Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,465,054 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,465,054 | 0 | A | T | 99.1%
| 544.6
/ ‑1.2
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/120); minor base . (1/1); total (111/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 |
| * | CP042583 | 1,465,055 | 0 | G | C | 98.7%
| 533.6
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (110/118); total (111/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,465,056 | 0 | C | G | 98.7%
| 533.3
/ ‑6.2
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (110/120); total (111/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CTTTATAAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGG‑CTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTC > CP042583/1464776‑1465335
|||
ggATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGgcagc > 2:1576777/1‑289 (MQ=255)
cGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGAcc > 1:1726103/1‑288 (MQ=255)
attcattTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGAt > 2:327786/1‑289 (MQ=255)
tttGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTg < 1:1283978/279‑1 (MQ=255)
cgGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCg < 1:629112/289‑1 (MQ=255)
ttgtgtgggggagggCACCGGTGGGGTGCTGTGGGGTAACACTGTTCTGGAAAAGTGGGAATATCCCGCAGGCACCTGCGGTATTGATTTTCGCGACGGCTAATCATACATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTg < 2:74963/275‑1 (MQ=255)
ggggCGGAACGTGTCGGGTTGTTTGCTGTCACTCTATTCGCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGCTTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATaa < 2:522966/285‑1 (MQ=255)
gCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCa < 1:817737/288‑1 (MQ=255)
cGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATg > 1:381915/1‑289 (MQ=255)
cGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATg > 1:799832/1‑289 (MQ=255)
ggCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCCCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATgg > 1:1579113/1‑289 (MQ=255)
cACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACTCTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGt < 1:1900587/288‑1 (MQ=255)
cACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAAAACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCTGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGt < 2:1187749/288‑1 (MQ=255)
aCCTGTCGGGTGCTGTTCGGAAACACTATTCTCTATCAGTGGCAATTTCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCCCAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGGGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTg < 1:960552/288‑1 (MQ=255)
aCCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTg < 2:814267/288‑1 (MQ=255)
cTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCat < 2:561000/289‑2 (MQ=255)
tGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCC‑ATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCatcg < 1:1034084/289‑4 (MQ=255)
gTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCatcg < 1:1855088/289‑4 (MQ=255)
gCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACAcc < 1:754327/288‑1 (MQ=255)
cTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGTGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGt > 2:222586/1‑275 (MQ=255)
cTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGTATCGTACACCta > 1:1865813/1‑289 (MQ=255)
tgCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCg < 2:966464/261‑1 (MQ=255)
tgCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCatcgta < 2:210255/280‑6 (MQ=255)
tgCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCatcgta > 1:210255/1‑275 (MQ=255)
tgCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCatcg > 1:1150683/1‑275 (MQ=255)
aaCAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTg < 1:1107697/254‑1 (MQ=255)
aaCAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCcgcg > 1:1659668/1‑289 (MQ=255)
aCAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCcgcg < 1:1110673/288‑1 (MQ=255)
cggTGGCAATTACCCCCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATACTGCATCCCCCAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGCCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAg < 2:535820/287‑1 (MQ=255)
gTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGt < 1:1200480/249‑1 (MQ=255)
gTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGt > 2:1200480/1‑249 (MQ=255)
gTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGa > 2:241273/1‑286 (MQ=255)
tGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGa > 1:1783728/1‑285 (MQ=255)
atatCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTgg < 2:1783728/289‑1 (MQ=255)
atCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCa < 1:1619446/289‑1 (MQ=255)
ccGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTATACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCaa > 1:87160/1‑287 (MQ=255)
ccGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCaaa > 1:1471629/1‑288 (MQ=255)
ccGCAGGCACCTTCGGTATTGAATTTCACTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCCCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACCTGAC‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGAGCGGCGTATCGTCAGCACGGGCTATGTGGCGATGCTTCGCTTGCTGTGTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGAATCGTACCCCTACAGCTAGCTCGATCACGCCGCGCGCTCTCGGGGaa > 2:639547/1‑287 (MQ=255)
cgcaccACCTTCGGTATTGTTTTCCGCAACGGTAACTCATGCATCCCACAGCCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTg < 2:362134/284‑1 (MQ=255)
aCCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCCCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGCTAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCCAAGTGGATGtg > 2:525970/1‑288 (MQ=255)
ttCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATGACTGGCAGCATCCCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGGGCATCGTACACCTATAACGCGCTCGATCACGACGCGAGCTGTCTGGCCAACTGGATGTTacg > 2:43951/1‑287 (MQ=255)
tCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCg < 1:204263/289‑1 (MQ=255)
cGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGa < 1:1402009/289‑1 (MQ=255)
ggTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGaa < 1:135311/289‑1 (MQ=255)
gatATTGATTTTTCTTACGGCTAATCCTGACTACCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTAGCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGATGGCCTATTACTGGCAGCAGACCGCGCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCTATAATCATGGTGCATCGTACTCCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGaa < 2:902650/287‑1 (MQ=255)
gTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGaa < 1:1757363/288‑1 (MQ=255)
gATTTTCGCTACGCCTATCCATACATTGCCCAGGCCCGCTTCCCGGGCCTGATGTTCTGTTTCCAGAGTCCAACCTGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGACGTGCGGCGTATCGACAGCAAGGGATATGCGGCGATCCTTCGCTGGCCGATTACTGGCCTCCGACCGTGCGTGAGAAGCCACACAAACTTGCCGTGGTCGATAATACTAGTGCAGCGTACACCTATAGAGCCTTAGATTACGCCGCGAGGTGCGTGGCAAAGTGGATGTTAGCGGAgcggct > 2:66942/1‑284 (MQ=255)
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cGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGG‑CTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCg > 1:1811596/1‑264 (MQ=255)
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CTTTATAAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAA‑AGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGG‑CTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTC > CP042583/1464776‑1465335
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
