Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
653,900 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 653,900 | 0 | A | T | 98.9%
| 434.2
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (97/88); minor base G (0/2); total (97/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 653,901 | 0 | C | G | 99.5%
| 432.1
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (96/90); minor base A (1/0); total (97/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 653,902 | 0 | T | A | 98.9%
| 428.9
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (95/89); minor base C (2/0); total (97/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGACTAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGACTCTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGACGCGGTGCAAAATGATAATTAACCGGTTTGCCGCAGGCTTTGCTGAAGGCATTAACCACGTCCAGCACGCTGTTGCCTACGCCAGCGCCGAGGTTGTAGATGTGTACGCCTGGCTTGTTCGCCAGTTTTTCCATCGCCACGACGTGACCGTCCGCCAGATCCA > CP042583/653623‑654180
|||
ccGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCGGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagt < 2:520020/288‑1 (MQ=255)
cAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagtgcca > 1:383643/1‑289 (MQ=255)
aaaGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagtgcca < 2:1507896/288‑1 (MQ=255)
aGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTc < 1:326125/285‑1 (MQ=255)
gAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGcc < 1:275818/289‑1 (MQ=255)
gAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGcc < 1:763225/289‑1 (MQ=255)
aaaCGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCAt > 1:288152/1‑289 (MQ=255)
aaGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATc < 1:1765778/289‑1 (MQ=255)
ttCCCGTTGTAATCGGGGTTTTTTTCGCCTGTCACCCGCACATTTCCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGa < 2:45322/288‑1 (MQ=255)
cccGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAg < 1:1408186/288‑1 (MQ=255)
gtgtAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGAGGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCGGGGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGTCATTCCATCGAGtgtgg > 2:901136/1‑288 (MQ=255)
aTCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTAACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCCTTTTATCGAGTTGGcgcggt > 2:1525229/1‑287 (MQ=255)
tCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGtt > 2:594011/1‑288 (MQ=255)
tCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTa < 2:789942/289‑1 (MQ=255)
tCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTa < 1:1813251/289‑1 (MQ=255)
gggTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTAcg < 1:1643220/288‑1 (MQ=255)
gTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTAcgcg > 1:752397/1‑288 (MQ=255)
gTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTAcgcg > 2:704487/1‑288 (MQ=255)
gTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTAcgcg > 1:862273/1‑288 (MQ=255)
tATCGCCTGTAACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGGAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCcagtt < 2:1595230/289‑1 (MQ=255)
aTCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCcagttc < 1:1919641/289‑1 (MQ=255)
gCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCcagttcagt < 1:1508650/289‑1 (MQ=255)
ccTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGGGGAAGCAATCGGTGTCGTGGGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGAGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCcagttcagtt < 2:1434220/289‑1 (MQ=255)
cgcAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGt > 1:1065309/1‑288 (MQ=255)
cgcAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGt > 1:1470907/1‑288 (MQ=255)
cgcAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTGGCTGGCgg > 1:968207/1‑287 (MQ=255)
cAGATGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTcc > 1:631603/1‑288 (MQ=255)
agggaaTCTGGAGCGTGGGCAGGTACAACCTGTTTGGCTGGCGGTTCCTGCGCCCCATGCCGGGGGCGCTTGGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGGGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCCTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAg < 2:1671320/284‑1 (MQ=255)
aaGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAg < 1:1749555/288‑1 (MQ=255)
aGCAATCTGGATCGGGCGAAGGTAACAACTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGt < 1:1287883/288‑1 (MQ=255)
gCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAg > 1:189378/1‑289 (MQ=255)
aTCGGGCGCGTGTAACCCCTTTTTGGCGGGCGTTTTCTGCGCCCCCTGCCAGGGGGGCTTAGCGCGGTGGGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAg < 1:470720/288‑1 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGCCTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCCTCGAGTGTGGGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTGGCCTGCGTCCGCCCATGAGGCCGGACGGttg > 2:1049040/1‑286 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAgttcagttca > 1:522912/1‑246 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg > 1:905866/1‑288 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg > 1:827816/1‑288 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg > 1:724776/1‑288 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg > 2:1206377/1‑288 (MQ=255)
tGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATAACCCTGTGGATGGCGTGACTGCCATGCCCAGGTGTCCTCCGCCATTTCATCGAGTGTTCGCGTTACGCGCCAGTTCATGTCCCGGTCGGCTTTGCTGGCCTCGGCCCAGTAGGCCGGaacggcg > 2:537626/1‑283 (MQ=255)
cgcAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCCTTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATCTCCCTGTGGATGGCGTGCCTGCCAGTGCCAGGTGTCCTCCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCCCCCGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCCTCCGCCCCGTCGGCCGGAAggcagcc > 2:1660627/1‑283 (MQ=255)
tAACGCCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTcg < 1:1024853/286‑1 (MQ=255)
acacCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGAcg < 1:49697/289‑1 (MQ=255)
acacCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGAcg < 2:841838/289‑1 (MQ=255)
acacCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGAcg < 1:1724462/289‑1 (MQ=255)
accgttgtgcttggcGTTTCCTCCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCGTTGCCCGGTGGGCGGTGTGTAGCGGCGATGTGGATGGTCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGAcgcg < 2:567495/278‑1 (MQ=255)
acCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGAcgcg < 1:1206377/289‑1 (MQ=255)
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cccTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGACGCGGTGCAAAATGATAATTAACCGGTTTGCCGCAGGCTTTGCTGAAGGCATTAACCACGTCCAGCACGCTGTTGCCTACGCCAGCGCCGAGGTTGTAGATGTGTACGCCTGGCTTGTTCGCCAGTTTTTCCATCGCCACGACGTGACCGTCCGCCa < 1:1753430/289‑1 (MQ=255)
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CCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGACTAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGACTCTGCCAGTGCCAGGTGTCCTGCGCCATTTCATCGAGTGTGCGCGTTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCGCCCTCGCGACGCGGTGCAAAATGATAATTAACCGGTTTGCCGCAGGCTTTGCTGAAGGCATTAACCACGTCCAGCACGCTGTTGCCTACGCCAGCGCCGAGGTTGTAGATGTGTACGCCTGGCTTGTTCGCCAGTTTTTCCATCGCCACGACGTGACCGTCCGCCAGATCCA > CP042583/653623‑654180
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A