Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,805,877 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,805,877 | 0 | A | T | 99.7%
| 663.9
/ NA
| 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (118/164); total (119/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,805,878 | 0 | G | C | 99.3%
| 652.9
/ NA
| 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (116/164); total (119/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,805,879 | 0 | C | G | 99.7%
| 663.5
/ NA
| 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (118/164); total (119/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CTGTATGCAGGCATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTAGCCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGAAGTGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGAGTTTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTG‑ATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATCTCTTACGACAGCTACTTTAAAGGTAGCGAAGTGCTAAACGATCTGCTGCAACCGGCGGTCGTCGCGCTGGCCTA > CP042583/1805598‑1806153
|||
aTGCAGGCATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTaca < 1:1606219/289‑1 (MQ=255)
tGCAGGCATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTacac < 1:671814/289‑1 (MQ=255)
aGGCATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTTAGTACGCTGGGGGTTTTCCCGGTGGTGGGGTGGAGGTGGCAACGGGTACACggg > 2:204549/1‑288 (MQ=255)
tgCATTTTCATCGCTTCCCTGCTACCGAGAACCGTTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGTGCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCCAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGt < 2:901081/287‑1 (MQ=255)
gCATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGa > 1:248155/1‑289 (MQ=255)
gCATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGa > 2:687302/1‑289 (MQ=255)
cATTTTCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGTTCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGt < 2:814833/286‑1 (MQ=255)
ttCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTa < 2:626927/289‑1 (MQ=255)
ttCATTGCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTa < 2:1063964/289‑1 (MQ=255)
gCTTCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCCGCATCATCGGGATGCTGATCCTTTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCg < 2:541411/289‑1 (MQ=255)
tCCCTGCTACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAg > 1:1484812/1‑289 (MQ=255)
tACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGaa < 2:1054644/289‑1 (MQ=255)
tACCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGaa < 2:216006/289‑1 (MQ=255)
aCCGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCGGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAATTCGGAGGTCAGaaa > 1:1046172/1‑289 (MQ=255)
ccGGTAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAg > 1:1470092/1‑289 (MQ=255)
tAACCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGat < 2:1028994/288‑2 (MQ=255)
aCCATTCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGatcag < 1:267884/289‑5 (MQ=255)
agcaTCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGc > 1:804933/1‑289 (MQ=255)
catcatCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGGGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa > 2:1612865/1‑289 (MQ=255)
tcatcGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAat < 1:1012350/289‑1 (MQ=255)
tcGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATc < 2:232632/289‑1 (MQ=255)
gggATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtg < 2:376570/289‑1 (MQ=255)
aTGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTa > 1:1139261/1‑241 (MQ=255)
aTGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtg > 1:1712891/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACAGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATgg > 1:197786/1‑276 (MQ=255)
tGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtg < 1:29182/288‑1 (MQ=255)
aTCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtggtcatt > 1:368649/1‑284 (MQ=255)
ccTGTTTGTCCTTGTGCCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACTTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCAGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGGCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtggtcattac < 2:1491789/289‑8 (MQ=255)
gctgGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAGAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACagtga > 1:1611133/1‑289 (MQ=255)
cTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCt > 1:937028/1‑289 (MQ=255)
cTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTGTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCAGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAGGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGGAACGCTGGTGGTCATTACCGCCGACATTGAATGt > 2:501968/1‑287 (MQ=255)
cTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATACTTTTATTTGCTCCGCGCACAGTTAGGCCCGGTAGTGGGTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGCCCACGGAGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGACGGATGCCGAAGATCTGGTGGTCATTATCGATGACATTGATGGtat > 2:1849855/1‑287 (MQ=255)
aTTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTgc < 1:61925/289‑1 (MQ=255)
gTCAATCGCGGGTTCTACGTTCTGATTCGCTTTTTGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTTGCGTAGGCGTCATGCAATAGTTTGATGTGCTCCGCGAACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTCCGCTGGTGTTTTTTCTGGTGGTGGGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGTCGCCCGCAAACTggcgg < 2:263155/288‑1 (MQ=255)
tCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTggcggc < 1:1564689/288‑1 (MQ=255)
gcagtCCGTGTTGCTTCGTACTGATTCGCTATATTGCGCTAGTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 2:576891/285‑1 (MQ=255)
cAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 2:122307/288‑1 (MQ=255)
cAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 2:280072/288‑1 (MQ=255)
cAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 2:937028/288‑1 (MQ=255)
cAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 1:1765639/288‑1 (MQ=255)
cAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 1:23089/288‑1 (MQ=255)
tGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGt < 1:1365361/288‑1 (MQ=255)
tACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGaa < 2:1267365/191‑1 (MQ=255)
tACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGaa > 1:1267365/1‑191 (MQ=255)
tACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 1:589986/271‑1 (MQ=255)
tGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACat < 1:440985/233‑1 (MQ=255)
aTTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTa > 1:1210734/1‑288 (MQ=255)
aTTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCAAGGTATAAGTTTCCCTTGCTTa > 1:888539/1‑288 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A