Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,800,934 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,800,934 | 0 | A | T | 98.4%
| 573.9
/ NA
| 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (136/108); minor base G (3/1); total (144/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,800,935 | 0 | G | C | 98.8%
| 571.6
/ NA
| 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (140/107); total (144/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,800,936 | 0 | C | G | 98.4%
| 572.8
/ NA
| 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base G (139/108); total (144/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑AGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGTTGATTCTGGTCG > CP042583/1800655‑1801219
|||
cGTGAATTATTCACAGGGGTTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACAt < 2:665385/288‑1 (MQ=255)
cGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGCTCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGAGGCACGCTGTTACGCCGTTTC‑ACGAAACATc > 1:1945958/1‑289 (MQ=255)
tgtATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGCAACATCAGGATAAAATTGAGCggg > 1:1146602/1‑289 (MQ=255)
tATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGTTGGTGGTACTTTCTGTTGCGCTTGGCGGCATGATTGGTGACCAGGTGCTATATCTGTGCGGGCGGCGGGTTGGCGGCAAGCTGTGACGCCGTTTC‑TCGAAACCTCAGGATCACATTGAGCGGgc > 2:1697213/1‑288 (MQ=255)
tACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAATCTTCAGGATCAAATTGAGCGGGGGCAGaa > 2:1852254/1‑288 (MQ=255)
tctcgacaCCCAAT‑GGAGACAGACTGACCTCTGGATCTCAATACACTTATCTCACAAGATGGTTATGCCGCGCTGGGGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGTGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAAc < 2:1245273/282‑1 (MQ=255)
aCTGGCAACCAAAGAGGAG‑CAGAGTGGGCTATGGATTTCAATACACTTATTGCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACGTTGCTGGGAGGCTTTGCGTCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGGTTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGTGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAAc < 2:1945958/289‑1 (MQ=255)
aCTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAgca > 1:1006441/1‑285 (MQ=255)
aCTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAAc > 2:1573902/1‑289 (MQ=255)
cTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACt > 1:1321175/1‑289 (MQ=255)
cTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACt > 2:1824164/1‑289 (MQ=255)
aaCCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATcc < 2:1372225/289‑1 (MQ=255)
gagaCAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCAt < 1:908496/288‑1 (MQ=255)
acagacTGGCCTATGGCTCTCAATACACTTATCTAACAATATGGTTATGACGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGATGGGGGTACTTTCTGTAGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCAGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑CTCGAACATCAGGCAAAACGTGAGCGGGCGCAGACACTTATCCAACGCCATCCGt > 2:75909/1‑289 (MQ=255)
gggcttactgATCTCAATAAACTTATCTAACAATGTGGTTATCCCGCGCTTGTATTCGGTGGCCGGGCGAAAGGTGAAACCGTGACTTTGCGGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGTCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGTTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGt < 2:573991/280‑1 (MQ=255)
ctcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACAt > 1:1875415/1‑225 (MQ=255)
ctcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGACACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTCGTCATTGGt > 2:972199/1‑288 (MQ=255)
ctcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGt < 2:1456387/271‑1 (MQ=255)
ctcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGt > 1:1363547/1‑288 (MQ=255)
ctcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTa < 1:963163/289‑1 (MQ=255)
ctcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTGTTCATTGGt > 1:1099035/1‑288 (MQ=255)
cAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcg < 2:690962/289‑1 (MQ=255)
cAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcg < 1:1442685/289‑1 (MQ=255)
cAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcg < 2:1739967/289‑1 (MQ=255)
cAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCAGCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcg < 1:1609761/289‑1 (MQ=255)
cAATACACTTATCTAACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcg < 1:681889/289‑1 (MQ=255)
aaTATACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACTCCATCCGTATCTGtt < 1:1263988/275‑1 (MQ=255)
tACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTTCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCTAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcgcg > 2:1528352/1‑288 (MQ=255)
tACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcgc > 2:1277461/1‑287 (MQ=255)
tACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcgc > 1:1237215/1‑287 (MQ=255)
tACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACgcgc < 1:155138/289‑1 (MQ=255)
acacTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCt < 1:1573902/289‑1 (MQ=255)
acacTTATCTCAAAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCt < 1:1852254/289‑1 (MQ=255)
tatctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatg > 1:1909726/8‑289 (MQ=255)
tatctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑GCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTAGCCAACGCCATCCGAATCTGATTGTTATTGGTCCGCGCTTtatg > 2:655293/8‑289 (MQ=255)
tttcacAATATGTTTAGGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACATTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatgta < 2:247059/284‑1 (MQ=255)
tctcagaaTCTGGTTATGCCGGGCTGGTGATCGGGAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCTTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatgta < 2:630115/283‑1 (MQ=255)
tctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTAt < 1:476789/255‑1 (MQ=255)
tctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTAt > 2:476789/6‑260 (MQ=255)
tctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatgta < 1:1749163/284‑1 (MQ=255)
tctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTAACTGTATGTCATTGGTACACGCTTtatg > 2:62708/6‑287 (MQ=255)
acAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatgtatg > 1:633880/2‑287 (MQ=255)
cAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCGTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGCTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCACTGGTACGCGCGTTATGTATGGCt > 1:955549/1‑289 (MQ=255)
atGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTAACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGAGGCGCTTGGCAGCGTGATTGGCGACCAGGTTCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTATCTAGC‑AACATCAGGCTAAAATTCAGCGGGCGCAGAAACGTATCCAACGGCATCCGTATACGTTGCTCATTTGTACCCGCTTtatgtatgctattcg > 2:796056/1‑282 (MQ=255)
cgcTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCa < 2:950016/214‑1 (MQ=255)
cgcTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGccc > 1:236772/1‑289 (MQ=255)
cTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatgta < 2:1089797/266‑1 (MQ=255)
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cAAGCTGTTACGCCGTTTC‑TCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGAGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGt < 2:224070/288‑1 (MQ=255)
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CGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTC‑AGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGTTGATTCTGGTCG > CP042583/1800655‑1801219
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A