Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
597,040 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 597,040 | 0 | G | C | 99.0%
| 464.9
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/95); minor base A (1/1); total (105/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 597,041 | 0 | C | G | 99.0%
| 460.9
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (104/95); total (105/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 597,042 | 0 | T | A | 99.5%
| 467.0
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/96); minor base C (1/0); total (105/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
AGAAAACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCGCTTGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGT‑TGCGCTCGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTAATGCGCTACCGCGCACCGTATCACCTTCACGAATCAAGCTACCATTGGCCTGCCAGGGAAACCACCATT > CP042583/596762‑597320
|||
cTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGtt < 1:1429866/289‑1 (MQ=255)
ccGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCt < 1:406118/289‑1 (MQ=255)
tGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGATGTATTTTTCGATCAGTTGCGTGAGCTGGTCAACGCTGAGATTACGCCGTTTCGCCACGCGTGGGCTTTGCCATGCCGCCGCTGGCGGGGTGATTTTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGGTCGACCGGCGAGCTcgc > 2:1071115/1‑288 (MQ=255)
cggcgcggcAGTTTGTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCgcgc < 1:742540/288‑1 (MQ=255)
ggaGTTGGTTCC‑GCAGGACGAGCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCATTATTCATGAAGTTTTTCCGGCGCCAGGTTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGTTATATTGCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGGGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGGGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATc < 2:1076441/286‑1 (MQ=255)
gTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAg < 1:1843339/289‑1 (MQ=255)
gTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAg < 2:671714/289‑1 (MQ=255)
cggACGGTCGGGGTCGGGCCGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCg < 2:754818/287‑1 (MQ=255)
a‑gACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCg < 2:1237628/288‑1 (MQ=255)
gATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCCCCCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAAtc > 2:743474/1‑288 (MQ=255)
tCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGAGCAGTTGCGTGAGCTGTTCACCGCTGCGATTACGCTCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCAAGGACGCCGCTCGCGGGGTGAGTTTATGTGCCAGCCCGCCTGCCCATGCCGTCACCCGTTGAACCAGAACGCTCGCCTTGGCCTCCGGTGGAGGGGCCCGTACTgcagcgca > 2:1292599/1‑285 (MQ=255)
gggACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAAcgcg > 1:961567/1‑289 (MQ=255)
gACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCTGAACGCCCGCGCTGTCATCCGGGTTAGCGGCCCGTTATTCAGCAAcccgg > 2:81677/1‑287 (MQ=255)
gACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGt < 2:1426842/288‑1 (MQ=255)
aCGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCTCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTg < 1:1222967/288‑1 (MQ=255)
aCGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTg < 1:1417234/288‑1 (MQ=255)
tAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTg > 1:1940125/1‑248 (MQ=255)
tAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATGGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTCCACTCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTCTTGTCCAGCCCGCGTGCAGATGCAGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCCTCCGGCTTACCGGCCCGTAATCCCGCAACGCGAGccg > 2:1600531/1‑286 (MQ=255)
aGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTa < 1:1979390/289‑1 (MQ=255)
aGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTa > 1:947404/1‑289 (MQ=255)
aGGCTTCGGTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCGGATTGAGTTCAGCAATGTTGACCACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGGGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTa < 1:1725298/289‑1 (MQ=255)
ttCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCCCCAGTTCAACCGGAACGATCGCGCTGCCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAg > 1:386734/1‑289 (MQ=255)
tCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGt < 1:1335937/289‑1 (MQ=255)
tCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGt < 1:521546/289‑1 (MQ=255)
cGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGtt > 1:336166/1‑289 (MQ=255)
tcaAGTTTTCCCAGGGCCAGATTGGGTTCAACAATGTTGACAACCGGATGGCCGTTATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCt < 2:1485871/289‑1 (MQ=255)
cgcCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTTTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGCCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCCATGATTGTATCCAGCCCAGGGTTACTGAc > 2:1843978/1‑288 (MQ=255)
cgcCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGc < 1:10749/231‑1 (MQ=255)
tCAACAATGTTGACAACCGGATGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGTTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATGTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCTCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCt < 1:1292599/287‑1 (MQ=255)
aacaaTGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGCTGCCGTCACCAGTGCAACAGGAACGCTCGCCCTGGCATCCGGGTTAGCGCCCCGTACTGCAGCAACGCGTGCGGCGATGAGTTTATCCAGCCCAGGGTTACAGCCGCCCACATTGCcccc > 2:100055/1‑288 (MQ=255)
tGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGa > 2:706928/1‑289 (MQ=255)
tGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGa > 1:808366/1‑289 (MQ=255)
tGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGGTCGGCTATTCGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCata > 2:503772/1‑287 (MQ=255)
tGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGc < 1:758421/289‑1 (MQ=255)
tGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGc < 1:276603/289‑1 (MQ=255)
aCAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGTTTACTGACAGCAAGATTGCTCCCGGCAGAAg > 2:1023553/1‑286 (MQ=255)
aCAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGCTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAg > 1:1068574/1‑286 (MQ=255)
aaaCCGGCTGGCTGTTATGTTTGACCAGCGGTTGTTGGCTGTGTCTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACCTGGGGATTGCGCGTTCTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCt < 2:310215/287‑1 (MQ=255)
aCCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCtgtg < 1:1352179/289‑1 (MQ=255)
ggttggcggtttgatTTCACCTGCGGTTGTTGGTTGTGTTTTGCGATCAGTGGCGTGGGCTTTTCAACGCTGAGATTAGGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGTTATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGa < 2:1265646/275‑1 (MQ=255)
gCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGCtt > 2:1832500/1‑289 (MQ=255)
ttCACCAGCGGTTGTTTGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCCATTAGTTTATCCTGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGCTTGCTCCCGCCGGCAGCCTGTGGCTTTTATGGCATTTCt > 2:1727343/1‑288 (MQ=255)
ttCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAg > 2:1884196/1‑227 (MQ=255)
ttCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAg < 1:1884196/227‑1 (MQ=255)
tCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATc > 2:676669/1‑223 (MQ=255)
tCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATc < 1:676669/223‑1 (MQ=255)
cAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCCCCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCCGGGTTACTTACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGCTTATAGGGCCTTTCTGCCGt‑t > 2:1931306/1‑289 (MQ=255)
cAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGt‑t > 2:1383320/1‑289 (MQ=255)
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tCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGGATATAGGGCATTTCTGCCGT‑TGCCGACGGGCGACCCTGAAAATTGCCGTTGCCGGTAACAt > 2:1672373/1‑286 (MQ=255)
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tGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGT‑TGCCGACGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGAt < 1:1383320/289‑1 (MQ=255)
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agaTTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTa > 2:540540/1‑157 (MQ=255)
agaTTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGT‑TGCCGACGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTa > 1:1228538/1‑289 (MQ=255)
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|||
AGAAAACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCA‑GACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCGCTTGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGT‑TGCGCTCGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTAATGCGCTACCGCGCACCGTATCACCTTCACGAATCAAGCTACCATTGGCCTGCCAGGGAAACCACCATT > CP042583/596762‑597320
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A