Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
758,698 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 758,698 | 0 | A | T | 100.0%
| 632.2
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (131/136); total (131/136) |
| * | CP042583 | 758,699 | 0 | G | C | 98.1%
| 594.5
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base C (127/133); total (131/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 758,700 | 0 | C | G | 99.6%
| 624.9
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (129/136); total (131/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTT > CP042583/758422‑758978
|||
cTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTgg > 1:711030/1‑289 (MQ=255)
tGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATGTATTGGCCCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAACGAGCGTCAGGAAGATGGCCGGGTTCTTGATTCGCCGGGGCTggg > 2:1638481/1‑288 (MQ=255)
aTAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGGACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGc < 1:127532/288‑1 (MQ=255)
tGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGaa > 2:580921/1‑289 (MQ=255)
tGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGaa > 1:263097/1‑289 (MQ=255)
gCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGaaa > 1:1313536/1‑289 (MQ=255)
gCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGaaa > 1:870371/1‑289 (MQ=255)
aTGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGa < 1:1608874/284‑1 (MQ=255)
cTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGca > 1:734695/1‑287 (MQ=255)
ttGAAGTGGGGGGTATTCTGGGGCGCGTCGGGGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGcct < 2:742166/288‑2 (MQ=255)
gAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGACGAGGCGATGCCCATGGCGGGGCGCTTCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATATACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTTGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGAGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGTGCCGGTTCCACCCCTGACAGTACACGCggtggcccggg > 2:1659228/1‑280 (MQ=255)
gtggATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCg > 1:969329/1‑289 (MQ=255)
gtggATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACACGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGTGGGTGGCGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATgacgtgggggtcg > 2:906511/1‑277 (MQ=255)
tggATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCCGGACGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGGTCATCCACTGAAAGTCGACCCGCATGCCTCGGTGGTCGa > 2:1948951/1‑289 (MQ=255)
gATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACGCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGTTGGTGCATTCACTGAAAGACGCCGCGGACGCCACGCTGGTCGAtc > 2:519400/1‑288 (MQ=255)
atTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGCCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACg < 1:1763521/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGAGGGGGTAGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACGCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGt < 1:171465/289‑1 (MQ=255)
tCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTg < 1:1835593/289‑1 (MQ=255)
gAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCg < 1:1905685/288‑1 (MQ=255)
cgTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGCATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTTCATCCACTGAAAGTCGACGCCGATGCCCCGGTGGTCGGTAACGTGCCGGTAcct > 2:1578026/1‑287 (MQ=255)
cgTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACAt > 1:1530709/1‑289 (MQ=255)
cgTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACAt > 1:1678982/1‑289 (MQ=255)
cgTCGGTGTGACTCGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACCAGCATCCGACTACCCGCTATCGCGCCGGATTTATTGGCCCGGTAAACGTCTTTGCACGCGTACTCAAACGTCGTCAGGCAGATGGCCTAGAGCGCGATTGGCCGGGGCTGGTGCTTTCACTGAAAGTGTACGACGTGGCCTTGGTTGTCGATAACGCACCGGGACaa > 2:1026830/1‑288 (MQ=255)
gTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGACCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGcctcggtggt < 1:1193155/269‑9 (MQ=255)
tgtgtgATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGcc < 2:824967/289‑1 (MQ=255)
tgtgATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGCTAACGCGCCGGTACATGTGGCGTCGCGccc > 2:129233/1‑288 (MQ=255)
gtgATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCgg > 1:281784/1‑289 (MQ=255)
aCCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGGCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCa > 1:1467313/1‑289 (MQ=255)
aCCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAACAAATCa > 1:1287514/1‑289 (MQ=255)
aCCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCa > 1:364603/1‑289 (MQ=255)
aCCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCa > 1:452263/1‑289 (MQ=255)
aCCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGGCGAGGCGGAGGCCTCGGTGGTCGAGAACGTGCCGGTACATGTGGTCCTGCTCCCGGagaaaccg > 2:1856730/1‑285 (MQ=255)
ccACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGGTCACGTGCCGGTACATCTGGCGCTGCGCCCGGgaaaaactat > 2:73708/1‑284 (MQ=255)
aTCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCttt > 1:651682/1‑288 (MQ=255)
aTCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCCGCGCCCGGAAAAAATCATGCttt > 1:468449/1‑288 (MQ=255)
tCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTg < 1:844463/247‑1 (MQ=255)
gAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATc < 2:1758844/276‑1 (MQ=255)
gCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAgccg < 2:281784/288‑1 (MQ=255)
gCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAgccg > 1:427107/1‑288 (MQ=255)
cGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGAGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAgccgc > 1:1366575/1‑288 (MQ=255)
tGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTCCATGTGGCGCTGCGCCCGGCAAAAATCATGCTTTGCGACGAGccgcccg > 1:1437894/1‑288 (MQ=255)
tGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGTAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGccgcccg > 1:979848/1‑288 (MQ=255)
cATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAAt < 2:651682/289‑1 (MQ=255)
cATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAAt > 1:1509306/1‑289 (MQ=255)
ggCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGt > 1:818344/1‑289 (MQ=255)
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tGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGCCAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGGGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCAAATGGTTGTAACTTCGCGTTGGGCGAGGTGATCCACATTGTCTATCTCGGCGCTCTTTCGGTCTACAACGTTCGTCAGAAAAGTGGGCAGATGATACGCGCGCAGCTACAAAACGCTCCCGCTCGCCGTAAATGGTCACAGACAGTGGGCAACGAAGTGCGgtt > 2:803379/1‑289 (MQ=255)
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CTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTT > CP042583/758422‑758978
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A