Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
735,480 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 735,480 | 0 | A | T | 97.8%
| 413.8
/ NA
| 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (86/91); minor base C (1/3); total (87/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 735,481 | 0 | G | C | 100.0%
| 428.0
/ NA
| 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (87/95); total (87/95) |
| * | CP042583 | 735,482 | 0 | C | G | 99.5%
| 425.2
/ NA
| 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (87/94); minor base T (0/1); total (87/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTG > CP042583/735202‑735758
|||
ttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTAtc > 1:816827/1‑286 (MQ=255)
tgtgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTgccgcc < 1:1618718/289‑1 (MQ=255)
cTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTTCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctcatt > 2:123514/1‑283 (MQ=255)
cTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTCGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctcatt > 1:670370/1‑283 (MQ=255)
tCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctcatttc > 2:1864476/1‑281 (MQ=255)
ttttACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCgg > 1:88437/1‑289 (MQ=255)
tttACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGt < 1:1008366/289‑1 (MQ=255)
aCTGGCGATCTCCGTGGTTGCGGTTTCGGGAATGGGCATTGCTAACCTGCTTATTGCAATCACCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGTGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTgcg < 2:860376/289‑1 (MQ=255)
gcggtggCTGTTGTTGCGGTTTTGGGCAGGGGCATTGCTAGCGTGATTATTGCAGACGCCATTTTTGCCATCCCGGCTTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGGGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCATCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGCTTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAg < 2:1109516/282‑1 (MQ=255)
tCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgcc < 1:862014/289‑1 (MQ=255)
gCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGa < 1:1251668/289‑1 (MQ=255)
gCTGGTGTTGCGGTGTTAGGGAGCGGGATTGCTAACGTGATTTTTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGa < 2:1514611/289‑1 (MQ=255)
tgttgtTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGaca < 1:334960/289‑1 (MQ=255)
ttttttgCGGGTTTGGGAAGGGGACTTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGaca < 2:1414294/284‑1 (MQ=255)
gttgttGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGaca‑c < 1:1818698/289‑1 (MQ=255)
gtggttgCGGTGTTGGGAGGCGGAATTTGTAACGGGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCTCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCTGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGaca < 2:827840/285‑1 (MQ=255)
tgttgCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCa < 2:1480799/289‑1 (MQ=255)
gtgtTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCTTTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTTGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGAAA‑CCAGAGTggg > 1:1795960/1‑289 (MQ=255)
gtgtTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTggg > 2:1782955/1‑289 (MQ=255)
tGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGc < 1:228776/289‑1 (MQ=255)
tGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGc < 1:1209766/289‑1 (MQ=255)
gggACGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCa < 1:184474/289‑1 (MQ=255)
gggAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCa < 1:1242914/289‑1 (MQ=255)
gggAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCa < 1:1741586/289‑1 (MQ=255)
cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTTGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGGGTCAGCACGCAGTATTGGTTCCAGCGATATGACCGTTTAGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGCCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCCCATCGGTACCTCGAATATTTCTGCCGCCTGCATCTCCTTTCCCGGCCTCGGGGCGCAGCCGCTGACC‑CCCAAGTgaggctcatggctc > 2:1594018/1‑279 (MQ=255)
cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTTTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGCTTATCTCTGCCGCCCGCCTCTCATTTCCCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGCCACCCACCGT‑GGGAGCAATGCt > 2:228776/1‑288 (MQ=255)
cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTc > 1:503925/1‑289 (MQ=255)
cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTc > 1:631409/1‑289 (MQ=255)
cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTG‑TTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCa > 1:1328823/1‑289 (MQ=255)
aTTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAAt < 1:1769213/288‑1 (MQ=255)
tAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCt < 1:444848/289‑1 (MQ=255)
gTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAg < 1:947014/289‑1 (MQ=255)
gTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAg < 1:151232/289‑1 (MQ=255)
tgtttatgGCAGTCGCCATTTTTTCCCTCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTCGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGAAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAg < 2:670370/285‑1 (MQ=255)
attattGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCgg > 1:1032317/1‑289 (MQ=255)
attattGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCgg > 1:810954/1‑289 (MQ=255)
attattGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGCTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCgg > 2:225018/1‑289 (MQ=255)
tGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCCCGATTATCCCTGCCGCCAGCCTCTCATTCCTTGGCCCCGGTGCGCCGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGGGCCATGCCCACAGAGGCTGGAGCGGATATg > 2:46708/1‑289 (MQ=255)
tCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTa > 1:1455191/1‑288 (MQ=255)
ccgtccccCGTTTGGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACA‑GGTGGTGGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGAATTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTGGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGt < 2:365194/285‑1 (MQ=255)
cGCCTGGTGGGCGGAAACAGGTTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTG‑TTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCt < 2:1328823/289‑1 (MQ=255)
ccTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACC‑CCAAAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTAGCGCGCCGCCTGTCTCTGTTTTTCCGGCCCTg > 2:1086717/1‑289 (MQ=255)
cTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAACCCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTgg < 1:1566081/289‑1 (MQ=255)
ggcgcGGCAACACGCTGGT‑GTTGAACCAGCAAACCTGTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTa < 1:257649/287‑1 (MQ=255)
cgGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAg > 1:1418810/1‑215 (MQ=255)
cAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCt < 1:1558917/288‑1 (MQ=255)
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gtTTTTCCCCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCGCTGCCGCCGGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAattat < 2:393191/289‑1 (MQ=255)
tcgcccttGGTACCCCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCa < 2:503925/283‑1 (MQ=255)
tttGGTACCACTGTTATCTCTGCCTCAAGCCTCTCATTTCTCGGCCGCGGTGGGCCGCCGCCGAAA‑CCTGGGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGTCCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAgtg < 2:816827/287‑1 (MQ=255)
|||
TTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTT‑GCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGT‑GTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACA‑CCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTG > CP042583/735202‑735758
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A