Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
750,809 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 750,809 | 0 | A | T | 99.3%
| 647.7
/ NA
| 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (121/151); minor base G (2/0); total (123/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 750,810 | 0 | G | C | 99.6%
| 642.4
/ NA
| 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (123/149); total (123/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 750,811 | 0 | C | G | 100.0%
| 644.9
/ NA
| 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (123/151); total (123/151) |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCAGTCAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTAAGCCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAATAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGAAAAGTTCTGCGGTTGTGCAAAAAAATTTCATTTTCAGGGCAACTTCAGTTTTATCCTAATCCTGGCCATACCATGACGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTT > CP042583/750530‑751087
|||
aGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGa < 1:835544/289‑1 (MQ=255)
aGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGa < 1:114502/289‑1 (MQ=255)
aGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGa < 1:884776/289‑1 (MQ=255)
aGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGa < 1:1662390/289‑1 (MQ=255)
aGCGAGGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGATCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGa < 2:83657/289‑1 (MQ=255)
cGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGAt < 2:615669/288‑1 (MQ=255)
gTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTg > 2:537319/1‑289 (MQ=255)
ttatggatgatCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAGCGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTga < 2:1814717/284‑1 (MQ=255)
gATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGagag < 2:586089/287‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGtt > 1:1880967/1‑288 (MQ=255)
gCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGtt > 1:1674569/1‑288 (MQ=255)
gCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGAGTTTGAGGAGGGTTGAGAGGGtt > 1:48284/1‑288 (MQ=255)
ccacGGGCGACTGCCAGGATATAACCGATATGATCTACACCACACAGGTGGCAACGCCGGAAAACATGGAGCTGATGTCCCAGCTATACGCGCTGGATAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTg < 2:1544981/285‑1 (MQ=255)
cacagggCGGATGCCATGCTATCACGGAGATGATCAACAGATCACAGGTTGCAAAGCCGGATAACATGGAGATGATGTACGCGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAAACGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTg < 2:1771574/284‑1 (MQ=255)
cTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGc > 1:1367317/1‑289 (MQ=255)
cTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGAGATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGATAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGAAACACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCAGCGCGACAGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTCGCGGGCGGGGAGCTTTGGAGGATGGTTGAGAGGGTTGc > 2:1709403/1‑289 (MQ=255)
tCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCa > 1:1058492/1‑289 (MQ=255)
tCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCa < 2:1041600/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCa > 2:1917826/1‑289 (MQ=255)
cccGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCa < 2:799330/288‑1 (MQ=255)
ggCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGt > 1:812700/1‑289 (MQ=255)
gcgcATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGt < 2:436766/288‑1 (MQ=255)
gCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGAt < 2:1497289/289‑1 (MQ=255)
tatGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCGTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaa > 1:1525841/1‑289 (MQ=255)
gatataccgctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCGTATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaaaaa < 2:116923/276‑1 (MQ=255)
tacagctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGa > 1:840182/10‑238 (MQ=255)
tacagctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGGAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAAccc > 1:574125/10‑289 (MQ=255)
cagctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaaaaaa > 1:369021/8‑284 (MQ=255)
cagctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCa > 1:1795201/8‑288 (MQ=255)
agctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGagag > 1:221324/7‑245 (MQ=255)
agctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGagag < 2:221324/239‑1 (MQ=255)
ctcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGa < 1:26025/226‑1 (MQ=255)
tcacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCAt < 1:506266/282‑1 (MQ=255)
ctacAGGTTGCAAAGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCACATCTACGCGCTGACTAGCCGAAAACCGATATTAAAAACGGTAATGCAAAGCTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTAGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCAt < 2:26802/282‑1 (MQ=255)
cacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGATGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCaa > 1:1230116/3‑287 (MQ=255)
cacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGAt < 2:36251/257‑1 (MQ=255)
cacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAAcc < 1:1928714/287‑1 (MQ=255)
cacAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTGTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAAc > 2:1786394/3‑288 (MQ=255)
acAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCt > 2:1403109/2‑289 (MQ=255)
gCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTGTCGCGCGAGGAGATTTGGAGGATGGTTGATAGGGTTGCAGCGTCGCCGACAAGTGTCAGACAACACAAACCCCCTCAACCTCCAACCGacac > 2:132916/1‑285 (MQ=255)
cGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATgg < 1:1481963/288‑1 (MQ=255)
cGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATgg < 1:1704811/288‑1 (MQ=255)
ggATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCg < 1:420606/289‑1 (MQ=255)
gATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGCTGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGGAGATAAGTTTTAGAGTAAAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCgg > 2:6859/1‑289 (MQ=255)
aaCATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGt > 2:1119139/1‑289 (MQ=255)
tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGAt < 1:1915813/289‑1 (MQ=255)
aGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCa < 1:657021/221‑1 (MQ=255)
aGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATgg > 1:158822/1‑288 (MQ=255)
ggtgatggggggggtctACGCGGTGGATGGGCGAAACGCGCTAGTAAAAGGGGGAATGGAAAAGTGGAGGGAGCGGAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATggg < 2:1619353/274‑1 (MQ=255)
aaTGAACCAGCTCTACGCGCTAGCTAACCGAAAACCGCTAGTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGTTGGGC‑Tcc < 1:1948906/288‑1 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑Tcc > 1:724862/1‑288 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACATTGAACCGAACTGGCGGGGTTAATGGGC‑TCca > 2:1257213/1‑289 (MQ=255)
tGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCCGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCca < 1:383648/288‑1 (MQ=255)
agcgacagccgtACGAGTTGACTAGGCAAAAACAGCTCTGAAAAACCGACAAGGAAAGCCGGATGGAGAGCAGTCAGCCAGCGCACGATCAATGGTTTGATGACGAATCCACCCGCGCGCTTGATGAGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCGCTGACCGTAAGCCGCTATAGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGGAGATAAGTTTTAGAGAACAAAAAACCCATCATCCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCca < 2:1518125/277‑1 (MQ=255)
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tGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGCTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGAAAACAAAAAACCCATCAACCTTGAAACGAAATGGCGGGGGTGTAGGGG‑CCCACAAAATTGGGGCaaacaat > 2:1199335/1‑283 (MQ=255)
tGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCg > 1:24882/1‑254 (MQ=255)
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aCCGATATTAAAAACGGTAATGCAAAAATGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTACATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCa < 2:254845/289‑1 (MQ=255)
tAAAAAAGGTAAGGGAAAGCTGGATGCAGAGCAGTCATCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCGGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTaa < 2:1576530/289‑1 (MQ=255)
tAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAATAAACCCATCACCCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCCCAAACTGGGGACTACAAAGAAAAAGAGTCGCACAAAGTaaactctctg > 2:1944301/1‑280 (MQ=255)
tAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTACTTAAGACTGATg > 1:1698560/1‑288 (MQ=255)
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aaTGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGcc < 1:560679/289‑1 (MQ=255)
aCTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGaa < 1:1774639/289‑1 (MQ=255)
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cTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCAATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCAATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TACACAAAACGGGGCCAGCCAAGAAAAGCAGTGGCACTAAGTAAGACTGATGCCCTGCGTAAAAGGTATGCCGTTGTGCAAAAAAAta > 2:1309197/1‑288 (MQ=255)
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aaCAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGaaa > 1:1616384/1‑260 (MQ=255)
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cATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGAAAAGTTCTGCGGTTGTGCAAAAAAATTTCATTTTCAGGGCAACTTCAGTTTTATCCTAATCCTGGCCTTACCATGACGATGATTGTCCCTGcc > 2:30124/1‑289 (MQ=255)
ccgaccgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGAAAAGTTCTGCGGTTGTGCAAAAAAATTTCATTTTCAGGGCAACTTCAGTTTTATCCTAATCCTGGCCATACCATGACGATGATTGTCCCTGCCAGCGTcagca > 1:1431110/1‑289 (MQ=255)
aagccgctatcgcgcGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGAAAAGTTCTGCGGTTGTGCAAAAAAATTTCATTTTCAGGGCAACTTCAGTTTTATCCTAATCCTGGCCATACCATGACGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGtt < 2:746216/288‑1 (MQ=255)
|||
CAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCAGTCAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTCACCGACCGTAAGCCGCTAAGCCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAATAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATCAACCTTGAACCGAAATGGCGGGGTTGATGGGC‑TCCACAAAATGGGGACATCAAAGAAAAGCAGTGGCACTAATTAAGACTGATGCCCTGCGGAAAAGTTCTGCGGTTGTGCAAAAAAATTTCATTTTCAGGGCAACTTCAGTTTTATCCTAATCCTGGCCATACCATGACGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTT > CP042583/750530‑751087
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
