Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
746,735 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 746,735 | 0 | A | T | 99.2%
| 586.0
/ NA
| 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (121/131); minor base G (0/2); total (121/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 746,736 | 0 | G | C | 97.6%
| 557.2
/ NA
| 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/5); new base C (118/126); total (121/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 746,737 | 0 | C | G | 98.4%
| 585.4
/ NA
| 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (119/131); minor base T (2/2); total (121/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTAGTA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTAGCATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTG > CP042583/746459‑747013
|||
aatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTg > 1:1756533/1‑289 (MQ=255)
aatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTg > 1:135826/1‑289 (MQ=255)
gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCTCTTTTATTAAACTCTGCGTGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGAAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTggcg < 1:1193419/289‑1 (MQ=255)
gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCTGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTggcg > 1:217543/1‑289 (MQ=255)
tgtgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGa < 2:1085970/289‑1 (MQ=255)
tgtgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGa > 2:853199/1‑289 (MQ=255)
tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACcg < 1:1647712/269‑1 (MQ=255)
tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATg > 1:1909270/1‑289 (MQ=255)
tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATg > 2:182769/1‑289 (MQ=255)
tAACCGTGGTTTCGGCTATAAAATTCTCTTTCTCGTTAGCTGCGTGTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGtttt < 2:948468/289‑1 (MQ=255)
tAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATAACAGGCGGGCATAGATTGGGTTCGTTCTTCGATG‑ACTGAGTACTTGGCGGGCGGGGTGtttt > 2:415509/1‑289 (MQ=255)
aaCCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGttttt > 1:1216942/1‑289 (MQ=255)
tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCTGGCGGGATGTTTTTACAAt > 2:494094/1‑289 (MQ=255)
tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAAt > 1:1318218/1‑289 (MQ=255)
tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGGTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGCTTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCAGTGATGGGGTTCCTACTTCGGTG‑ACCGCGGATCTGGCGGGCGGGGTGTTTTTACAAt > 1:927470/1‑289 (MQ=255)
ggTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACATCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATg < 2:242715/289‑1 (MQ=255)
gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATCGCCTGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TCCGAATTTTCAC‑CCTCTATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGCAACCATTTCAGGCGGGCATCGCTTGGGTTCCTACTTTGGTGCACCG‑GTACCTGGCGGCCGGGAGTTTTTTACAATgg > 2:1044064/1‑289 (MQ=255)
tACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGctgctg < 2:456735/287‑1 (MQ=255)
tttCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTgtcgga < 1:566490/289‑6 (MQ=255)
tttCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTgtcgga < 1:189632/289‑6 (MQ=255)
cgcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACACTATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGCTT‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACCATGGCTGCTGTGGCCGCTGTCGTGTCGTATTGGTCGcc > 2:732297/1‑289 (MQ=255)
cgcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTATAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGACCGTATTGGTTGcc > 1:2033/1‑289 (MQ=255)
gcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCg < 2:1909270/289‑1 (MQ=255)
tattaAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCgg < 1:1222552/289‑1 (MQ=255)
aaattggtctgtattaataatGACGAAGAAGTTGCATGCAAATGATATTCTCTTCCGGTGCCGGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTACCCTCTCTGTATGGTGCTT‑TACGACTTT‑GTACCCTATCTCGGTCACGATATGATTCAACCCGCTATGTTGGCCGTGGTGGGTCAATATCAGCAGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAAGGGCTGCAGGTGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGTTGAt < 2:1422017/277‑1 (MQ=255)
aaCTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCACCCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATg < 2:594292/289‑1 (MQ=255)
ctctGCGCGATGATTTTTGGTGAAGAAATGCAATGCAAAATAAAGTAGCTTCCGTTGCCCGGCTTGGACGTCAGGCTTTACTTTTCCCTCGCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCt < 2:681521/289‑1 (MQ=255)
gcgcGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATGGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCg > 1:1784291/1‑289 (MQ=255)
cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTGTTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCgg > 1:814783/1‑289 (MQ=255)
cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGGGATGCTGGCgg > 1:496607/1‑289 (MQ=255)
gcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCgg < 1:415509/288‑1 (MQ=255)
tagatttatGGAGATGAAAGTTCCTGCACAATCAATTAGCGTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGTTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTTGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg < 2:1645754/280‑1 (MQ=255)
attattattTGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGGTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg < 2:1366351/288‑1 (MQ=255)
attattattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGgcgggcgg > 2:448222/1‑217 (MQ=255)
attattattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGgcgggcgg < 1:448222/217‑1 (MQ=255)
attattattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg < 2:135826/288‑1 (MQ=255)
atgattGGCGAAGAAATGGCAGGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggt < 1:1693313/286‑1 (MQ=255)
cGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTgtcgga < 1:1076355/242‑6 (MQ=255)
gaagaaATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTa < 1:1153139/288‑1 (MQ=255)
aagaaTTTGCATGACAAATTAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCGGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTAt < 2:1731021/288‑1 (MQ=255)
agaaATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg > 2:354545/1‑274 (MQ=255)
agaaATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg < 1:354545/274‑1 (MQ=255)
tttGCTTGTAAAATAAGTGGGTGTCCGGGGCGTGGATTGTACTTCCGGAGTTGCTTTTCCCTCTCTGTTTGGATGTT‑TACAAAGTTTCAA‑CTCATATCGACAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGGGGAGCAATATCAGGCGGGCGTTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGTATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGTTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCAc < 2:1345219/288‑1 (MQ=255)
gcatgcaAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTg < 1:758084/289‑1 (MQ=255)
gcaAAATACATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCATGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTg < 2:177353/289‑1 (MQ=255)
ggcatCCGGTGCCAGGCGTGGACGTCTGGCGCGACTTTTCCATCTCGATGATGTGCTTGTGCCAGTTT‑CAA‑TCTACAACGTCAACAATAAGGTTTGACCCGGTTTGGTGGCCGTGGGGTAACAATATCAGGCGGGCATTTATGGGGTTCCTCCTTGGCTG‑GCTGCGTGTCTGGCGGGCGGGATGTGTTTCCAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGCATTGGTCGCCCTCCGGTGATGCGGGCGGGAGTGGTGTTGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTg < 2:1504888/285‑1 (MQ=255)
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cATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG‑AACGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGGGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGCCGCTGTGGGCTACGCCGCAATGCAGGAACCCTTCGAAGACGCGGGTTGTATCAAGaccgtcccttataca > 2:167009/1‑275 (MQ=255)
ttgattgGGTTCCTACTTCGATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGTGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGc < 1:943553/289‑1 (MQ=255)
tgGGTTCCTACTTGGATG‑ACCGCGTATCGGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACg < 1:874449/289‑1 (MQ=255)
|||
GTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTT‑TACGAATTTAGTA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTAGCATG‑ACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTG > CP042583/746459‑747013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
