Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,953,223 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,953,223 | 0 | A | T | 98.6%
| 685.8
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (151/139); minor base C (4/0); total (156/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,953,224 | 0 | G | C | 99.3%
| 699.4
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (153/139); total (156/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,953,225 | 0 | T | A | 98.6%
| 694.4
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (152/138); minor base C (4/0); total (156/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCAGTTGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACTTAGCTGCTCCAGTGCCA > CP042583/1952949‑1953504
|||
tGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTa > 1:1071710/1‑288 (MQ=255)
tAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGaa > 2:1863863/1‑289 (MQ=255)
cAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGgc > 2:904041/1‑288 (MQ=255)
gagCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCTTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATtctc > 2:242253/1‑289 (MQ=255)
gCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATtct < 1:1336601/286‑1 (MQ=255)
gCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTACAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAATGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATtct < 1:235241/286‑1 (MQ=255)
gACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGAGCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAATGATTCATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACTGCGCTGCGGATTTGCGGCCCCTGGTCCGGCTATCCGCTGAACATTGGCGAAAATAGCGCTGCCAAAATgctccaaga > 2:1883206/1‑284 (MQ=255)
tttGGTTGTTTGACTGGGGTACAGGCACCCAGCAGCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGGTTGTTATCAGTCACCTTCATGGCAATCATCTTTTTGGCTTACCAGGCTTGCTGTGCAGTCGGTCTATGTAGGGCATTATCAAACCCTTAACGAGGTATGGTCCGCTAGGTAGCCGTGAATTGGTGGAAACCGTGCTGCGGATTAGCGGCTGCTTGACCGATTATCAGATGGAAATTGTCGAAATTTGCGCTGGGGAAATGCTCGatgatg > 2:801338/1‑288 (MQ=255)
ttGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTTCCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGc < 1:350940/289‑1 (MQ=255)
ttGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTGCCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGc < 2:250038/289‑1 (MQ=255)
gtgttttGGCTGCGCGGAAGGCACCCAGCATCAGCTAGTGCCTACCGCCTTTAGCCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGGCACCTTCATGGCGGTCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCGGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTGATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTg < 2:108666/285‑1 (MQ=255)
tttGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCa > 2:1253103/1‑289 (MQ=255)
tGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCaaa > 2:1783627/1‑289 (MQ=255)
tGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTaa > 2:761274/1‑289 (MQ=255)
gCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTTGAAAACTTGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAAc < 1:1749721/289‑1 (MQ=255)
cACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATc < 1:1386929/287‑1 (MQ=255)
cACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATc < 1:983876/287‑1 (MQ=255)
cccAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCtt < 1:948833/282‑1 (MQ=255)
cAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTgg > 1:487050/1‑289 (MQ=255)
aTCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAGGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAaca < 2:268230/289‑1 (MQ=255)
cAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTAt > 1:1012733/1‑207 (MQ=255)
cAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACAcc < 1:51405/289‑1 (MQ=255)
cAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACAcc < 2:1717718/289‑1 (MQ=255)
gCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACAccc > 1:1704796/1‑288 (MQ=255)
cTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCa > 2:1433974/1‑288 (MQ=255)
tGCATCACGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACACGATTTTTATCAGTCACCTTAATGGCGATCATCTTTTTGGGTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGa < 2:1926406/289‑1 (MQ=255)
tGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGACATTGGCGCTGGCGCAATTCTCGATGCTGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTAACCGCCGGAACACCCACTgaa > 2:1023289/1‑287 (MQ=255)
tGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGa < 1:1543203/289‑1 (MQ=255)
tGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGa < 2:1487352/289‑1 (MQ=255)
tGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCCCTGGCGAAATTCCCGATGATGGCCTTCGCAAATGAACCGGTTATCCGCGGGAACACCCACTGGa > 2:418145/1‑289 (MQ=255)
tACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGaaa > 1:1690736/1‑206 (MQ=255)
ccTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATg > 1:1441462/1‑288 (MQ=255)
ccTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCGGGCGAAATTCTCGATGATGGCCGCCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCGGGAACCCCCATTGGAATGTTATgg > 2:1174703/1‑289 (MQ=255)
ttAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATTATGGCCTGCGCAAATTAACCGCTTATCCACTGGACCACCCACAGGAATGTCAGGGCTa > 2:1742301/1‑289 (MQ=255)
ttAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTa < 1:1253103/289‑1 (MQ=255)
tGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAACTTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCCCTGGAATGTTATGGCTATCGTAtt > 1:785173/1‑289 (MQ=255)
ggAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTg < 1:46038/289‑1 (MQ=255)
ggAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTg < 1:401161/289‑1 (MQ=255)
ggAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTg > 2:856197/1‑289 (MQ=255)
aaCTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaaga < 2:1685836/289‑1 (MQ=255)
cTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAAc < 1:1185628/289‑1 (MQ=255)
tttATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCGTTATCCAACCCTTAACGATTTGTGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg < 2:1701975/289‑1 (MQ=255)
tttATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg < 1:849374/289‑1 (MQ=255)
gTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTCCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCAtt > 1:1033919/1‑289 (MQ=255)
aTGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCa > 2:986637/1‑289 (MQ=255)
atcctcTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTCTTGAAGAACATGATAAAACGGGTGCATTAAATGCCCAGGCAtt > 1:284128/1‑289 (MQ=255)
atcatcTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAac < 2:1575200/219‑1 (MQ=255)
atcatcTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGcc > 2:1533444/1‑281 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
