Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
733,918 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 733,918 | 0 | A | T | 99.6%
| 569.7
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (89/153); minor base C (1/0); total (91/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 733,919 | 0 | G | C | 99.2%
| 560.8
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (90/151); total (91/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 733,920 | 0 | C | G | 99.6%
| 579.5
/ NA
| 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (91/152); minor base T (0/1); total (91/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TGACTTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAAAGCCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGAGCGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTG > CP042583/733639‑734197
|||
tGACTTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTgg > 1:1511465/1‑289 (MQ=255)
ccTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCCGCTTATCGTCCCGGGGCTGG‑TGtttt > 2:1057917/1‑289 (MQ=255)
tGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGAACGGGCGGAAAAGACCCGCTTATAAAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGGCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTa < 1:150941/289‑1 (MQ=255)
gactcaagaacgtaaaaCAAATGAACAGGCGGAAAAGAGCCGCTGATAGAAGGCAGCGCAGGATATGATCTGGCGAGAATCGCCGGGGATCCAGCTGGTGCTAGCAAAACTGGTGTCGGCACGCAGTAAAAGACTGATCGGTGTTTGGATCATGCCAGACACAGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATGTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTAt < 2:501655/276‑1 (MQ=255)
cTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTAtt < 1:157023/288‑1 (MQ=255)
gCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCa > 1:1694798/1‑289 (MQ=255)
tGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGTTTAGATAAGGCGCCGCCGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATAtg < 1:102869/289‑1 (MQ=255)
tGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATAtg < 2:1819379/289‑1 (MQ=255)
tGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCAAGTtgctgctctgcc > 2:15951/1‑283 (MQ=255)
cgAAAAGACACGTGTATATAGGGGTGGGCAGGTTATCAACTGGCAAGAAGCGCCGTGGATCCAGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCAAACAGTAAAAGCCTGGCCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGTATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGgcg < 2:1440367/287‑1 (MQ=255)
ggcgCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCt < 2:1927924/288‑1 (MQ=255)
cgcAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTCAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGTAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCTACGCCGTTTACCGGCGAGGTGCTGGCTGTTTTT‑TTTGTTCAGCTGCTGCCTGGCTATCCGGCTCGGATGATTGCACGGCCTGaaccgact > 2:430116/1‑283 (MQ=255)
cgcAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGAt > 1:1758518/1‑289 (MQ=255)
cgcAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGAt > 2:582630/1‑289 (MQ=255)
cAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATTCGGCGAGATTGATTGCTGGGCCCGAAGCTGAttc > 2:1246121/1‑287 (MQ=255)
atgATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGTTCCCGCTGGTGGTCGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCGTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgcg < 2:1511465/287‑1 (MQ=255)
aGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgcg < 1:841028/289‑1 (MQ=255)
atatCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgcgc < 1:559825/287‑1 (MQ=255)
atatCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgcg < 1:69299/286‑1 (MQ=255)
atatCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCa < 1:1429931/288‑1 (MQ=255)
atatCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCa < 1:821118/288‑1 (MQ=255)
atatCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCa < 2:1382649/288‑1 (MQ=255)
atatCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACT‑GGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCa < 2:110405/287‑1 (MQ=255)
atcatcTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATTGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGt < 1:1336758/289‑1 (MQ=255)
catcTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTTTCAAACGCTTACTGTGGTTTATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTTCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTta < 1:719542/289‑1 (MQ=255)
ggCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGgcg > 1:146480/1‑247 (MQ=255)
ggCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgcg < 2:733888/277‑1 (MQ=255)
ggCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgc > 2:1535444/1‑276 (MQ=255)
ggCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATgc < 1:1535444/276‑1 (MQ=255)
cGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTca < 1:1159826/288‑1 (MQ=255)
aTCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCagcagc < 1:1939036/288‑1 (MQ=255)
cccGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCTCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGACGCTGATGCGCAGGGTATAGAAATGGTTCGTGACCAGCTgg > 2:830335/1‑289 (MQ=255)
cGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTgggg > 1:662727/1‑289 (MQ=255)
gCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGt > 1:1915561/1‑289 (MQ=255)
gtggtAGAAAAACGGGGGCAGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATAAGGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTgg < 2:139766/288‑1 (MQ=255)
ggtAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGAt < 2:810990/288‑1 (MQ=255)
gtAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTAtt > 2:1061697/1‑190 (MQ=255)
gtAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTAtt < 1:1061697/190‑1 (MQ=255)
aGAAAAACTGGTGTCGGCACACCGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGCTAATGCCCGAAACCGGATTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGAAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGc < 2:1193571/289‑1 (MQ=255)
aGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGc < 1:1366146/289‑1 (MQ=255)
aaaaCTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGcc < 1:270124/287‑1 (MQ=255)
aaaaCTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGcc < 1:582630/287‑1 (MQ=255)
ggtgtcggcACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTaa > 1:1035145/8‑287 (MQ=255)
gtcggcACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCAcc < 1:1246121/285‑1 (MQ=255)
gtcggcACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCAc < 1:313954/284‑1 (MQ=255)
gtcggcAAACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCAcc < 1:748984/285‑1 (MQ=255)
cacacaGTAAAACCCTGACCGTTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGtt < 2:265763/288‑1 (MQ=255)
acaGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTgg < 1:215429/289‑1 (MQ=255)
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tAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCt < 1:531834/269‑1 (MQ=255)
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aaaaCCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACtat < 1:1624999/289‑1 (MQ=255)
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cGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGAAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTgg > 1:759466/1‑284 (MQ=255)
aGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCa > 2:1131473/1‑255 (MQ=255)
aGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCa < 1:1131473/255‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCAcc > 1:1651641/1‑232 (MQ=255)
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aTTCCGAGGCTGTTTTTCGTTTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATCGGCTGCCCGGCGATCCGGGGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:18477/289‑1 (MQ=255)
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aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGTGATTGCCAGCCGCTTTCTTCCACTGCTTTGGCCGACCATAACCAGTATGGTCTCGGCGGttt > 2:1315982/1‑288 (MQ=255)
aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGGGGCTGACCATACCCAGTTAGGTCTGGGCGGt > 2:1345869/1‑287 (MQ=255)
|||
TGACTTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAAAGCCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGAGCGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGG‑TGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTG > CP042583/733639‑734197
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A