Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
761,339 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 761,339 | 0 | A | T | 99.2%
| 562.0
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (114/124); minor base G (1/1); total (115/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 761,340 | 0 | G | C | 99.2%
| 554.4
/ ‑6.4
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (112/125); minor base T (2/0); total (115/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 761,341 | 0 | C | G | 100.0%
| 561.4
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (115/125); total (115/125) |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTAGTCTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTAGCCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAAAGTAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACC > CP042583/761067‑761620
|||
gAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGCCACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGGACGGTTATCAGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAGATCTTCAATAGCCTGACGCTGAACAAGCTGCCGGATATGCTAATCCTTGTGCTGCTGTTCGTTCCCTGGACCAGTcgcatggcctc > 2:1697451/1‑279 (MQ=255)
gAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGttctt > 1:548819/1‑288 (MQ=255)
gAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGttctt > 1:1813788/1‑288 (MQ=255)
gTTTAACGCTGTTCTTTTTAAGCAGTCTGTGGCTGGTTTTCATTGGGATCGGGTGTGCGTGTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTcc < 2:1246814/288‑1 (MQ=255)
tttAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAg < 1:226891/289‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAg < 1:1013889/288‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAg < 1:1866048/288‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAg < 2:351135/288‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGtt > 1:1724682/1‑289 (MQ=255)
tgggttttttATGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaata < 2:104105/284‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTAAGCAGTTTGGTGCTGGTTTTCATTGGGATCTGGTGGGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaata < 2:1028751/289‑1 (MQ=255)
tGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaata < 1:1660790/289‑1 (MQ=255)
tGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaata < 1:1437042/289‑1 (MQ=255)
tGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaata < 2:307771/289‑1 (MQ=255)
gttgggTGCTGGTTTTCATTGAGAGCTGGTGTGCGTGTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgt < 2:384609/284‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgt < 1:1330053/286‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgt < 1:1786032/286‑1 (MQ=255)
gTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcg < 2:1616401/276‑1 (MQ=255)
gTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcg > 1:1616401/1‑276 (MQ=255)
gTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCtgatga > 1:429558/1‑289 (MQ=255)
tCATTGTGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTTGGCTCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTTGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGAtgtg < 1:1478931/289‑1 (MQ=255)
cATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGACGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGCTCCTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCTTCCCCCCTGCAGCTGTGa > 2:1951702/1‑289 (MQ=255)
tGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGGGCGCTGGCTATATCTTCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg < 2:1836389/289‑1 (MQ=255)
tGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg < 1:1117083/289‑1 (MQ=255)
tGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg < 1:291633/289‑1 (MQ=255)
ggagaTCTGGTTGGCGTTTTCACTGGTGAAGGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg < 2:1305504/288‑1 (MQ=255)
agaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaataat < 2:106684/255‑1 (MQ=255)
agaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaataat > 1:106684/1‑255 (MQ=255)
gtgttGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGGCGCTGGGCGGGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 2:1503503/284‑1 (MQ=255)
gctCTTGTGTGCTTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCTCGCTGGCTATATCTGCTGACACACATCACCGCCGCAAGTTACCTGTGTGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:1903679/286‑1 (MQ=255)
gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 2:1370546/288‑1 (MQ=255)
gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:839217/288‑1 (MQ=255)
gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:1196533/288‑1 (MQ=255)
gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:1161687/288‑1 (MQ=255)
gaTCTGGGGTGCGGTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 2:300300/288‑1 (MQ=255)
cgttttcacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTcc > 1:1762619/9‑231 (MQ=255)
cgttttcacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGt > 1:1637963/9‑289 (MQ=255)
cgttttcacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGt > 1:1500758/9‑289 (MQ=255)
gttttcacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGt < 1:72716/281‑1 (MQ=255)
ttttaacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGATATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTg < 1:269416/282‑1 (MQ=255)
tttcacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTgcg < 2:52885/284‑1 (MQ=255)
tttcacTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAAGGTATGCAGTgc > 1:1044966/6‑288 (MQ=255)
aaaGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg > 2:1528519/1‑261 (MQ=255)
aGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCAGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGAcgc > 2:1932007/1‑289 (MQ=255)
gTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGCTAGGCCCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGAGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTAGAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCATTTCACCCTTTACGACGCGGGtt > 2:1742840/1‑288 (MQ=255)
gTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGt < 1:506679/288‑1 (MQ=255)
gTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTc > 2:1570806/1‑289 (MQ=255)
cgcTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTc < 2:917548/288‑1 (MQ=255)
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cTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCa < 1:968172/288‑1 (MQ=255)
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cacaAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGcccc < 1:939218/210‑1 (MQ=255)
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ccgccgCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:1849037/217‑1 (MQ=255)
gcttcgcTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc > 2:692332/7‑194 (MQ=255)
gcttcgcTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:692332/188‑1 (MQ=255)
cGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTaaaaa > 1:605566/1‑286 (MQ=255)
ggTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTg < 1:1645295/289‑1 (MQ=255)
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aTCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAACCCGCCGCTCTTAAAATTCTGCTc > 1:856578/1‑288 (MQ=255)
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aGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGCGCAACTCTCAGCTAAAACCGCCACTCTTAAAACTCTGCCCGCCGACt > 2:706336/1‑289 (MQ=255)
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ttCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCg > 2:1461478/1‑289 (MQ=255)
ttCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCg > 1:557045/1‑289 (MQ=255)
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tcaaaaCGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTgcgcg < 2:1431421/286‑1 (MQ=255)
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atGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtggtg < 1:1422801/289‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A