Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
813,111 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 813,111 | 0 | A | T | 100.0%
| 485.4
/ NA
| 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (109/94); total (109/94) |
| * | CP042583 | 813,112 | 0 | G | C | 100.0%
| 478.8
/ NA
| 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (109/94); total (109/94) |
| * | CP042583 | 813,113 | 0 | C | G | 99.5%
| 480.3
/ NA
| 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/93); minor base T (0/1); total (109/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
ACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGAGCTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGATTTTC > CP042583/812836‑813390
|||
aCAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTAtctc < 1:139902/288‑1 (MQ=255)
cAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAg > 1:1884236/1‑289 (MQ=255)
tCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACg > 2:1867963/1‑289 (MQ=255)
tCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACg > 1:1319830/1‑289 (MQ=255)
ccGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGAATTCGATGGGGAAGAACTTCACGAGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACggg > 1:639562/1‑289 (MQ=255)
cGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGa > 1:1029522/1‑289 (MQ=255)
cGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGa > 2:909643/1‑289 (MQ=255)
aaTGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGatat < 1:452252/288‑1 (MQ=255)
tGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGt < 2:1180297/289‑1 (MQ=255)
aaaaGGATATATTGAAAGGGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGGAATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGAt < 2:1884236/289‑1 (MQ=255)
aaaaGATTATAATGAGAGAGTTTGGCATAATGTGCTGGCTTATGTAGATTGGCACAAATTAACCTTCAATAAAGTTCGGTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATAGAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGAt < 2:630530/289‑1 (MQ=255)
aaaGGATATATTGACAGAGTATGGAAGAATGGGCTGGCTTATGGGGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATg < 2:1322296/289‑1 (MQ=255)
aGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCa < 1:22402/289‑1 (MQ=255)
agagTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAg < 2:1827235/271‑1 (MQ=255)
agagTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATgtgt > 2:389539/1‑289 (MQ=255)
aTGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTaaa < 1:909643/288‑1 (MQ=255)
tGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTaaaaa < 2:1093627/289‑1 (MQ=255)
tGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGAACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTaaaaa < 2:421625/289‑1 (MQ=255)
aatGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGt > 1:1008156/1‑289 (MQ=255)
aatGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGt > 2:1318925/1‑289 (MQ=255)
atGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTa < 2:776037/289‑1 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATACGCGATTATTTAAAAAATATGTGCCGTCATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCCGGTACGGGATATGGTAGATGCAATATAATAAGTTGTAAAAACGCTGTa > 2:1761304/1‑288 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATTGACTATAAGATGTGTTAAAAACGTTGTAg > 2:2986/1‑289 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGc < 1:859208/261‑1 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGc < 2:369784/261‑1 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGc > 2:859208/1‑261 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGc > 1:369784/1‑261 (MQ=255)
tGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTTTa > 2:1374314/1‑288 (MQ=255)
ggctggctTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCa > 1:347642/1‑289 (MQ=255)
tggctTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGaa > 1:1818396/1‑289 (MQ=255)
tggctTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGaa > 1:667189/1‑289 (MQ=255)
tGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTGCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAgcg < 2:1708811/289‑1 (MQ=255)
tGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAgcg < 1:1233766/289‑1 (MQ=255)
aTGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGaa > 1:250595/1‑289 (MQ=255)
aTGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGaa > 2:1465279/1‑289 (MQ=255)
aTGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGaa > 1:55009/1‑289 (MQ=255)
cacaAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATaaaa > 2:1589305/1‑289 (MQ=255)
aaTTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGc < 2:1029522/289‑1 (MQ=255)
aCCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCa < 1:1640968/289‑1 (MQ=255)
ccATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCaa < 1:1675612/289‑1 (MQ=255)
cgcTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCAGCAACCCAATAAAGTTGCCGATTTACggg > 2:1482944/1‑289 (MQ=255)
gttGGTTGGAGGGGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGGTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGGGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTAGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACggg < 2:210926/286‑1 (MQ=255)
gcTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACggg < 2:667189/288‑1 (MQ=255)
tGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAAtt < 2:1008156/288‑1 (MQ=255)
aggagACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGaa > 2:513194/1‑289 (MQ=255)
gaaaaagaatcatttGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACAt < 1:1305428/276‑1 (MQ=255)
gaCAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACAt < 1:1481966/288‑1 (MQ=255)
gaCAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACAt < 1:1193197/288‑1 (MQ=255)
gaCAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACAt < 1:2986/288‑1 (MQ=255)
gaCAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACAt < 1:117041/288‑1 (MQ=255)
aCAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAAtt < 2:526760/280‑1 (MQ=255)
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tGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATg < 2:1557610/289‑1 (MQ=255)
aaTATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCAcg < 2:55009/289‑1 (MQ=255)
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aaTATGTGCAGTTATCTTGTTATTGATGATTCCGATGTTACTTTCTTTTGTATTATAGTGGTATTCTATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCTTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTttcttc < 1:776972/289‑1 (MQ=255)
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tGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCTATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCAc > 1:1553474/1‑288 (MQ=255)
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gtAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCAtt < 1:537534/289‑1 (MQ=255)
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tGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACggg < 1:1950494/160‑1 (MQ=255)
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ttCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTttcttc > 1:1513916/1‑226 (MQ=255)
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tGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTg > 1:312015/1‑289 (MQ=255)
gAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGa < 1:1525207/288‑1 (MQ=255)
gAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGAt > 1:1254937/1‑289 (MQ=255)
aGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGAtt > 2:53526/1‑289 (MQ=255)
gCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGAttt > 1:1672429/1‑289 (MQ=255)
|||
ACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGAGCTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGATTTTC > CP042583/812836‑813390
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
