGTTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt‑g < 2:6977/289‑1 (MQ=255)
ccTCGCCGGTCGTGGACCGGATGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATGACCTGCTGGCCGTTGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCCCCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt‑g < 2:1798736/289‑1 (MQ=255)
tctgCGGTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATgt‑ggt < 1:398809/289‑1 (MQ=255)
gTCGTGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTACAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCCATTTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATACGGCGGCGATGG‑GGTGGACCa > 2:556475/1‑289 (MQ=255)
tGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGtt < 1:1067971/198‑1 (MQ=255)
tGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGtt > 2:1067971/1‑198 (MQ=255)
tGGACCGGGTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCCTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCCATGTTTCGGCGACGCCGGGTAACTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGGCAAGt‑ggtggcgccggtg > 2:1585750/1‑281 (MQ=255)
ggTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCTCCGCAACCCATCTATGTTTCGGCGACCCCGGGTAATTACGAGCTGCAAAAACCCGTCGG‑GGTGTGGGTGGATCAGGGGGGGCGt > 2:1559396/1‑288 (MQ=255)
ggTGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCcgg < 2:1681155/260‑1 (MQ=255)
tGAGCCACCGCCGACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTcc < 2:473877/288‑1 (MQ=255)
gaccAGCGCCG‑CGCTTTTTGGATTACCTGCATGGCGATGGGCTGCTAGTAGTTGTTGAAACGCCCGGCACCATTCCGCAAAGTGGCGGCATGTAGCGCGGTGACCGGGCGGGTAAAGAGACAGTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGGCATCATCGCTGGTTAACCGTCCGCTTAAGGTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTGTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTCCaa < 2:1286320/286‑1 (MQ=255)
cgccgACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGCAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGAGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGAtt > 2:859199/1‑289 (MQ=255)
gccgACGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTACAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg < 2:1344280/289‑1 (MQ=255)
cGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCa < 1:1558315/193‑1 (MQ=255)
cGCTGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGa < 1:1407939/289‑1 (MQ=255)
tGTTT‑GATTACCTGCCTGCCGATGGGCTGCGGGGCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAccc < 1:1722992/289‑1 (MQ=255)
cctgcctgCCGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGT‑GGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGaa > 2:676714/1‑289 (MQ=255)
tgcctgccGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTACGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGGTGTGT‑GGTGGAGCAGGTGGGTCGTCCCAACGGATTGCTTGACCCGATTATctacgt > 2:1221304/1‑284 (MQ=255)
tgcctgccGATGGGCTGCTGGTCGTCGATGAATCTCACGTCACCATTCCACAAATTGGCGGCATGTATCGCGGTGACCGGGCGCGTAAAGAGACACTGGTGGAGTACGGCTTCCGCCTGCCATCAGCGCTGGATAACCGTCCGCTTAAGTTTGAAGAGTTCGAAGCATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCcggc > 2:1483437/1‑230 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A